Des mesures efficaces dans un processus de gestion écosystémique comprennent souvent des actions que les gestionnaires des zones côtières et marines mènent déjà, telles que l'évaluation des ressources ou des stocks, l'évaluation environnementale, le suivi de la pollution, la gestion des pêches, ainsi que de nombreuses
Ils recèlent une diversité d'écosystèmes remarquables : estuaires, marais salés, estrans rocheux, plages et dunes, prairies sous-marines, récifs coralliens, mangroves, îles et atolls…
de renforcer la législation sur les rejets d'effluents dans le milieu naturel ; d'interdire l'élevage d'espèces exotiques (pour éviter tout risque d'invasions biologiques) ; de contrôler l'utilisation de médicaments qui pourraient affecter indirectement les espèces sauvages via les effluents.