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Cette liaison s'appelle liaison peptidique permettant la formation d'un dipeptide Un peptide comprend au moins deux résidus d'acides aminés b)

[PDF] Les Peptides

Séparer et purifier les fragments c Déterminer la séquence en acides aminés de chaque fragment peptidique d Répéter l'étape 2(a)

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1 jan 2017 · L'utilisation des protéases dans un milieu non-aqueux permet une synthèse des liens peptidiques et non pas leur hydrolyse Malgré les bonnes

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31 mai 2013 · Je tiens à remercier aussi Monsieur Thierry Foulon professeur à l'UPMC (Laboratoire de BIOgenèse des SIgnaux Peptidiques BIOSIPE ER3 UPMC)

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peptidique (carboxypeptidase) en libérant l'aminoacide terminal 4 3 2 Endopeptidase L'enzyme hydrolyse des liaisons peptidiques internes entre deux

[PDF] 43035124pdf - International Nuclear Information System (INIS)

Éléments constitutifs des peptides : les acides aminés Chapitre 4: Effets de la topologie des peptides sur l'organisation structurale des complexes

[PDF] La liaison peptidique - UNF3S

La liaison peptidique est formée durant l'étape de traduction par une liaison covalente entre un groupement ?-aminé d'un acide

[PDF] A- Formation de la liaison peptidique

Un peptide : combinaison de 2 ou plusieurs AA par des liaisons amides particulières = liaisons peptidiques Liaison peptidique

[PDF] Biochimie Acides Aminés Peptides et Protéines

aminés avec la ninhydrine • Le réactif de coloration biuret réagit avec les peptides contenant plus de 4 acides aminés • Hydrolyse de la liaison peptidique en

[PDF] Le caractère partiellement double de la liaison peptidique empêche

La rupture des liaisons peptidiques qui permet d'obtenir les amino-acides à l'état libre est réalisée par action soit d'un acide fort à chaud soit d'enzymes

Les Peptides

Doc 1: La création de la liaison peptidique

Doc 2: Equilibre entre les 2 formes mésomères Doc 3: Caractéristiques de la liaison peptidique dans l'espace • 6 atomes coplanaires • Les C alpha sont trans/liaison C-N • L'axe de la molécule est une ligne brisée. • Libre rotation autour des liaisons C-C et C alpha -N.

Doc 4: Conventions d'écriture

Par convention :

- le groupement aminé s'écrit à gauche ; -les acides aminés sont numérotés à partir de ce même groupement. Doc 5: Démarche générale pour la détermination de la structure primaire (= séquençage)

Préparation de la protéine

pour le séquençage: a. Déterminer le nombre de chaînes polypeptidiques (sous-unités) différentes de la protéine. b. Rompre les ponts disulfures de la protéine. c. Séparer et purifier les sous-unités individuelles. d. Déterminer la composition en acides aminés des sous- unités.Séquençage des chaînes polypeptidiques: a. Fragmenter les sous- unités à des endroits spécifiques pour obtenir des peptides suffisamment petits pour être séquences directement. b. Séparer et purifier les fragments. c. Déterminer la séquence en acides aminés de chaque fragment peptidique. d. Répéter l'étape 2(a) avec une méthode de fractionnement de spécificité différente afin que la sous- unité soit hydrolysée au niveau de liaisons peptidiques différentes.

Séparer ces fragments

peptidiques comme dans

2(b) et déterminer leurs

séquences en acides aminés comme dans 2(c).Reconstitution de la structure complexe: a. Recouvrir les points d'hydrolyse d'une série de fragments peptidiques par l'autre série. Par comparaison, les séquences de ces séries de polvpeptides peuvent être mises dans l'ordre qui correspond à celui de la sous-unité, ce qui donne sa séquence en acides aminés. b. Déterminer la position des ponts disulfures, s'il y en a entre et à l'intérieur des sous-unités. Doc 6: Détermination de la composition en AA: nature et proportion des AA présents Profil obtenu après fractionnement chromatographique d'un mélange d'amino-acides sur

colonne de polystyrène sulfoné et dosage colorimétrique à la ninhydrine. L'élution est

réalisée en utilisant successivement les tampons suivants: pH 3,25 - Na+ 0,2N; pH 4,25 -

Na+0,2N; pH 5,9 - Na+ 1,4 N...

--> Hydrolyse acide totale --> Séparation, identification et dosage par chromatographie d'échange d'ions automatisée (colonne d'HPLC).

Doc 7: Dégradation d'Edman

Notez que la réaction se fait en trois étapes distinctes qui nécessitent chacune des

conditions tout à fait différentes. Les résidus d'acides aminés peuvent ainsi être enlevés de

l'extrémité N-terminale du polypeptide de façon séquentielle contrôlée.

Doc 8: Action des endo et exo peptidases

Doc 9: Spécificité d'action de certaines exopeptidases

Doc 10: Mode d'action des carboxypeptidases

Doc 11: Mode d'action du Bromure de Cyanogène (CNBr) Doc 12: Spécificité de quelques endopeptidases

EnzvmeOrigineSpécificitéRemarques

TrypsinePancréas de boeufCôté C-terminal de résidus chargés positivement: Arg,

Lys, lorsque le résidus après

n'est pas une ProTrès spécifique Chymotrypsine Pancréas de boeufCôté C-terminal de résidus hydrophobes encombrants:

Phe, Tyr, lorsque le résidu

après n'est pas une ProHydrolyse plus lente du côté C-termmal des résidus

Asn, Mis, Met, Leu

ElastasePancréas de boeufCôté C-terminal de résidus neutres de petite taille: Ala,

Gly, Ser, Val; lorsque le

résidu après n'est pas une Pro

ThermolvsineBacillus

thermoproteolyticusCôté N-terminal de résidus:

Ile, Met, Phe, Trp, Tyr, Val;

lorsque le résidu avant n'est pas une ProHydrolyse parfois du côté

N-terminal des résidus Ala,

Asp, His, Thr; thermostable

PepsineMuqueuse gastrique

du boeufCôté N-termina de résidus:

Leu, Phe, Trp, Tyr; lorsque le

résidu avant n'est pas une ProÉgalement avec d'autres résidus; vraiment non spécifique; pH optimum = 2

Endopeptidase

V8Slaphylococcus

aureusCôte C-terminal de Glu

Doc 13: Rupture des ponts disulfures

Par le Beta-MercaptoéthanolPar l'acide performique

Doc 14: Mise en ordre des fragments peptidiques

Les fragments peptidiques étant séquencés individuellement, reste à élucider l'ordre dans

lequel ils se trouvent dans le polypeptide original. Ceci est obtenu en comparant les séquences en acides aminés d'une série de fragments peptidiques avec celles d'une deuxième série dont les sites d'hydrolyse recouvrent ceux de la première série. Les segments peptidiques "recouvrants" doivent être suffisamment longs pour pouvoir identifie chaque site d'hydrolyse sans ambiguïté La séquence en acides aminés d'une chaîne polypeptidique est déterminée en comparant les séquences de deux séries de fragments peptidiques se recouvrant mutuellement. Dans cet exemple, les deux séries de fragments ont été obtenus en hydrolysant le peptide à l'aide de la trypsine et dans une autre réaction, à l'aide du CNBr.

Doc 15: Réaction du Biuret

Exemple d'un octopeptide (8AA)

Le Cu2+ est chélaté, " pris » entre différentes liaisons peptidiques qui le " pincent ».

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