Structure et fonction de lARN
L'absorption UV des bases à 260 nM est plus importante lorsque l'ARN est sous-forme de simple-brin dénaturé (« hypochromicité » de la double-hélice).
Exploration des structures secondaires de lARN
17 jul. 2017 En effet l'ARN est une molécule complexe dont la fonction dépend. Page 33. 20 davantage de la structure secondaire que de la structure tertiaire ...
Repliement de lARN
10 jun. 2020 A la différence des ADN les ARN sont synthétisés sous la forme d'une ... de la fonction de partition et/ou techniques d'échantillonnage
Réécriture du matériel génétique : fonctions et mécanismes de l
Le terme édition de l'ARN (RNA editing) désigne un cer- fonction de chacun de ses composants. ... Outre sa fonction catalytique apobec-1 interagit.
Détection de lARN des papillomavirus humain (HPV) à haut risque
16 dec. 2021 Environ 40 types infectent les épithéliums muqueux ; ceux-ci sont classés en fonction de leur association épidémiologique avec le cancer du col ...
D O S S I E R T E C H N I Q U E
des ribozymes et des aptamères d'ARN les produits du gène – ARN ou protéines – ... ARN nucléaire ou cytoplasmique en fonction de la structure.
Rôle de la sous-unité sigma de lARN polymérase bactérienne dans
6 jul. 2017 A.VI) L'ARN polymérase est une cible des antibiotiques. ... facteurs sigma en fonction de la régulation de leur transcription et de leur ...
Transcription par une ARN Polymerase: mesures de forces à l
16 jan. 2006 bien conservée mais elle n'a pas la même fonction chez toutes les polymérases. 2.4 Structure tridimensionnelle de l'ARN polymérase de T7 et.
Le domaine carboxy-terminal de lARN polymérase II : un pivot du
5 feb. 1998 entre les facteurs de transcription et l'ARN polymérase II. Quelle peut bien être la fonction du. CTD ? Cette question a d'abord été.
Classification dARN codants et dARN non-codants
21 jun. 2013 cellulaire et moléculaire du vivant : les ADN les ARN et les protéines. ... polymérases recrutées en fonction du type d'ARN `a synthétiser ...
[PDF] Structure et fonction de lARN
L'absorption UV des bases à 260 nM est plus importante lorsque l'ARN est sous-forme de simple-brin dénaturé (« hypochromicité » de la double-hélice)
[PDF] 3 LARN: Structure Diffférents Types Et Propriétés
Fonction des ARNm Ils sont les intermédiaires entre l'ADN et les protéines ARN de transfert (ARNt) (15 de l'ARN) ? Structure
[PDF] Structure de lARN au sein des ribonucléoprotéines des - Thesesfr
28 sept 2018 · fonction de l'ARN qu'elles contiennent chacun codant au moins une protéine virale Elles sont composées d'un ARNv de polarité négative
[PDF] Identification et caractérisation moléculaire des protéines liant lARN
En effet l'ARN se lie à plusieurs protéines au cours de leur vie et se moule en des structures tridimensionnelles régulières dont la fonction est d'exprimer l
[PDF] Exploration des structures secondaires de lARN - Savoirs UdeS
17 juil 2017 · hypothèses sur la ou les fonctions des ARN lorsque ceux-ci partagent une PDF R2R + Graphe PDF SVG S2S/Assemble + Graphe arcs an
[PDF] Transcription et maturation des ARN messagers : Master Prépa Santé
22 oct 2018 · 2)Fonction des micro ARN : 18 La Traduction : On parle de la transcription : C'est la synthèse d'ARN à partir de l'information contenue
[PDF] Classification dARN codants et dARN non-codants - HAL Thèses
6 juil 2009 · polymérases recrutées en fonction du type d'ARN `a synthétiser ://www zbit uni-tuebingen de/pas/EMBO-RNACourse/handouts/HandoutBook pdf
[PDF] 1 Résolution de la structure de lARN polymérase dépendante de l
L'ARN polymérase virale catalyse la transcription et la réplication des vARNs dans le Leur exposition pourrait cependant varier en fonction de la
Quelle est la fonction de l'ARN ?
Les ARN messagers (ou ARNm) sont comme ces copies, des molécules chargées de transmettre l'information codée dans notre précieux génome, pour permettre la synthèse des protéines nécessaires au fonctionnement de nos cellules.Quels sont les trois fonctions de l'ARN ?
Les ARN ainsi produits peuvent avoir trois grands types de fonctions : ils peuvent être supports de l'information génétique d'un ou plusieurs gènes codant des protéines (on parle alors d'ARN messagers), ils peuvent adopter une structure secondaire et tertiaire stable et accomplir des fonctions catalytiques (par exempleQuel est le rôle de l'ADN et ARN ?
L'ADN stocke l'information génétique à long terme.
Il transmet l'information génétique pour faire de nouvelles cellules. L'ARN quant à lui, est utilisé pour transférer le code génétique du noyau aux ribosomes, en vue de concevoir des protéines.- Les bases azotées qui constituent l'ARN sont l'adénine (A), la guanine (G), le cytosine (C) et l'uracile (U). La structure in vivo de l'ARN est conditionnée par la formation d'appariements internes entre bases complémentaires, A avec U, G avec C et, parfois, G avec U.
Exploration des structures secondaires de l"ARN
parJean-Pierre Séhi Glouzon
Thèse présentée au Département d'informatique en vue de l'obtention du grade de philosophiae doctorat (PhD)FACULTÉ DES SCIENCES
UNIVERSITÉ DE SHERBROOKE
Sherbrooke, Québec, Canada, juillet 2017
iiLe 17 juillet 2017 Le jury a accepté le mémoire de Monsieur Jean-Pierre Séhi Glouzon dans sa version finale.Membres du jury
Professeur Shengrui Wang
Directeur de recherche
Département d"informatique
Professeur Jean-Pierre Perreault
Codirecteur de recherche
Département de biochimie
Professeur Pierre-Étienne Jacques
Membre interne
Département de biologie
Professeure Michelle Scott
Membre externe
Département de biochimie
Professeure Aïda Ouangraoua
Président-rapporteur
Département d"informatique
iiiSommaire
À l"ère du numérique, valoriser les données en leur donnant un sens est un enjeu capital pour
supporter la prise de décision stratégique et cela dans divers domaines, notamment dans le domaine du marketing numérique ou de la santé, ou encore, dans notre contexte, pour une meilleure compréhension de la biologie des structures des acides nucléiques. L"un des défis majeurs de la biologie structurale concerne l"étude des structures des acides ribonucléiques(ARN), les effets de ces structures et de leurs altérations sur leurs fonctions. Contribuer à cet
enjeu important est l"objectif de cette thèse. Celle-ci s"inscrit principalement dans le
développement de méthodes et d"outils pour l"exploration efficace des structures secondaires d"ARN. En effet, explorer les structures secondaires d"ARN contribue à lever le voile sur leur fonction et permet de mieux cerner leur implication spécifique au sein des processus cellulaires. Dans ce contexte nous avons développé le modèle des super-n-motifs qui contribue à une meilleure représentation de la complexité structurale des ARN et offre un moyen efficaced"évaluer la similarité des structures d"ARN en tenant compte de cette complexité. Le modèle
des super-n-motifs facilite l"étude des ARN dont le rôle est inconnu. Il permet de poser deshypothèses sur la ou les fonctions des ARN lorsque ceux-ci partagent une similarité structurale
sans équivoque. Nous avons aussi développé la plateforme structurexplor pour faciliter
l"exploration des structures secondaires, c"est-à-dire de permettre, en quelques clics, de
caractériser les populations de structures d"ARN en, par exemple, faisant ressortir les groupes d"ARN partageant des structures similaires. La mise en oeuvre du modèle des super-n-motifs etde la plateforme structurexplor a contribué à une meilleure compréhension de la phylogénie
structurale des viroïdes qui sont des agents pathogènes à ARN attaquant les plantes, phylogénie
jusqu"alors basée que sur leurs séquences. ivRemerciements
Je tiens à remercier mon directeur de recherche, le Pr Shengrui Wang et mon codirecteur, le PrJean-Pierre Perreault pour leur conseil et soutien dans la réalisation de mes travaux de
recherches. Je remercie les membres du jury d"avoir accepté l"évaluation de ma thèse. Je remercie aussi tous les professeurs du Département d"informatique ainsi que les techniciens et tout le personnel administratif. Je remercie les membres du laboratoire ProspectUS et de celui du Pr Jean-Pierre Perreault. Je voudrais remercier ma famille et mes amis, en particulier ma chère épouse qui m"a soutenu tout au long de mon parcours.Pour terminer, je tiens à remercier celui en qui je crois et qui m"a conduit depuis le début de
mon parcours académique, Jésus. vTable des matières
Sommaire ............................................................................................................ iii
Remerciements ..................................................................................................... iv
Table des matières ................................................................................................ v
Liste des abréviations ........................................................................................ viii
Liste des tableaux ................................................................................................. xi
Liste des figures ................................................................................................. xii
Introduction ........................................................................................................... 1
Contexte ................................................................................................................................. 1
Objectifs ................................................................................................................................. 2
Méthodologie ......................................................................................................................... 3
Contributions.......................................................................................................................... 4
Structure de la thèse ............................................................................................................... 5
Chapitre 1 L"acide ribonucléique ou ARN ........................................................... 7
1.1 La molécule d"ARN .................................................................................................... 7
1.2 La formation de la structure de l"ARN........................................................................ 9
1.3 Les motifs structuraux de l"ARN .............................................................................. 13
1.4 Familles d"ARN ........................................................................................................ 16
1.5 L"intérêt pour l"étude des structures secondaires d"ARN ......................................... 17
Chapitre 2 Traitement informatique des structures secondaires de l"ARN ........ 212.1 Définition d"une structure secondaire ....................................................................... 21
2.2 Format des structures secondaires ............................................................................. 23
2.3 Représentations des structures secondaires pour l"analyse et la visualisation. ......... 27
vi2.4Détermination des structures secondaires d"ARN .................................................... 38
2.4.1 Les approches basées sur la maximisation du nombre d"appariements ............. 38
2.4.2 Les approches basées sur la thermodynamique ................................................. 39
2.4.3 Les approches comparatives .............................................................................. 42
2.4.4 Les approches expérimentales et approches hybrides ....................................... 44
2.5 Les bases de données des structures secondaires d"ARN ......................................... 45
Chapitre 3 Représentation et comparaison des structures secondaires d"ARN .. 473.1 Mesures pour comparer des structures secondaires d"ARN...................................... 47
3.1.1 Distances basées sur la représentation par les ensembles d"appariements ........ 47
3.1.2 Distances basées sur les représentations en arborescence ................................. 50
3.1.3 Alignements des chaînes de caractères encodant les structures secondaires
d'ARN 523.1.4 Distances basées sur la représentation en montagne .......................................... 52
3.1.5 Distances basées sur la représentation en séquence d"arc-annoté ..................... 53
3.1.6 Distances entre les ensembles thermodynamiques des ARN ............................ 54
3.1.7 Autres mesures de similarité ou de distance ...................................................... 55
3.2 Les défis posés par les mesures de distances ou de similarité de structures secondaires
d"ARN .................................................................................................................................. 56
3.3 Le modèle des super-n-motifs ................................................................................... 58
Chapitre 4 Segmentation et exploration interactive des ARN ............................ 784.1 La segmentation ........................................................................................................ 78
4.2 Les approches de segmentation des structures secondaires d'ARN .......................... 82
4.2.1 GraphClust ......................................................................................................... 82
4.2.2 NoFold ............................................................................................................... 83
4.2.3 RNAsoup............................................................................................................ 84
4.2.4 RNAcluster ........................................................................................................ 85
4.3 Les défis liés à la segmentation et l"exploration interactive des structures secondaires
d"ARN .................................................................................................................................. 86
vii4.4 Structurexplor : un outil pour l"exploration interactive des caractéristiquesstructurales des ARN ........................................................................................................... 88
Chapitre 5 Étude de la classification des viroïdes .............................................. 93
5.1 Les viroïdes ............................................................................................................... 93
5.2 Classification des viroïdes ......................................................................................... 95
5.2.1 Les Pospiviroidae ............................................................................................... 97
5.2.2 Les Avsunviroidae ............................................................................................. 98
5.3 Les défis reliés à la classification des viroïdes basée sur la séquence ...................... 99
5.3.1 Données des séquences et des structures des viroïdes ..................................... 101
5.3.2 Indice de conservation de séquences ............................................................... 102
5.3.3 Conservation des séquences des espèces de viroïdes ...................................... 102
5.3.4 Approche proposée .......................................................................................... 104
5.4 Vers une classification des viroïdes basée sur les structures secondaires ............... 105
5.4.1 Indice de conservation de structures ................................................................ 105
5.4.2 Conservation des structures considérant toutes les espèces viroïdes et les familles
Avsunviroidae et Pospiviroidae ..................................................................................... 106
5.4.3 Structures alternatives des viroïdes .................................................................. 108
5.4.4 Classification structurale des viroïdes ............................................................. 117
5.5 Conclusion ............................................................................................................... 122
Conclusion ........................................................................................................ 124
Bibliographie..................................................................................................... 128
viiiListe des abréviations
A Adénine
ADFVd "Apple dimple fruit viroid»
ADN Acide désoxyribonucléique
AGVd "Australian grapevine viroid»
ARN Acide ribonucléique
ARNm ARN messager
ARNmi Micro ARN
ARNnc ARN non codant
ARNr ARN ribosomal
ARNsn Petit ARN nucléaire
ARNt ARN de transfert
ARNtm ARN transfert-messagers
ASSVd "Apple scar skin viroid»
ASBVd "Avocado sunblotch viroid»
B Renflement
C Cytosine
CbVd-1 "Coleus blumei viroid »
CbVd-2 "Coleus blumei viroid 2»
CbVd-3 "Coleus blumei viroid 3»
quotesdbs_dbs4.pdfusesText_8[PDF] structure tertiaire de l'adn
[PDF] menage dax
[PDF] emploi femme.de.menage dax
[PDF] cherche femme de menage dax
[PDF] vitame services 40 dax
[PDF] vivaservices dax
[PDF] admr dax
[PDF] aide a domicile dax
[PDF] agad dax
[PDF] liste leitmotiv
[PDF] leitmotiv musique de film
[PDF] leitmotiv pirates des caraibes
[PDF] importance de la musique dans un film
[PDF] exemple leitmotiv
