[PDF] Diversité et différenciation génétiques des populations de tortues

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Tm#HB+b Qm T`BpûbX

.Bp2`bBiû 2i /Bzû`2M+BiBQM ;ûMûiB[m2b /2b TQTmHiBQMb /2 iQ`im2b p2`i2b U*?2HQMB Kv/bV /Mb H2b bBi2b /2 TQMi2 2i /HBK2MiiBQM /m bm/@Qm2bi /2 HQ+ûM AM/B2M, TTHB+iBQM mt bi`iû;B2b /2 +QMb2`piBQM /2 H2bT+2 hQ +Bi2 i?Bb p2`bBQM,

*Q`HB2 h[m2iX .Bp2`bBiû 2i /Bzû`2M+BiBQM ;ûMûiB[m2b /2b TQTmHiBQMb /2 iQ`im2b p2`i2b U*?2HQMB

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LLh, X i2H@yy9djy8R

Pour obtenir le grade de

DOCTEUR DE L'UNIVERSITE DE LA REUNION

Discipline : Biologie marine

ECOLE DOCTORALE INTERDISCIPLINAIRE

Présentée par

Coralie TAQUET

Diversité et

Chelonia mydas) dans les sites de ponte et

Thèse dirigée par Henri GRIZEL et Sylvie LAPEGUE et soutenue publiqueme

Chelonia mydas-

la Réunion, Biologie Marine, $ PM IMPLOOH TXH Ó·MLPH IRUP IRUP

Mes parents,

0M SHPLPH V±XU

Remerciements

En premier lieu, je tiens à remercier

accueillie dans le la données. Pôle de Protection des Plantes, ainsi que le Dr Lionel Gagnevin et les membres de son équipe à la collecte des échantillons. Ne voulant oublier personne, la li

Annexe 1.

régionale de formation doctorale et a contribué au financement de ces recherches, avec

us les responsables des organismes qui ont

éan Indien

me in bien malgré elle

Table des matières

Remerciements

Table des matières

Abréviations, sigles et termes anglais utilisés

Introduction

Chapitre 1 : Les tortues v

I.

Taxonomie, synonymie

B. Distribution.

C. Habitat.

D. Age, croissance, et temps de génération.

E. Migrations.

F. Alimentation.

1.

Reproduction

1. ité

Notions et concepts.

1. Place de la tortue verte dans la phylogénie du groupe 1.

Etude de la phylogéographie global

1. Structure des populations de la région Atlantique

E. Structure des populations de la région Indo

1. Structuration génétique et contraintes environnementales B. La structure des populations peut parfois être expliquée par des facteurs 1. 1. génétique entre deux groupes Les tortues sont plus nombreuses autour de la Réunion et des pontes ont lieu à

Chapitre 2 : Matériels et méthodes.

I. B. 1. lonnage D. II. B. C. Génotypage des allèles de 6 loci microsatellites

D. Traitement et analyses statistiques

1.

Chapitre 3 : Caractérisation des populations

I.

B. Allèles de 6 loci microsatellites

C. II. Rich 1.

Richesse et diversité alléliques

1. Discussion sur la diversité génétique de la région

D. sité génétique

3 B.

C. Conclusions

IV.

A partir des données mitoch

1. Fst

A partir des données microsatellitaires

1.Fst et détermination des ensembles.

Discussion sur la différenciation génétique V. Chapitre 4 : Influence des facteurs intrinsèques et extrinsèques sur la structure des I. 1. ultes II.

Influence des facteurs temporels

1. rtes entre ou deux décennies

Influence des facteurs spatiaux

1.

Influence des facteurs physiques

II IV. Chapitre 5 : Synthèse des résultats et applications au I.

Conclusion gén

Références Bibliographiques

Liste des illustrations

Liste des figures

Liste des tableaux

Annexe 1

Annexe 2

mis en évidence dans cette étude

Annexe 3

tailles des allèles des 6 loci microsatellites mis en évidence par les analyses. An

Abstract

Résumé

Abréviations

ACP = Analyse en Composantes Principales.

ADNn = ADN nucléaire.

ARN = Acide RiboNucléique.

ARNt = ARN de transfert

Bottleneck , tr

appauvrissement de la diversité génétique et la fixation de certains gènes par dérive génétique.

Base Pairs. Paires de bases. Unité de longu nucléiques. = solution tampon

Bycatch = capture accidentelle.

Convention for Biological Diversity.

= Curved Carapace Length. Longueur curviligne de la carapace. C = Convention Internationale sur le Commerce des ESpèces en danger ou Clade très nettement des autres. trie Littorale. Nom = densité optique, fait référence à la mesure effectuée par un fluorimètre. EDI = EthyleneDiamine Tetra.

10H16N2O8.

Evolutionary Significant Unit. Unité évolutionnellement significative. sous

Homing

des comportements de retour au g

éloigné n

water High . = Infinite Allele Model. Modè

ISTPM =

KESCOM Kenya Sea Turtle Conservation Committee.

Activité qui consiste pour une tortue marine en une phase de repos à terre, sur la plage. MARPOL= convention to prevent MARine POLlution. Convention pour la prévention de

Marine Turtle Specialist Group.

Management Unit. Unité de gestion.

Natal Homing

son = Polymerase Chain Reaction.

Restriction Fragment Length Polymorphism.

RH Fst Robertson & Hill

1984).

Fst Raufaste & Bonhomme

2000).

Straight.

Seychelles Centre for Marine Research and Technology and Marine des parcs marins. = terme latin SMM = Stepwise Mutation Model. Modèle de mutation par étapes des microsatellites. = South.

TED Turtle Excluder Device

chalut e = Two. animaux marins

4H11NO3.

International Union for Conservation of Nature

WC = Fst Weir & Cockerham

1984).

Western Indian Ocean Marine Science Association. Association pour les World Wildlife Fund. Fond pour la vie sauvage mondiale.

Code Nom du site ou du pays

AFS Afrique du sud

ALD Aldabra (Seychelles)

COS Cosmolédo (Seychelles)

EUR Europa

GLO Glorieuses

IRA Nosy Iranja (Madagascar)

JDN Juan de Nova

KEN Kenya

MAD Madagascar

MADNO Nord-ouest de Madagascar

MADO Ouest de Madagascar

MADSO Sud-ouest de Madagascar

MAY Mayotte

MOH Mohéli

MOZ Mozambique

POL Polynésie française

RUN Réunion

SEY Seychelles

TAN Tanzanie

TRO Tromelin

88 individus élevés en captivité et nés à Tromelin entre 1988 et 1992.

Ali Alim

BB

Elèv

F

I = Im

ImP

M = mâle

Mort = prélèvement

P Ponte

pater Pete

Phiver

PMoya

PNGouj

PSazi = femelles ayant pondu sur le plage de Saziley (Mayotte). Sauv

Introduction

(Chevalier et Gheerbrant, 1997)

soient considérées comme emblématiques de la vie marine, les 7 espèces de tortues marines

éventuellement de diversité génétique (quand celle

pèsent sur elles, constituent autant de critères pris en compte pour la classification des espèces

h individus lors des premiers stades de leur vie. Parmi ces prédateurs, seules les populations des h e encore h convention internationale les concernant, soit illégale constituent une source de nourriture, et notamment de protéines, pour les populations locales hédoniques. Avec ce commerce, le plus souvent illégal, les activités de braconnage ont pris e ponte sur les

Seminoff, 2004

région du sud populations de tortue verte, une espèce qui conserve son stat zoologique mondial et du fort attrait éco és en faveur de la sauvegarde de la tortue verte. région (braconnage, dégradation

des populations, aussi bien les individus en alimentation que les femelles en ponte. Les

de ces plans de gestion. pondent sur les

indispensable de protéger ces deux zones à la fois, car il serait vain de protéger la tortue verte

la région

de phanérogames dans notre région, sont inféodés à des zones côtières très peu profondes et

h

(femelles en ponte, individus en alimentation, immatures, émergentes) et à prélever nos

répartis dans tout

biologie. Or, de ce point de vue, les espèces marines sont plus difficiles à étudier du fait de

Avise, 1998). Ainsi, de

reproduction. Plus récemment, le développement de nouvelles techniques comme le marquage

Pelletier et al., 2003 Girard et al., 2006

archives (Ciccione & R), de télémétrie acoustique (Taquet et al., 2006) mais

Bourjea et al., 2007),

de vie ou la démographie (Avise, 1998 t . Une espèce avec une forte diversité génétique et dont la grande fectif

utilisé en biologie de la conservation, en complément des études purement démographiques.

, de nombreux programmes de suivi des populations sur des marqueurs moléculai Bonhomme et al., 1987 Broderick et al., 1997

Mortimer & Broderick, 1999 Bourjea et al., 2007

structure génét également la distribution de cette diversité au plan géographique. Cette répartit extrinsèques, influençant cette structure et sa dynamique efficaces. et ce même si la gestion (MUs) qui constituent en quelque sorte les clés de voûte des populations. En effet, en

Moritz ).

Elles permettent la conservation et la gestion de la diversité génétique. Les unités de gestions

portantes. Elles constituent

Moritz

conservation efficaces.

Chapitre 1 : Les tortues vertes, des

tortues marines franches

Chapitre 1

Les toChelonia mydas) sont des reptiles

rdre des Chéloniens (ou

Márquez, 1990 Bjorndal, 1997;

), elles forment la super marines sont présentes dansn Indien. En plus de la tortue verte, qui est

Figure 1) :

La tortue luth (Dermochelys coriacea).

Seule représentante vivante de la famille des Dermochélyidés. Elle possède une fausse peser plus de 900 kg. Elle se nourrit principalement de calmars et de méduses. On la trouve - La tortue oLepidochelys olivacea).

Elle a un régime alimentaire très varié

eaux tempérées et tropicales, et est l presque toutes les îles océaniques. - La tortue de Kemp (Lepidochelys kempi). les efforts de conservation - La tortue caouanne (Caretta caretta). Ses mâchoires puissantes lui permettent de se nourri - La tortue imbriquée (Eretmochelys imbricata). Elle possède un bec pointu et crochu. Son régime alimentaire est principalement constitué tous les océans tropicau - La tortue à dos plat (Natator depressus). répertoriée en dehors de cette zone, M).

Figure a) b)

c) d) e) f) g) h) son variant phénotypique agassizii (un pêcheur). a b c g f e NON d h I. Biologie, écologie et comportement de la tortue verte A. Taxonomie, synonymie et principales caractéristiques e Systema naturae Linnaeus, 1758). Elle était alors classée dans le genre

Testudo

Chelonia mydas Tableau 1) sont les témoins des mondiale et de ce fait la distinction entre tortues terrestres et marines par Brongniart 1799. Ce dernier divise

Testudo Chelone, Chelonia

Chelonia

Caretta Chelonia

istence de variants

Thalassiochelys Euchelys. Les 3 derniers

le statut des populations de tortue

Tableau 1) désignant la tortue verte,

Linnaeus, 1758)

marine type, pour de nombreuses commun comestible

à soupe

Márquez, 1990

+ synonymes faisant référence au variant phénotypi

Synonyme Auteur Date

*Testudo mydas Linnaeus 1758

Testudo macropus Walbaum 1782

Testudo viridis Schneider 1783

Testudo japonica Thunberg 1787

Testudo Marina Vulgaris Lacepède 1788

Testudo viridi-squamosa Lacepède 1788

Testudo chloronotus Bechstein 1800

Chelonia mydas Brongniart 1800

Testudo cepediana Daudin 1802

Testudo rugosa Daudin 1802

Chelone midas Brongniart 1805

Chelonia mydas Schweigger 1812

Chelonia virgata Schweigger 1812

Caretta cepedii Merrem 1820

Caretta esculenta Merrem 1820

Caretta nasicornis Merrem 1820

Caretta Thumbergii Merrem 1820

Caretta Mydas Fitzinger 1826

Chelonia maculosa Cuvier 1829

Chelonia lachrymata Cuvier 1829

Chelonia Midas, (var.) japonica Gray 1831

Chelonia esculenta Weigmann & Ruthe 1832

Chelonia bicarinata Lesson 1834

Chelonia viridis Temminck & Schlegel 1834

Chelonia Marmorata Duméril & Bibron 1835

Chelonia (Chelonia) Mydas Fitzinger 1836

Chelonia (Mydas) viridis Cocteau 1838

Chelonia (Mydas) virgata Cocteau 1838

Chelonia (Mydasea) mydas Gervais 1843

Chelonia viridis Gray 1844

Megemys mydas Gistel 1848

**Chelonia mydas Agassiz 1857

Chelonia formosa Girard 1858

Euchelys macropus Girard 1858

Chelonia tenuis Girard 1858

Chelone macropus Strauch 1862

Chelone virgata Strauch 1862

Chelone maculosa Strauch 1862

Chelone marmorata Strauch 1862

Chelone albiventer Nardo 1864

Chelone viridis Strauch 1865

Thalassiochelys albiventer Günther 1865

+Chelonia agassizii Bocourt 1868

Mydas viridis Gray 1870

Chelone midas (sic) Cope 1871

Chelone mydas Boulenger 1889

Chelonia mydas mydas Mertens & Müiller 1928

(+)Chelonia mydas japonica Mertens & Müiller 1928 +Chelonia mydas agassizii Carr 1952

Pays Noms usuels

AFRIQUE DU SUD Asa, Fano, Groenseeskilpad (Afrikaans), Ifuclu, lcaha

ILES ANDAMAN et NICOBAR Duch-kacchua, Yadi-da

BELIZE White turtle

BRESIL Arauana, Aruana, Suruana, Uruana

CANADA Green turtle

CARAIBES Kadaloe

ILES CAROLINE Calap (Ponape), Melop (Palau), Wel mwon (Yap),

Winimon (Truk), Won (Marshall)

COLOMBIE Tortuga blanca or verde

COMORES Nyamba, Tortue verte

CUBA Tortuga verde

ETATS UNIS Green turtle, black turtle

ETHIOPIE Nyamba

ILES FIDJI Ika dame, Mako loa, Vonu damu, Vonu loa FRANCE Tortue franche, Tortue mangeable, tortue comestible, Tortue verte (nom français officiel pour la FAO)

GHANA Apuhulu, Ga-hala, Nzima-anjua

GUATEMALA Tortuga verde

HAWAII Honu

INDE Peramai (Tamil)

INDOCHINE Lemech, Vich

INDONESIE Penyu daging, Penyu nijaul, Penyu sala

ITALIE Tartaruga franca, Tartaruga verde

JAPON Ao umi-game

KENYA Green turtle, Nyamba

MADAGASCAR fano zato, fano omby (individus de grande taille), fanonjoaty

MALAYSIE Penyu agar, Penyu pulau

MEXIQUE Jacona (juvenile), Tortuga blanca

MOZAMBIQUE Assa Cabo Delgado, Ewe-klo, Itaruca, Kassa, Nrubi,

Nyamba (Swahili)

PHILIPPINES Pavvikan

POLYNESIE FRANCAISE Tortue verte, honu

PORTUGAL Tartaruga verde, aruanã

ROYAUME UNI Green turtle

SABA Penyu, Timbau

SENEGAL Tortue franche, Tortue verte

SEYCHELLES Torti

SRI LANKA Gal kasbava, Mali kasbava, Mas kasbava, Pal amai, Perr amai

SURINAME Krap'e

TANZANIE Green turtle

THAILANDE Tao-ta-nu

TONGA Ika-ta'one (males), Tongo tongo, Tu'a'uli,

Tu'alpolata (females), Tufonu

URUGUAY Tortuga verde

VENEZUELA Tortuga de sopa, Tortuga franca

Tableau 1 Márquez, 1990).

Chelonia mydas,

Figure 1, Figure 1) possède une vraie carapace, cordiforme et composée

écaille

88% de sa longueur. La taille et le poids moyens des individus varient selon la région. Les

Márquez, 1990)

Figure 1

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