[PDF] DEVELOPPEMENT DOUTILS ET DE METHODES DE SELECTION

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METHODES DE SELECTION GENOMIQUE

CHEZ LE BAR ET LA DAURADE

Ronan GRIOT, Marc VANDEPUTTE, François ALLAL, Sophie BRARD-FUDULEA 1

Financement et Partenaires

2

Le bar et la daurade :

deux espèces emblématiques de

Méditerranée

de la production

Production de 195 000 tonnes de bar et

220 000 tonnes de daurade en 2018

3 0 50
100
150
200
250

Production (milliers de tonnes)

Production de bar

CapturesAquaculture

0 50
100
150
200
250

Production (en milliers de tonnes)

Production de daurade

CapturesAquaculture

Une production menacée par les épidémies

NODAVIROSEVIBRIOSEPASTEURELLOSE

4

Développement optimal à

température élevée

Plus sévère chez les stades

précoces (larves et juvéniles)

Quelles solutions ?

Traitements

Vaccination

Sélection génétique

5

Les poissons challengés

COHORTES COMMERCIALES

NODAVIROSE: 2 cohortes de bar

VIBRIOSE: 1 cohorte de bar

PASTEURELLOSE: 1 cohorte de daurade

±1 000 individus génotypés sur 44K marqueurs

VNN_1VNN_2VIBPAS

6 Le modèle animal : couteau suisse du généticien

Y = Xb+ Zu+ e

Estimer les valeurs génétiques grâce au pedigree (PBLUP) ou aux marqueurs SNP (GBLUP) Estimer les effets des marqueurs puis détecter les QTLs 7

Détection de QTLs de

résistance à la nodavirose chez le bar

Un QTL détecté sur le LG12 chez VNN_1

et VNN_2

Un QTL détecté sur le LG8 chez VNN_1

Un QTL détecté sur le LG15 chez VNN_2

8 VNN_1 VNN_2

Delpuech& al, 2022

Gène candidat : interferon

inducedproteinIFI6

Efficacité de la

sélection génomique

800 individus dans la population

Gain quelque soit le couple maladie

/ espèce au moins 90% de la précision maximale (avec 57K marqueurs) 0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 1 0644
précision nombre de marqueurs (en milliers) 0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 1 0644
précision nombre de marqueurs (en milliers) 0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 1 0644
précision nombre de marqueurs (en milliers) 0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 1 0644
précision nombre de marqueurs (en milliers) +24,5%+8,9%
+11,6%+12,9% 9

Conclusion

bar La sélection génomique augmente le gain génétique 10

Remerciements

Le SYSAAF

Les entreprises EMG et FMD

11

Mon projet professionnel après ma thèse

poissons triploïdes

Data scientistchez EffiCity

Statistiques, machine learning, deeplearning,

12

MERCI POUR VOTRE ATTENTION

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