[PDF] Caractérisation génétique de Trypanosoma brucei s.l. : implications

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UNIVERSITEMONPELLIERII

SCIENCESETTECHNIQUESDULANGUEDOC

lTFRDESSCIENCES

Attribuéparlabibliothèque

THE8E

Pourobtenirlegradede

DOCTEURDEL'UNIVERSITEMONTPELLIERII

Formationdoctorale:Parasitologie

épidémiologiques

etnouvellesperspectives

Présentéeetsoutenuepubliquement

Par

MathurinKoffi

Le8Décembre2006

Jury II

Rapporteur

Examinateur

Examinateur

Examinateur

Directeurdethèse

1 serapossi6fe. 2

Remerciements

phénotypique chaquegèneresteindispensable icileplaisird'honorerenleurdisantmerci. d'unGrand

ProgrammeMobilisateur

d'unecollaborationtrès effet l'IRD(DSFIIRD)

Jetiens

Garcia.

Jeremercieparticulièrement:

GérardCuny,mondirecteurdethèsequi

m'aaccueillidanssonunitéderecherche

étude.Jesuisplusqu'heureuxd'avoireu

m'apermisd'êtreà monaisechaquefoisque pourm'avoiraccepté etencadrécetravail. 3 évènementsdeguerreconnusparlaCôted'Ivoire. Tescompétencesettesqualitésde parlenombred'articlesproduitsqueparle nombre remercie.

VincentJamonneau,

PhilippeSolano,

oùjesuisvenuterejoindre,nousavons

àl'InstitutPierreRichetetquisont

l'aboutissementdecettethèse. commelesjoursnonouvrables, lediresans exprimeraientexactementceque familleJamonneauque jeremercie.

SophieRavel,

Entecôtoyantj'aibeaucoup

appris formation. etDelphinePatrelavecqui aveztoujours unquelconqueaccessoiredulaboratoire.

Jevoussuisreconnaissantdevotreaide.

ThierrydeMeeüsdepart

microorganismes, populations, 4 quenoust'avonssollicité.Jevoudrais icitediremercidufondducoeur.

ChristianBarnabé,toiégalementtu

m'asbeaucoupapporté.C'estdansvotre plusieurslogicielsd'analyse.Tuas mesremerciementslesplussoutenus.

AtoutelafamilleCourtin

particulier présentationdemessitesd'études

Atoutel'équipe

j'appelleaffectueusement "DoyenKaba»,GrandLouis,Bamoro(mon délinquant),Alain jevousensuisplus jefélicitepoursanouvelle promotionde

Miezan,BléLeopold,GabinetDion.

àAbidjan.Lechef

étudeet

5

àtousceuxquideprèsoudeloin

ontcontribuéàmonépanouissement.Mme MarieclaireKouassi,MmeAssamoi,MmeAno

Koffi,SamuelBoboettouslesautres.

Amesparents,

àmesfrèresetsoeurs

6

REMERCIEMENTS3

INTRODUCTION10

PREMIEREPARTIE:ETATSDESCONNAISSANCES14

1.3.Evolutiondelamaladieaucoursdu20

ème

siècle17

1.4.SituationactuelledelamA18

Chapitre2.Lestrypanosomes21

2.1.Taxonomie21

2.2.1.MorphologieetCycleévolutif26

2.2.2.Structure

dugénome,30

2.2.2.1.Génomenucléaire30

2. 2.2. 2.Génomekinétoplastique31

2.2.4.Variationantigéniquedes trypanosomesafricainsetévitementdusystèmeimmunitaire33

2.4.1.Diagnostic39

2.4.1.1.Examenssérologiques39

2.4.1.2.Examensparnsitologiques40

2.4.3.Traitement

delamA42 ....•.•....•44

TECHNIQUESD'ISOLEMENT.(ARTICLE1)

.49 58

TRYPANOSOMABRUCEIGAMBIENSECIRCULANT

ENAFRIQUEDEL'OUEST

Introduction66

1.

Matérieletméthodes67

1.1.Zonesd'étude67

1.2.Inclusiondessujetsd'étude69

1.2.1.Inclusiondespatientsconfinnés70

1.2.3.Souchesderéférence74

1.3.Isolementetculturedestrypanosomes76

1.6.Détectiond'infectionsmultiples79

7

1.7.1.Analysecladistique80

1.7.2.IndicedefixationdeWright.80

2.1.Caractérisationisoenzymatique82

2.2.Caractérisation

parPCRlMicrosatellites86 2.

2.2. 2.Microsatellites

etgroupe1deT.b.gambiense88

2.3.1.Analysescladistiques98

2.3.2.5Testdeclonalité105

••.••••111

3.2. 2.Biais

CONCLUSIONSETPERSPECTIVES120

BIBLIOGRAPHIE123

ANNEXES151

Annexe1 _152

•153

Annexe3.ListedesPublications

8 ,---------oL--lo> L IIr L- 9

Introduction

etdanscertainspays onobservedesprévalencesidentiques la annuellementrapportéspar maisrévèlentsimplementl'absence

LaTHAresteunemaladieprioritairepour

l'OMSetentenantcomptedesDALYs etd'annéesdevieproductive

2001).

unprotozoaire flagellédel'espèce sous-espèces: rhodesiense maladieenAfriquede hématophage,laglossine(genre

LaTHAévoluechez

10 dansleliquidecéphalorachidien(LeR). defièvrefréquents,des ducomportement,dela

àlamortdumalade.Danslecasdela

formechroniqueà

T.b.rhodesiense,laphase

observéeenAfriquedel'Ouest etCentrale(Jamonneauet al.,2002;2004a),allantdeformes asymptomatiques(Lapeyssonie1960;Ginoux al.,1997a;Garciaet etle traitementdesmalades. d'untraitement

àunesituationpluscomplexe

queladichotomiemalade/non-malade confirmationparasitologique(Garcia auxtestsutilisés.

àdesinteractionscomplexes

individuelle

àlamaladie)(Garciaetal.,2006annexe3).

11 caractérisation génétiquedessouchesdetrypanosomescirculantdanslesfoyersde IRA leurmode dereproduction. 12

Premièrepartie

Etatdesconnaissances

13

Premièrepartie:Etatsdesconnaissances

Afriquesubsahariennedu

14

ème

degrédelatitudenordau29

ème

degrédelatitudesud,dansles

1. 1.Lespremièresdescriptionsdelamaladie

14

ème

siècle(1375)quand

Ilfautattendre

1734
précisedel'affectionquel'auteur débutdu 19

ème

desobservateursanglais,français "lethargus"remarquel'importancede nonseulementconnudes"négriers systématiquedesganglionscervicaux l'onpuisse

Denombreux

etal.,1909).Plusieursmilliersdemortsdu

éviterlescontaminations.

14

1.2.Identificationdel'agentpathogène

premièresdescriptionsremontent

Duttondécriten1902souslenomde

en

Ilpensealorsqu'il

il Nabarroconstatentquelestrypanosomessanguicolessont identiquesàceuxdusystème nerveuxetqu'ilsconstituent

Glossinapalpalissontlevecteurdela

maladie(Bruce etal.,1909;1911). qu'àl'époque,la maladie avoirremontélecours diffèrede cenouvelagentpathogène

KinghornetYorkedémontrentlerôlede

Glossinamorsitansdanslatransmissiondece

15

Thous.3Ilds

(OMS,2000) 16

1.3.Evolutiondelamaladieaucoursdu20

ème

siècle intensémenten notammentauCameroun lamot(1879-1937) toutesleszonestouchées quequelquesrares cas "enzonetropicale (Gentilini,1993).

L'éliminationpresquetotalede

àlarupturedes

systèmesdecontrôle,lamaladieait santépublique.

C'estnotammentlecaspourlaRépublique

2). comparable 17

1.4.SituationactuelledelaTHA

l'endémiesommeilleuse(figure d'un

Denombreuxfoyerssontactuellementactifsen

Afriquede

Actuellement,

2002).Danslesannées2000,

et500 l'OMSen2005annoncela d'unedétectiondemasse,etl'absenceou l'insuffisancededépistagedans

L'importancede

Ghana,leBurkinaFaso

BoffaetDubrekaenGuinée

(Camara al.,2006). 18

Ondistingue:

•Profilépidèmique

FortE>E'ndi?mie>

Faiblee>ndémi6'

DPaysilrisquE'

oPaysnmlouchés j 1 f

KENYA,MALI,NIGIERA,TOGO,ZAMBIE:

NAMIBIE,R'NANDA,SENEGALSIERRA-LEON

NE, 19

J\'1édecinetropicale,Gentilini,1993)

oZoneàT .b.gambiense •Zone

àT .b.rhodesiense

_______1.;,· •Foyerde lamangroveguinéenne(Dubreka,Boffa) 20

Chapitre2.Lestrypanosomes

en1842parun (Trypanosomarotatorium).Depuiscette animales

T.equiperdum,parasitedes

équidés.

2.1.Taxonomie

Protozoairesduphylum

l'invertébré vecteur

Salivaria.

Cettesectioncomprend3sousgenres:

(Trypanosomalewisi) dutubedigestifL'infestationdel'hôte 21

Trypanozoon.

22
OENRE

SOUS·ESPECEESPECE

Endotrypanum

Tejerala

DuttoneUa

Nannomonas

Trypanotcon

PycnonwllJl8

rr.lr.)rangeii T. (D.)"";./v';x r-:-(ûj r-:-(T-:) equlj;rdiim 1. ('P.) 1 T. (D.) uniforme T. (N.) mmlJl! r. (T.) eVaM 1 1 r. (T.) brucel 1 1 l 11 T. (T.) b.bruui 1 B.

Sal/varla

T. (T.) b. rhodesiense 1 T. (T.) b. gambiense 1 11

Herpetosoma

Megatrypanum

Schtzorrypanum

-r-:-(M-:)i&iï;'ri- 1 T. (H.)

IllUSculi

r. (M.) T. (S.) dion/si/ 1 1 T. (H.) micron 1 l,1 A.

SltrcoraT'ia

1 1111L
,1 L. 1 genre (Luckins chezlescamélidés)maisaussi

T.evansidonttrèsrécemment,

chezunpatientdépistéenInde(Joshiet ilesttransmis mécaniquementpardes particularitéd'êtretransmis parvoiesexuelle.Cependant,lestatutspécifiquede

T.evansiet

de T.equiperdumaétérécemmentmisendoute(Claesetal.,2005; 2006;Lietal.,2005;

2006).

T.b. insectesvecteurs. cliniques,d'hôtes, toutequotesdbs_dbs41.pdfusesText_41

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