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GUIDE

DES MÉTHODES DE DIAGNOSTIC

milieux naturels

Application aux sites de carrière

3

Yves ADAM (UNPG)

Christian BÉRANGER (UNPG)

Olivier DELZONS (SPN/MNHN)

Bernard FROCHOT (Président de Bourgogne-Nature)

Johan GOURVIL (ENCEM)

Patrick LECOMTE (UNPG)

Marion PARISOT-LAPRUN (ANVL/Association des Naturalistes de la Vallée du Loing)

Farid BENSETTITI (SPN/MNHN)

Alain CANARD (Université de Rennes, SPN/MNHN)

Xavier CUCHERAT (Picardie Nature)

Jean-Christophe de MASSARY (SPN/MNHN)

Olivier ESCUDER (SPN/MNHN)

Olivier GARGOMINY (SPN/MNHN)

Vincent GAUDILLAT (SPN/MNHN)

Arnaud HORELLOU (SPN/MNHN)

Jean-Christophe KOVACS (ÉCOSPHÈRE)

Gérard LUQUET (SPN/MNHN)

Pierre NOËL (SPN/MNHN)

Vincent PRIÉ (BIOTOPE)

Jean-Philippe SIBLET (SPN/MNHN)

Olivier VERDIER (ENCEM)

l'Association Française Interprofessionnelle des Écologues (AFIE) Auteurs : Adam Y., Béranger C., Delzons O., Frochot B., Gourvil J., Lecomte P., Parisot-Laprun M.

Année : 2015

Titre : " Guide des méthodes de diagnostic écologique des milieux naturels - Application aux sites de carrière »

UNPG, 3 rue Alfred Roll 75849 - Paris Cedex 17 - environnement@unicem.fr

Maquette : Sonia LANDREAU

Ginette CHARRON

Marion LE GOFFIC

SOMMAIRE

PRÉAMBULES de l"UNPG, du MNHN, de l"AFIE 7

Partie 1 - CONTEXTE ET GÉNÉRALITÉS

11

A) POURQUOI CE GUIDE ?

13 B) DES MÉTHODES DE DIAGNOSTIC ÉCOLOGIQUE DES MILIEUX NATURELS :

POUR QUELS USAGES ?

17

Les domaines d"application 18

1) Investigations préliminaires (ou pré-diagnostics) 20

2) Étude d"impact 21

3) Étude d"incidence Natura 2000 28

4) Étude d"incidence " loi sur l"eau » 32

5) Demande de dérogation sur des espèces protégées 35

6) Élaboration et suivi d"un plan de gestion d"espèces ou d"espaces 40

7) Élaboration et suivi d"un plan de surveillance de la qualité d"un espace 41

8) Programmes d"acquisition de données sur le patrimoine naturel 42

9) Approche environnementale dans le cadre de l"élaboration d"un schéma 42

d"aménagement C) CHOIX DES MÉTHODES DE DIAGNOSTIC ÉCOLOGIQUE DES

MILIEUX NATURELS 45

C.1. Quelles approches et quel déroulement pour établir un diagnostic des milieux naturels ? 46
C.2. Choix des méthodes de diagnostic écologique 50

1) Choix des méthodes selon le type d"étude 50

2) Choix des méthodes selon l"objectif et les priorités de l"étude 51

3) Choix des méthodes selon l"échelle géographique 52

4) Choix des méthodes selon le type de carrière 53

D) QUELQUES PRINCIPES À RESPECTER : PÉRIODES DE PROSPECTION,

RÉGLEMENTATION, PRÉCAUTIONS 55

E) EXEMPLE FICTIF 59

1) Présentation du site envisagé par le projet d"extraction 60

2) Investigations préliminaires 60

3) Redénition du projet 61

4) Dénition du secteur d"étude 61

5) Diagnostic écologique 62

6) Étude d"impact 62

5

F) BIBLIOGRAPHIE 63

Partie 2 - FICHES MÉTHODOLOGIQUES 69

Les approches générales 73

1 - Méthodes - Généralités 75

2 - Transects 83

3 - Capture - marquage - recapture 87

4 - Enlèvements successifs 93

5 - Bio-indication 97

6 - Continuité écologique 105

Les outils concernant la ore et la végétation 111

7 - Flore et végétation 113

8 - Communautés végétales et habitats 125

Les outils concernant la faune 133

Invertébrés (hors insectes)

9 - Mollusques 135

10 - Araignées

143

11 - Écrevisses 151

12 - Macroinvertébrés aquatiques 157

Invertébrés/insectes

13 - Insectes/généralités 167

14 - Odonates (libellules) 179

15 - Orthoptères (criquets/sauterelles)

185

16 - Coléoptères carabidés 191

17 - Coléoptères saproxyliques 197

18 - Hyménoptères apoïdes (abeilles solitaires et bourdons) 205

19 - Fourmis rousses 209

20 - Syrphes 213

21 - Rhopalocères (papillons de jour) 219

22 - Hétérocères (papillons de nuit) 225

Vertébrés

23 - Inventaire qualitatif des poissons 229

24 - Quantication des poissons 233

25 - Inventaire qualitatif des amphibiens 241

26 - Quantication des amphibiens 249

27 - Reptiles 257

28 - Inventaire qualitatif des oiseaux 263

29 - Quantication des oiseaux 269

30 - Grands mammifères 283

31 - Chiroptères 289

32 - Micromammifères 297

SOMMAIRE

Les indices 303

33 - Indice biologique global normalisé (IBGN) 305

34 - Indice biologique macrophytique en rivière (IBMR) et Indice biologique

macrophytique en lac (IBML) 313

35 - Indice poissons rivière (IPR) 321

36 - Indice de biodiversité des étangs et des mares (IBEM) 327

37 - Indice mollusques (IMOL)

331

38 - Indice phytoplancton lacustre (IPLAC) 335

39 - Indice biologique diatomées (IBD) 341

40 - Indice oligochètes de bio-indication lacustre (IOBL) 347

41 - Indice oligochètes de bio-indication des sédiments (IOBS) 351

42 - Diagnostic de qualité de l"air (lichens) 357

ANNEXE A - Zonages et espèces d'intérêt écologique 365

ANNEXE B - Valeur patrimoniale 371

GLOSSAIRE 379

LISTE DES SIGLES ET ACRONYMES 387

préambule Face aux enjeux multiples liés à l'érosion de la biodiversité, avec la prise en compte de sa préservation dans les politiques publiques, en particulier avec les Trames Vertes et Bleues, ou encore le renforcement du contenu des études d"im- pact, les expertises des milieux naturels doivent s"appuyer sur des méthodes rigoureusement reconnues. Ainsi l"UNPG a coné au Muséum National d"Histoire Naturelle et à l"Associa- tion Française Interprofessionnelle des Écologues l"élaboration d"un guide sur les méthodes de diagnostic écologique des milieux naturels. Cet ouvrage s"attache à décrire précisément de nombreux protocoles selon les types de milieux, applicables pour les études d"impact comme pour les suivis écologiques d"exploitation, de réaménagements ou de mesures compen- satoires. Il s"appuie sur des ches méthodologiques selon les groupes (ore, insectes, reptiles, ...) et en fonction des problématiques étudiées (valeur patri- moniale, continuité écologique,...). Il est destiné à un grand nombre d"acteurs (acteurs économiques, bureaux d"études, gestionnaires d"espaces naturels, ...) et permet de mener une exper- tise écologique scientique et proportionnée aux enjeux du projet dans son territoire. L"approche naissante des services écosystémiques et de leurs valeurs, la combi- naison entre écologie et paysage ou encore, les relations entre la biodiversité et les dérèglements climatiques sont autant de nouveaux dés auxquels il fau- dra répondre par des analyses pertinentes et partagées. Ce document vient compléter les travaux menés en collaboration étroite avec le monde scientique depuis plus de 20 ans sur l"amélioration des connais- sances relatives aux effets et potentialités des carrières. Il s"inscrit pleinement dans l"engagement de l"UNPG à la Stratégie Nationale pour la Biodiversité et répond aux ambitions nécessaires et légitimes de la Profession pour concilier les enjeux de la préservation de la biodiversité et du développement durable des activités économiques.

Christian BÉRANGER

Président de la Commission Environnement de l'UNPG 7 préambule L'importance de la biodiversité comme élément vital pour l'humanité semble aujourd"hui admise même si la transcription politique de ce paradigme reste encore trop soumise aux aléas économiques et qu"elle semble parfois une va- riable d"ajustement dans les politiques publiques. Néanmoins la réglementation en matière de prise en compte des espèces et des habitats naturels n"a jamais cessé de se complexier depuis la Loi fondatrice sur la protection de la nature de juillet 1976. Et les différents acteurs, au premier rang desquels gurent les entreprises, se trouvent confrontés à l"obligation d"appliquer des textes sans pouvoir toujours réellement comprendre leur portée et les modalités de leur ap- plication. À l"identique, les services publics chargés des missions de police sont souvent démunis face au développement de méthodologies ésotériques, ou de dispositifs mal maîtrisés. Enn, les bureaux d"études chargés de mettre en œuvre la réglementation pour le compte des donneurs d"ordre publics ou privés sont eux-mêmes confrontés à l"utilisation de nombreux " outils » dont ils ne mesurent pas toujours les limites de l"application au regard des moyens nanciers alloués. Cela contribue à une réelle discrimination entre les propositions d"études faites par les experts auprès des commanditaires. L"ouvrage que vous avez entre les mains tente de tracer un chemin dans la jungle des procédés, des méthodes et des évaluations relatifs à l"étude de la faune, de la ore et des habitats. Il vise à permettre de mieux comprendre comment et pourquoi ces outils ont été conçus et surtout à quelles questions ils permettent de répondre. Il constitue un vade-mecum à l"usage des profession- nels qui souhaitent optimiser leurs commandes ou leurs réponses. Soyons clairs, il ne s"agit pas ici d"essayer de renverser les rôles. Chacun doit être à sa place dans la fonction qu"il occupe. Mais le partage d"une culture de base commune ne peut que favoriser les échanges et la compréhension mutuelle, ferment d"une meilleure application des textes réglementaires et d"une plus grande appropria- tion des problématiques. Ce guide se veut avant tout pratique. Mais il ne revendique pas d"être d"une utilisation facile. Il nécessitera du lecteur un effort minimal pour entrer dans la logique de sa conception. Mais l"effort sera sans nul doute récompensé pour celui qui s"en donnera la peine. Il faut remercier ici tous ceux qui, de près ou de loin, ont permis à cet ouvrage d"exister : auteurs, relecteurs, metteurs en page, nanceurs. Ce document constitue un des ouvrages les plus aboutis sur ces questions complexes. J"espère qu"au fur et à mesure de son usage, vous parta- gerez ce constat. Merci à l"UNPG et à l"AFIE de cette collaboration fructueuse !

Jean-Philippe SIBLET

Directeur du Service du Patrimoine Naturel

Muséum National d"Histoire Naturelle

Paris, le 27 juillet 2015

préambule Si les exploitations de carrières sont sources d'impact sur l'environnement, les sites correctement réaménagés constituent quant à eux de véritables réservoirs de faune et de ore. Prenant progressivement conscience de leurs responsabili- tés en matière de préservation de la biodiversité, les carriers ont compris qu"un état des lieux de qualité était la base de la compréhension du fonctionnement des milieux naturels et le fondement de toute étude écologique. On ne s"éton- nera donc pas de retrouver aujourd"hui l"Union Nationale des Producteurs de Granulats (UNPG) en première ligne sur les questions de méthodes de diagnostic écologique, ce thème méritant bien un guide à part entière. En sollicitant la contribution de l"AFIE (Association Française Interprofession- nelle des Écologues), l"UNPG avait la volonté d"ancrer son projet dans une ré- alité opérationnelle. Établie depuis 1979, notre association est constituée d"un réseau de professionnels travaillant dans le secteur de l"écologie appliquée au sein de structures associatives, publiques ou privées. Nous avons ainsi été à même d"apporter le retour d"expérience, le savoir-faire et toute l"expertise de nos membres pour la structuration du sujet, la dénition de ses contours et la première version du guide technique. La parution de cet ouvrage contribue pleinement aux objectifs de l"AFIE, dont la vocation est de promouvoir les compétences et les savoir-faire en ingénierie écologique pour la prise en compte des enjeux de préservation du patrimoine naturel, dans tous les secteurs d"activités. Ce guide délivre les éléments de contexte essentiels pour la compréhension du sujet par tous et synthétise, dans ses ches techniques, la connaissance la plus poussée pour la mise en œuvre des méthodes de diagnostic. Ce guide nous rappelle ainsi que pour traiter d"un sujet aussi complexe que la biodiversité, la collaboration de tous est nécessaire et le recours à des experts indispensable. D"un projet ambitieux, l"UNPG a su faire un guide pratique qui,quotesdbs_dbs26.pdfusesText_32
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