[PDF] Mise au point de milieux de culture sélectifs pour létude de la

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Chaumeton, Justine. Mise au point de milieux de culture sélectifs pour l'étude de la biohydrogénation ruminale.

Thèse d'exercice,

Médecine vétérinaire, Ecole Nationale Vétérina ire de Toulouse

ENVT, 2018, 178 p.

MISE AU POINT DE MILIEUX DE CULTURE

BIOHYDROGENATION RUMINALE

_________________ présentée et soutenue publiquement -Sabatier de Toulouse par

CHAUMETON Justine

Directeur de thèse : Mme Annabelle MEYNADIER

___________ JURY

M. Thierry LEVADE

Mme Annabelle MEYNADIER

M. Francis ENJALBERT

ANNEE 2018 THESE : 2018 TOU 3 4006

MISE AU POINT DE MILIEUX DE CULTURE

DE DE LA

BIOHYDROGENATION RUMINALE _________________ THESE pour obtenir le grade de

DOCTEUR VETERINAIRE

présentée et soutenue publiquement -Sabatier de Toulouse par

CHAUMETON Justine

Née, le 12 octobre 1989 à Auch (32) ___________

Directeur de thèse : Mme Annabelle MEYNADIER

___________ JURY

PRESIDENT :

M. Thierry LEVADE

ASSESSEURS :

Mme Annabelle MEYNADIER

M. Francis ENJALBERT

-Sabatier de TOULOUSE

Maître de Conférences

Professeur

Répartition des Enseignants-Chercheurs par Département.

Mise à jour : 15/01/2018

DIRECTRICE : ISABELLE CHMITELIN

ELEVAGE ET PRODUITS/SANTE

PUBLIQUE VETERINAIRE SCIENCES

BIOLOGIQUES ET

FONCTIONNELLES SCIENCES CLINIQUES DES ANIMAUX

DE COMPAGNIE, DE SPORT ET DE

LOISIRS

Responsable :

M. SANS

ALIMENTATION ANIMALE :

M. ENJALBERT Francis, PR

Mme PRIYMENKO Nathalie, MC

Mme MEYNADIER Annabelle, MC

EPIDEMIOLOGIE :

Mathilde PAUL, MC

PARASITOLOGIE-ZOOLOGIE :

M. FRANC Michel, PR

M. JACQUIET Philippe, PR

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Mme BOUHSIRA Emilie, MC

HYGIENE ET INDUSTRIE DES ALIMENTS :

M. BRUGERE Hubert, PR

M. BAILLY Jean-Denis, PR

Mme BIBBAL Delphine, MC

Mme COSTES Laura, AERC

Mme DAVID Laure, MC

PATHOLOGIE DE LA REPRODUCTION :

M. BERTHELOT Xavier, PR

M. BERGONIER Dominique, MC

Mme CHASTANT-MAILLARD Sylvie, PR

Mme HAGEN-PICARD Nicole, PR

M NOUVEL Laurent-Xavier, MC

Mme MILA Hanna, MC

PATHOLOGIE DES RUMINANTS :

M. SCHELCHER François, PR

M. FOUCRAS Gilles, PR

M CORBIERE Fabien, MC

M. MAILLARD Renaud, PR

. M. MEYER Gilles, PR

M. HERRY Vincent, MCC

PRODUCTION ET PATHOLOGIE AVIAIRE

ET PORCINE :

Mme WARET-SZKUTA Agnès, MC

M. JOUGLAR Jean-Yves, MC

M. GUERIN Jean-Luc, PR

M. LE LOC'H Guillaume, MC

PRODUCTIONS ANIMALES

AMELIORATION GENETIQUE ECONOMIE :

M. DUCOS Alain, PR

M. SANS Pierre, PR

M. RABOISSON Didier, MC

Responsable : Mme GAYRARD

ANATOMIE :

M. MOGICATO Giovanni, MC

M. LIGNEREUX Yves, PR

Mme DEVIERS Alexandra, MC

M. CARTIAUX Benjamin, AERC

ANATOMIE PATHOLOGIQUE - HISTOLOGIE :

M. DELVERDIER Maxence, PR

Mme LETRON-RAYMOND Isabelle, PR

Mme BOURGES-ABELLA Nathalie, PR

Mme LACROUX Caroline, PR

M. GAIDE Nicolas, AERC

BIOLOGIE MOLECULAIRE :

Mme BOUCLAINVILLE-CAMUS Christelle, MC

MICROBIOLOGIE - IMMUNOLOGIE -

MALADIES INFECTIEUSES :

M. BERTAGNOLI Stéphane, PR

M. VOLMER Romain, MC

Mme BOULLIER Séverine, PR

Mme DANIELS Hélène, MC

SANTE PUBLIQUE VETERINAIRE - MALADIES

ANIMALES REGLEMENTEES :

M. VERGNE Timothée, MC

BIOSTATISTIQUES :

M. CONCORDET Didier, PR

M. LYAZRHI Faouzi, MC

PHARMACIE-TOXICOLOGIE :

M. PETIT Claude, PR

Mme CLAUW Martine, PR

M. GUERRE Philippe, PR

M. JAEG Philippe, MC

PHYSIOLOGIE -PHARMACOLOGIE

THERAPEUTIQUE :

M. BOUSQUET-MELOU Alain, PR

Mme GAYRARD-TROY Véronique, PR

Mme FERRAN Aude, MC

M. LEFEBVRE Hervé, PR

BIOCHIMIE. :

Mme BENNIS-BRET Lydie, MC

ANGLAIS :

M. SEVERAC Benoît, PLPA

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Responsable :

Mme CADIERGUES

ANESTHESIOLOGIE

M. VERWAERDE Patrick, MC

CHIRURGIE :

M. AUTEFAGE André, PR

M. ASIMUS Erik, MC

M. MATHON Didier, MC

Mme MEYNAUD-COLLARD Patricia, MC

Mme PALIERNE Sophie, MC

MEDECINE INTERNE :

Mme DIQUELOU Armelle, MC

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M. JOUSSERAND Nicolas, AERC

OPHTALMOLOGIE :

M. DOUET Jean-Yves, MC

DERMATOLOGIE :

Mme CADIERGUES Marie-Christine, PR

IMAGERIE MEDICALE

M. CONCHOU Fabrice, MC

BIOLOGIE MEDICALE. :

Mme TRUMEL Catherine, PR

PATHOLOGIE DES EQUIDES :

M. CUEVAS RAMOS Gabriel, MC

Mme LALLEMAND Elodie, MC

Mme BORDE-DORE Laura, MCC

REMERCIEMENTS

A MON PRESIDENT DE JURY DE THESE

Monsieur le Professeur LEVADE

Professeur à la Faculté de Médecine de Rangueil

Biochimie

Avec toute ma gratitude et mes hommages respectueux.

A MON JURY DE THESE

Madame le Maitre de Conférences TROEGELER-MEYNADIER

Alimentation

Pour son aide, sa disponibilité, sa patience et sa gentillesse,

Monsieur le Professeur ENJALBERT

Alimentation

e thèse. 6

7 TABLE DES MATIERES

Table des abréviations 11

Table des figures 13

Table des tableaux 17

INTRODUCTION 19

PREMIERE PARTIE : ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE 21

1. Le Rumen 23

1.1. Anatomie du rumen 23

1.1.1. Conformation externe 23

1.1.2. Conformation interne 26

1.1.3. Topographie 28

1.2. Paramètres physico-chimiques du réticulo-rumen 29

1.2.1. 29

1.2.2. Le pH 29

1.2.3. La température 32

1.2.4. -réduction 33

1.2.5. La pression osmotique 33

1.3. Stratification du contenu ruminal 34

1.4. Motricité du réticulo-rumen 35

2. Environnement microbien du rumen 38

2.1. Les bactéries 38

2.1.1. Les bactéries fibrolytiques 42

2.1.2. Les bactéries amylolytiques et utilisatrices des glucides

simples 43

2.1.3. Les bactéries utilisatrices de lactate 45

2.1.4. Les bactéries protéolytiques 45

2.1.5. Les bactéries transformant les lipides 46

2.2. Les protozoaires 48

2.3. Les champignons 50

2.4. Variations du microbiote ruminal 50

2.4.1. Variations physiologiques 51

2.4.2. Variations pathologiques (dysbioses) 52

8 3. Digestion gétale par les micro-organismes

ruminaux 55

3.1. Digestion des glucides 55

3.1.1. Dégradation des glucides pariétaux 57

3.1.2. Dégradation de 59

3.1.3. Métabolisme bactérien des oses simples 59

3.1.4. Devenir des produits terminaux de la digestion des glucides 59

3.1.5. Facteurs de variation de la fermentation des glucides 61

3.2. Digestion des lipides 62

3.2.1. Lipolyse des lipides alimentaires 63

3.2.2. Biohydrogénation des acides gras insaturés 63

3.2.2.1. 63

3.2.2.2.Į-linolénique 65

3.2.3. Facteurs de variation du métabolisme lipidique 66

3.2.4. Facteurs de variation de la proportion en isomères trans 11 et

trans 10 67

DEUXIEME PARTIE : EXPERIMENTATION 71

1. Matériels & Méthodes 73

1.1. Conditions de cultures 74

1.1.1. Inoculum 74

1.1.2. Solutions tampons 74

1.1.3. Substrats 75

1.1.4. Déroulement des cultures 76

1.2. Mesure des activités microbiennes 77

1.3. Mesure des activités enzymatiques 78

1.4. Analyses 79

1.4.1. Dosage des acides gras 79

1.4.2. Dosages des acides gras volatils 83

1.4.3. Analyse du microbiote 85

1.5. Calculs réalisés 86

1.6. Analyse statistique 88

2. Résultats et discussion 89

2.1. Evolution et comparaison du pH sur 5 jours de culture 89

2.2. Evolution sur 5

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