[PDF] Protocole de Labo I - Extraction de lADN

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sofia.wyler@unine.ch ADN DE QUALITÉ AUJOURD'HUI = MATÉRIEL RESSOURCE DEMAIN Extraire l'ADN avec des techniques respectueuses des bonnes pratiques en conditionnement du matériel organique (tissu) et/ou génétique (ADN) dans de bonnes conditions facilite un usage ultérieur. Manipulation Le matériel organique à partir duquel l'edžtraction de l'ADN est effectuée doit être manié en suivant des protocoles adaptés au type de matériel. Si le spécimen entier est utilisé pour l'edžtraction de l'ADN, une méthode non- destructive doit alors être privilégiée. Pendant l'edžtraction de l'ADN, il est important d'Ġǀiter les cross- contaminations, surtout avec des méthodes d'edžtraction en plaques. Une fois extrait, l'ADN se dégrade avec le temps et les décongélations successives. Il est donc conseillé de travailler avec un aliquote et de conserver l'échantillon ADN dans des conditions stables. Conditionnement Le conditionnement individualisé des extraits d'ADN est fortement conseillé. Les contenants doivent être hermétiques et résistants aux conditions de préservation utilisées. Chaque échantillon tissulaire et/ou ADN individuel doit recevoir un identifiant univoque. Il est fortement conseillé de placer sur chaque échantillon une étiquette adaptée au contenant et qui y adhère à coup sûr.

Protocole de Labo I

Extraction de l'ADN

Méthode

La technique doit être

adaptée à l'organisme

étudié et à l'échantillon

organique de départ.

Matériel

Le matériel biologique

concerne l'Ġchantillon tissulaire du spécimen (feuille, sang, muscle, frottis buccal) et l'Ġchantillon génétique (extrait ADN).

Données

Les informations

relatives à l'edžtraction sont indispensables, ainsi que celles relatives au matériel génétique disponibles - tissu et ADN.

ALIQUOTE ADN

Laboratoire

1

ECHANTILLONS

Institution

2

INFORMATIONS

SwissBOL

3

Juillet 2019

sofia.wyler@unine.ch

BONNES PRATIQUES

Méthodologie Des instruments adaptés et stériles doivent être utilisés lors de la préparation des échantillons

tissulaires servant à l'edžtraction de l'ADN. Le port de gants est obligatoire pendant toutes les manipulations et des

précautions doivent être entreprises afin d'éviter les cross-contaminations. Lors du processus d'edžtraction de l'ADN,

il est indispensable d'utiliser des auxiliaires stérilisés (récipients, tubes, eppendorfs, falcons, pointes) et le recours à

des pointes à filtres est clairement un avantage. De plus, il est fortement conseillé de prendre des pipettes

pré-PCR. De nombreuses méthodes commerciales garantissant de très bons taux de réussite existent sur le marché,

mais des procédures moins standardisées et moins onéreuses sont également à disposition. Ce qui importe est que

la méthode sélectionnée soit adaptée au groupe taxonomique et au type de matériel organique. Enfin, une méthode

ayant fait ses preuves pour disposer d'ADN en quantité et qualité doit évidemment être privilégiée.

Stockage Afin de garantir la non-dégradation de la qualité de l'ADN, le matériel biologique doit être conditionné

dans de bonnes conditions de préservation, en termes de température et d'humiditĠ. Les échantillons organiques

doivent être conservés de façon à garantir une manipulation de qualité par la suite. Les échantillons génétiques

doivent être conditionnés à -80°C ou dans de l'azote liquide. Néanmoins, pour un stockage à court ou moyen terme

une conservation à -20°C peut aussi être envisagée. Les aliquotes de travail peuvent être gardés à -20°C, ou

éventuellement à 4°C si une utilisation intensive est prévue pendant une courte durée. Les contenants des différents

échantillons doivent être adaptés aux type de matériel et doivent remplir les critères d'ĠtanchĠitĠ et de résistance

aux conditions de stockage pratiqués.

Etiquetage Le même identifiant temporaire peut être utilisé sur tous les dérivés du même spécimen et il doit être

apposé de façon sûre sur les différents contenants. L'identifiant temporaire correspond à un code univoque pour le

laboratoire d'analyse ou pour le lot de spécimens en traitement. Des étiquettes adaptées et performantes doivent

être prévues pour tout le matériel conditionné à moyen long terme.

Informations Afin de faciliter le maintien des liens entre les différents objets, il est recommandé de garder

l'identifiant unique attribué au spécimen - BARCODE TAG (identifiant unique en étiquette fourni par GBIF.ch);

INFOSPECIES ID (identifiant de l'occurrence attribué par un centre de données); MUSEUM ID (numéro de catalogue

fourni par l'institution muséale); FIELD ID (identifiant arbitraire attribué temporairement lors de la récolte). Les

informations concernant l'edžtraction et le matériel sont indispensables pour la qualité des données.

Priorisation des informations : 1 - obligatoire ; 2 - basique ; 3 - recommandé ; 4 - optionnel.

VOUCHERID1Identifiant interne utilisé pour assurer les liens entre les informations génétiques - BARCODE TAG

(GBIFCHID) ou INFOSPECIES ID (occurrence ID) ou MUSEUM ID (catalog Number) PROJECTCODE1Code attribué au projet auquel l'aquisition de la séquence est associée

DNA_EXTID1Identifiant assigné par le labo, assurant temporairement les liens entre les informations génétiques

DNA_EXTINS1Institution /Compagnie ayant effectué l'extraction DNA_EXTCONTACT3E-Mail de la personne de contact concernant l'extraction

DNA_EXTMETHOD1Méthode ou protocole utilisé

DNA_EXTMETHODSUP3Fournisseur commercial du kit ou référence bibliographique du protocole utilisé

DNA_EXTSTAFF4Personne ayant procédé à l'extraction d'ADN - nom et prénom en toutes lettres

DNA_EXTYEAR1Date de l'extraction Année

DNA_DNATYPE1Type d'ADN extrait

DNA_DNAINS2Institution qui dispose encore de l'échantillon génétique

DNA_DNAID2Identifiant interne assigné par l'institution assurant actuellement le stockage à l'échantillon génétique

DNA_TISSUETYPE1Type de matériel organique utilisé pour l'extraction de l'ADN DNA_TISSUEINS2Institution qui dispose encore de l'échantillon organique

DNA_TISSUEID2Identifiant interne assigné par l'institution assurant actuellement le stockage à l'échantillon organique

MATERIEL

GENETIQUE

(DNA)

METHODE

D'EXTRACTION

(EXT)

MATERIEL

TISSULAIRE

(TISSUE)

IDENTIFICATION

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