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SOMMAIRE
La flore commensale des voies aériennes supérieures …………………………………………………………8 Définition et classification… ... diagnostic des candidoses oropharyngées ;.
Bactéries pathogènes et environnement
bactéricides (acide lactique bactériocines). Homéostasie de la barrière épithéliale intestinale. Fonctions majeures de la flore commensale colique ...
Les pneumonies aiguës communautaires bactériennes de ladulte
Définition incidence et mortalité bronchique et non pas de la cavité oropharyngée. Les ... faible spécificité (contamination des crachats par la flore.
Bactéries pathogènes
et environnementHélène Jean-Pierre
Laboratoire de Bactériologie
CHU Montpellier
Les bactéries
Micro-organismes
(organisme vivant microscopique)Unicellulaires
Taille moyenne 0.5 à 1 µm
Procaryotes (pas de noyau)
Les plus répandus et dont la
présence est la plus ancienne sur TerreVivent en communauté
→ colonie bactérienneS'échangent des gènes1677
Classification des bactéries
Forme Coloration
de Gramcocci (ex.Streptococcus)GRAM NEGATIFGRAM POSITIF
bacilles (ex : E. coli)Les bactéries : cycle de vie
Conditions idéales : elles se
reproduisent et doublent leur nombre toutes les 20 mn environ.1 cellule mère → 2 cellules
filles identiques par scission binaire (asexuée)Conditions défavorables : certaines forment une spore résistante +++ qui peut se transformer en une nouvelle bactérie.Lieux de vie des bactéries
8 Tous les écosystèmes
(sol, eaux douces, mers, air)Bactéries saprophytes de l'environnement
Assurent la transformation de l'azote en ammoniaque, la minéralisation des matières organiques Parfois pathogènes pour l'homme (Listeria, Legionella, Clostridium) 8 Associées aux plantes, aux animaux et à l'homme avec lesquels elles entretiennent des relationsSymbiose
Commensalisme
Parasitisme (bactérie pathogène)
Relations hôte bactéries
Bactéries commensales
l'hôte fournit une partie de sa propre nourriture au commensal : il n'obtient en revanche aucune contrepartie évidente de ce dernierLa symbiose est une association durable entre
deux êtres vivants et dont chacun tire bénéficeFlores commensales
Les bactéries résidentes sont 10 fois plus
nombreuses que les cellules somatiques et germinales du corps humain et représentent, combinées, un métagénome dont le nombre de gènes est 100 fois supérieur à celui du génome humain (Shanahan, 2002)un être humain = 1013 cellules + 1014 micro-organismes
associés (surface peau et muqueuses)Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus aureus (40-60% porteurs)
Propionibactéries (P. acnes)
Corynébactéries
Cocci à Gram + anaérobies
Zones lipidiques: 10
6-107 UFC/cm2
Zones humides : 10
5-108 UFC/cm2
Zones sèches : 10
3-104 UFC/cm2Peau et follicules pileux
500 espèces, 10
10 CFU/ml de salive
Streptocoques +++
Staphylococcus epidermidis
Neisseria non pathogènes
Corynébactéries
Anaérobies +++Cavité buccaleFlores commensales 108-109 UFC/cm2
Streptocoques α-hémolytiques
Neisseria non pathogènes
Corynébactéries
Staphylococcus epidermidis
Portage:
Streptococcus pneumoniae,
Haemophilus influenzae, Streptocoques
β-hémolytiques, Neisseria meningitidisLactobacilles105-107 UFC/ml ou g prélevéCavité vaginaleFlores commensalesVoies aériennes supérieures
Estomac: 10-10
3 UFC/ml
Lactobacillus, Streptococcus, Staphylococcus,
Entérobactéries, Helicobacter, levures
Duodénum et jéjunum: 10
2-105 UFC/ml
Lactobacillus, Streptococcus, Bifidobacterium,
Entérobactéries, Staphylococcus, levures
Iléon et caecum: 10
3-109 UFC/ml
Bifidobacterium, Bacteroides, Lactobacillus,
Streptococcus,
Entérobactéries, Staphylococcus,
Clostridium
Colon (500-1000 espèces, 10000-30000 ?):
1010-1012 UFC/g
Bacteroides, Eubacterium, Clostridium,
Peptostreptococcus, Bifidobacterium,
Fusobacterium, Lactobacillus, Entérobactéries,Staphylococcus, levures,
Anaérobies méthanogènes et anaérobies strictes: Bacteroides, Bifidobacterium, Lactobacillus, ClostridiumFlores commensalesMétabolisme et nutrition
• Hydrolyse et fermentation des polyosides (pour lesquels les enzymes ne sont pas disponibles) • Biosynthèse de vitamines (vitamine K, H, acide folique)• Production d'acides gras à chaînes légères (ex.: le butyrate d'origine microbienne
représente 50 % des sources d'hydrates de carbone des cellules épithéliales coliques)Effet de barrière contre les microorganismes
pathogènes • Compétition (récepteurs et nutriments) • Production de molécules bactéricides (acide lactique, bactériocines)Homéostasie de la barrière épithéliale intestinaleFonctions majeures de la flore commensale colique
Relations hôte bactéries
bactéries pathogènespouvoir pathogène = capacité à provoquer des troubles chez un hôte pouvoir invasif (capacité à se répandre dans les tissus et à yétablir un/des foyers infectieux) :
adhérence, enzymes pouvoir toxinogène (capacité à produire des toxines) Hôte = plante, animal, hommeBIOFILM
BIOFILM
Relations hôte bactéries
bactéries pathogènes pour l'hommeH strictes (ou spécifiques) : quel que soit le patient, sauf dans le cas des porteurs sains.Par exemple : Salmonella typhi , Vibrio cholerae, Mycobacterium tuberculosis (BK), Neisseria meningitidis, gonocoque ...
H Opportunistes : lorsque les défenses de l'hôte sont affaiblies Hrupture barrières cutanéo-muqueuses, destruction des flores commensales, baisse de l'immunité, ...
Par exemple : Pseudomonas aeruginosa, entérocoques, Acinetobacter, ...Origine endogène : ses propres flores commensales
Origine exogène : environnement, animal, homme malade ou convalescent (contagiosité), homme porteur sainLes voies de transmission •
DIRECTE
(obligatoire pour les bactéries fragiles) de la source à l'hôte réceptifContact cutanéo-muqueux
ex : IST, plaie infectéeGouttelettes
ex : méningocoque, pneumocoqueMaternofoetale (ex : streptocoque B)
Morsures (ex : Pasteurella)
INDIRECTE
Intermédiaire entre source et hôte réceptifSurfaces contaminées,
matériel, objets contaminés alimentation (botulisme, listeriose) eau (fièvre typhoïde) air (BK)Mains +++ (transmission croisée)
Vecteur : puces, tiques, ...
HommeBactéries commensales
Bactéries parasitesEnvironnement
tellurique, aérien, hydrique, ...Bactéries saprophytesAnimal
Bactéries
commensales et parasitesInteractions complexesNombreux écosystèmes
Environnement hospitalier
Air, eau, surfaces (sol, murs, mobiliers,
équipements), linge, aliments, dispositifs médicaux, déchetsContamination variable (services, patients, ...)
Survie variable des bactéries commensales et pathogènes (température, humidité, déchets organiques, ...) streptocoques ± , staphylocoques +, entérocoques +, entérobactéries +, Acinetobacter ++, spores +++Pression de sélection antibiotique → bactéries multirésistantes (BMR) entérocoques R vancomycine, SARM, BLSE, Acinetobacter, pyocyaniqueEnvironnement hospitalier
Voies de transmission
Mains - matériel - eau -
air - aliments - surfacesEmetteurHôte-environnementRecepteur
Hôte-environnementSource d'infections?
Epidémies, endémies ?
Preuves? (biologie moléculaire)EAU : oui
Legionella, P. aeruginosa, mycobactéries
atypiques,Aeromonas, S.maltophilia,
champignonsAIR : ouiparticules en suspension et ISO en orthopédieAspergillus et travauxSURFACES : ?
Environnement proche et BMR
C.difficile
Quelques exemples
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