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AVERTISSEMENT Ce document est le fruit d'un long travail approuvé par le jury de soutenance et mis à disposition de l'ense mble de l a communauté universitaire élargie. Il es t soumis à la propriété intellectuelle de l'a uteur. C eci implique une obligation de citation et de référencement lors de l'utilisation de ce document. D'autre part, toute co ntrefaçon, plagia t, reproduction i llicite encourt une poursuite pénale. Contact : ddoc-thesesexercice-contact@univ-lorraine

.fr LIENS Code de la Propriété Intellectuelle. articles L 122. 4 Code de la Propriété Intellectuelle. articles L 335.2- L 335.10 http://www.cfcopies.com/V2/leg/leg_droi.php http://www.culture.gouv.fr/culture/infos-pratiques/droits/protection.htm

UNIVERSITE DE LORRAINE

2019

FACULTE DE PHARMACIE

T H E S E

Présentée et soutenue publiquement

Le mardi 25 juin 2019, sur un sujet dédié à : Les différentes méthodes de quantitative des protéines dans le domaine pharmaceutique : description, comparaison et nouvelles perspectives pour obtenir le Diplôme d'Etat de Docteur en Pharmacie par Maud Fumex née le 2 mars 1990

Membres du Jury

Président : M. Igor CLAROT Professeur de chimie analytique à la Faculté de

Pharmacie de Nancy

Directeur : M. Olivier HEUDI Chef du laboratoire DMPK/Bioanalytics, Novartis Institute for Biomedical Research, Bâle, Suisse Juges : M. Jean-Louis MERLIN Professeur des Universités - Praticien Hospitalier, Unité de Biologie des Tumeurs, Institut de Cancérologie de Lorraine, Faculté de Pharmacie de Nancy Mme Isabelle PETRY Pharmacien biologiste, Laboratoire biologie médicale Biomer, Lunéville

UNIVERSITÉ DE LORRAINE

FACULTÉ DE PHARMACIE

Année universitaire 2018-2019

DOYEN

Raphaël DUVAL

Vice-Doyen

Julien PERRIN

Directrice des études

Marie SOCHA

Conseil de la Pédagogie

Présidente, Brigitte LEININGER-MULLER

Vice-Présidente, Alexandrine LAMBERT

Collège d'Enseignement Pharmaceutique Hospitalier

Présidente, Béatrice DEMORE

Commission Prospective Facultaire

Président, Christophe GANTZER

Vice-Président, Jean-Louis MERLIN

Commission de la Recherche

Présidente, Caroline GAUCHER

Chargés de Mission

Innovation pédagogique Alexandrine LAMBERT

Référente ADE Virginie PICHON

Référent dotation sur projet (DSP) Marie-Paule SAUDER

Responsabilités

Filière Officine Caroline PERRIN-SARRADO

Julien GRAVOULET

Filière Industrie Isabelle LARTAUD,

Jean-Bernard REGNOUF de VAINS

Filière Hôpital Béatrice DEMORE

Marie SOCHA

Pharma Plus ENSIC Jean-Bernard REGNOUF de VAINS

Pharma Plus ENSAIA Xavier BELLANGER

Pharma Plus ENSGSI Igor CLAROT

Cellule de Formation Continue et Individuelle Luc FERRARI Commission d'agrément des maîtres de stage François DUPUIS

ERASMUS Mihayl VARBANOV

DOYENS HONORAIRES PROFESSEURS EMERITES

Chantal FINANCE Jeffrey ATKINSON

Francine PAULUS Max HENRY

Claude VIGNERON Pierre LEROY

Claude VIGNERON

PROFESSEURS HONORAIRES MAITRES DE CONFERENCES HONORAIRES

Jean-Claude BLOCK Monique ALBERT

Pierre DIXNEUF Mariette BEAUD

Chantal FINANCE François BONNEAUX

Marie-Madeleine GALTEAU Gérald CATAU

Thérèse GIRARD Jean-Claude CHEVIN

Michel JACQUE Jocelyne COLLOMB

Pierre LABRUDE Bernard DANGIEN

Vincent LOPPINET Marie-Claude FUZELLIER

Alain NICOLAS Françoise HINZELIN

Janine SCHWARTZBROD Marie-Hélène LIVERTOUX

Louis SCHWARTZBROD Bernard MIGNOT

Blandine MOREAU

Dominique NOTTER

Francine PAULUS

ASSISTANTS HONORAIRES Christine PERDICAKIS

Marie-France POCHON

Marie-Catherine BERTHE Anne ROVEL

Annie PAVIS Gabriel TROCKLE

Maria WELLMAN-ROUSSEAU

Colette ZINUTTI

ENSEIGNANTS Section CNU

* Discipline d'enseignement PROFESSEURS DES UNIVERSITES - PRATICIENS HOSPITALIERS Danièle BENSOUSSAN-LEJZEROWICZ 82 Thérapie cellulaire

Béatrice DEMORE 81 Pharmacie clinique

Jean-Louis MERLIN 82 Biologie cellulaire

Jean-Michel SIMON 81 Economie de la santé, Législation pharmaceutique Nathalie THILLY 81 Santé publique et Epidémiologie

PROFESSEURS DES UNIVERSITES

Christine CAPDEVILLE-ATKINSON 86 Pharmacologie

Igor CLAROT 85 Chimie analytique

Joël DUCOURNEAU 85 Biophysique, Acoustique, Audioprothèse

Raphaël DUVAL 87 Microbiologie clinique

Béatrice FAIVRE 87 Hématologie, Biologie cellulaire

Luc FERRARI 86 Toxicologie

Pascale FRIANT-MICHEL 85 Mathématiques, Physique

Christophe GANTZER 87 Microbiologie

Frédéric JORAND 87 Eau, Santé, Environnement

Isabelle LARTAUD 86 Pharmacologie

Dominique LAURAIN-MATTAR 86 Pharmacognosie

Brigitte LEININGER-MULLER 87 Biochimie

Philippe MAINCENT 85 Pharmacie galénique

Patrick MENU 86 Physiologie

Jean-Bernard REGNOUF de VAINS 86 Chimie thérapeutique Bertrand RIHN 87 Biochimie, Biologie moléculaire MAITRES DE CONFÉRENCES DES UNIVERSITÉS - PRATICIENS HOSPITALIERS Alexandre HARLE 82 Biologie cellulaire oncologique

Julien PERRIN 82 Hématologie biologique

Loïc REPPEL 82 Biothérapie

Marie SOCHA 81 Pharmacie clinique, thérapeutique et biotechnique

MAITRES DE CONFÉRENCES

Sandrine CAPIZZI BANAS 87 Parasitologie

Xavier BELLANGER 87 Parasitologie, Mycologie médicale Emmanuelle BENOIT ૻ 86 Communication et Santé

Isabelle BERTRAND 87 Microbiologie

Michel BOISBRUN ૻ 86 Chimie thérapeutique

Ariane BOUDIER ૻ 85 Chimie Physique

Cédric BOURA ૻ 86 Physiologie

Joël COULON ૻ 87 Biochimie

Sébastien DADE 85 Bio-informatique

Dominique DECOLIN 85 Chimie analytique

Roudayna DIAB 85 Pharmacie galénique

Natacha DREUMONT 87 Biochimie générale, Biochimie clinique Florence DUMARCAY ૻ 86 Chimie thérapeutique

François DUPUIS ૻ 86 Pharmacologie

Reine EL OMAR 86 Physiologie

Adil FAIZ 85 Biophysique, Acoustique

Anthony GANDIN 87 Mycologie, Botanique

Caroline GAUCHER ૻ 86 Chimie physique, Pharmacologie

Stéphane GIBAUD ૻ 86 Pharmacie clinique

Thierry HUMBERT 86 Chimie organique

Olivier JOUBERT ૻ 86 Toxicologie, Sécurité sanitaire

ENSEIGNANTS (suite) Section CNU

* Discipline d'enseignement Alexandrine LAMBERT 85 Informatique, Biostatistiques

Julie LEONHARD 86/01 Droit en Santé

Christophe MERLIN ૻ 87 Microbiologie environnementale

Maxime MOURER 86 Chimie organique

Coumba NDIAYE 86 Epidémiologie et Santé publique

Arnaud PALLOTTA 86 Bioanalyse du médicament

Marianne PARENT 85 Pharmacie galénique

Caroline PERRIN-SARRADO 86 Pharmacologie

Virginie PICHON 85 Biophysique

Sophie PINEL ૻ 85 Informatique en Santé (e-santé)

Anne SAPIN-MINET ૻ 85 Pharmacie galénique

Marie-Paule SAUDER 87 Mycologie, Botanique

Guillaume SAUTREY 85 Chimie analytique

Rosella SPINA 86 Pharmacognosie

Sabrina TOUCHET 86 Pharmacochimie

Mihayl VARBANOV 87 Immuno-Virologie

Marie-Noëlle VAULTIER 87 Mycologie, Botanique

Emilie VELOT ૻ 86 Physiologie-Physiopathologie humaines Mohamed ZAIOU ૻ 87 Biochimie et Biologie moléculaire

PROFESSEUR ASSOCIE

Julien GRAVOULET 86 Pharmacie clinique

PROFESSEUR AGREGE

Christophe COCHAUD 11 Anglais

ૻ Maître de conférences titulaire HDR * Disciplines du Conseil National des Universités :

80 : Personnels enseignants et hospitaliers de pharmacie en sciences physico-chimiques et ingénierie appliquée à la santé

81 : Personnels enseignants et hospitaliers de pharmacie en sciences du médicament et des autres produits de santé

82 : Personnels enseignants et hospitaliers de pharmacie en sciences biologiques, fondamentales et cliniques

85 ; Personnels enseignants-chercheurs de pharmacie en sciences physico-chimiques et ingénierie appliquée à la santé

86 : Personnels enseignants-chercheurs de pharmacie en sciences du médicament et des autres produits de santé

87 : Personnels enseignants-chercheurs de pharmacie en sciences biologiques, fondamentales et cliniques

11 : Professeur agrégé de lettres et sciences humaines en langues et littératures anglaises et anglo-saxonnes

SERMENT DE GALIEN

En présence des Maitres de la Faculté, je fais le serment : D leur témoigner ma reconnaissance en restant fidèle aux principes qui

D avec

conscience et de respecter non seulement la législation en vigueur, mais aussi les règles de Déontologie désintéressement ; De ne jamais oublier ma responsabilité et mes devoirs envers la personne humaine et sa dignité En aucun cas, je ne consentirai à utiliser mes connaissances et mon état D profession De faire preuve de loyauté et de solidarité envers mes collègues pharmaciens De coopérer avec les autres professionnels de santé Q Q manque. Version validée par la conférence des Doyens de facultés de Pharmacie le 7 février 2018

APPROBATION, NI IMPROBATION AUX OPINIONS

EMISES DANS LES THESES, CES OPINIONS DOIVENT

ETRE CONSIDEREES COMME PROPRES A LEUR

AUTEUR ».

Remerciements

A Mr Olivier Heudi

thèse et pour son implication et son aide dans la rédaction de ce manuscrit.

A Mr Igor Clarot pour

co-diriger cette thèse. A Mme Isabelle Petry et à Mr Jean-Louis Merlin pour avoir accepté de juger mes travaux. illi au sein de son laboratoire durant ce manuscrit. Je tiens à remercier mes camarades de la faculté de pharmacie, avec qui les souvenirs que nous avons créés ensemble depuis notre deuxième année. ut au long de nos expériences communes. durant mon expérience Erasmus, mon stage à Lille, mon Master parisien, mon stage à Saint-Julien et mon doctorat. Merci également à toutes les personnes un condensé de toutes les t Un très grand merci à ma famille pour son soutien durant mes études de pharmacie. Merci à mes oncles et tantes lorrains pour leurs invitations

é une

occasion de me soutenir. Un immense merci à mes parents, pour leur inébranlable soutien et leur Merci à toi Marie pour le modèle que tu représentes, par ta ténacité et ton courage. Merci à toi Clara pour ta jovialité, ton énergie et ton écoute. heureuse. Un grand merci à toi pour ton soutien et ta présence ces derniers mois. 1

1 Table des matières

TABLE DES MATIERES ........................................................................................................ 1

LISTE DES ILLUSTRATIONS .............................................................................................. 3

LISTE DES TABLEAUX ......................................................................................................... 4

ABREVIATIONS ET ACRONYMES ..................................................................................... 5

INTRODUCTION GENERALE ........................................................................................... 11

CHAPITRE I. LA PROTEOMIQUE : DEFINITION ET ENJEUX ................................. 13

1.1 Les biomarqueurs protéiques ..................................................................13

1.2 Les protéines issues des biotechnologies ................................................15

1.2.1 Les biotechnologies en quelques chiffres ................................................. 15

1.2.2 Le cycle du biomédicament .................................................................... 17

1.2.3 La production de biomédicaments .......................................................... 18

1.2.4 Les anticorps monoclonaux et dérivés : un exemple de protéines

thérapeutiques hautement complexes .......................................................................... 19

1.2.4.1 Les anticorps monoclonaux : caractéristiques et défis analytiques .... 19

1.2.4.2 Les immuno-conjugués .................. 22

1.3 Conclusions ............................................................................................24

CHAPITRE II. METHODES NON SPECIFIQUES POUR LA QUANTIFICATION DES

PROTEINES ....................................................................................................................................... 27

2.1 Mesure de protéines totales : méthodes colorimétriques et

spectrophotométriques ..............................................................................................27

2.1.1 Méthode du biuret ................................................................................. 27

2.1.2 Méthode de Lowry .................................................................................. 28

2.1.3 Méthode de Bradford ............................................................................. 29

2.1.4 Dosage par l'acide bicinchoninique (BCA) ............................................... 30

2.1.5 Méthode de Kjeldahl .............................................................................. 31

2.1.6 Dosage par spectrophotométrie UV ......................................................... 32

2.1.7 Analyse en acides aminés ....................................................................... 33

2.2 Mesures semi-quantitatives des protéines ..............................................34

2.2.1 Les méthodes séparatives ....................................................................... 34

2.2.1.1 Electrophorèse sur gel ..................................................................... 34

2.2.1.2 Western blot .................................................................................... 35

2.2.1.3 Electrophorèse capillaire .................................................................. 36

2.2.1.4 Chromatographie en phase liquide par détection UV......................... 37

2.2.2 Quantification relative par spectrométrie de masse ................................. 38

2.2.2.1 Préparation des échantillons ............................................................ 39

2.2.2.2 .................................................................. 41

2.2.2.3 Introduction à la spectrométrie de masse ......................................... 42

2.2.2.3.1 Généralités................................................................................ 42

2.2.2.3.2 Source...................................... 43

2

2.2.2.3.3 ............................... 46

2.2.2.3.3.1 Analyseurs les plus couramment rencontrés ........................ 46

2.2.2.3.3.2 Spectromètres de masse en tandem ..................................... 49

2.2.2.3.3.3 ........... 51

2.2.2.3.3.4 ............................. 52

2.2.2.4 Les différentes stratégies de quantification semi-quantitative par MS 55

2.2.2.4.1 Quantification relative par marquage isotopique ........................ 55

2.2.2.4.1.1 Marquage métabolique ........................................................ 55

2.2.2.4.1.2 Marquage chimique ou enzymatique .................................... 57

2.2.2.4.2 Quantification relative sans marquage isotopique....................... 60

2.2.2.4.2.1 ............................................ 61

2.2.2.4.2.2 Comptage du nombre de spectres (spectral counting) ............ 61

CHAPITRE III. METHODES SPECIFIQUES POUR LA QUANTIFICATION DES

PROTEINES ....................................................................................................................................... 63

3.1 Les immuno-dosages ...............................................................................63

3.1.1 La technique ELISA ............................................................................... 63

3.1.2 Les immuno-dosages multiplex .............................................................. 65

3.2 Quantification absolue par spectrométrie de masse : la dilution isotopique

69

3.2.1 Principe général ..................................................................................... 69

3.2.2 .................................................... 71

3.2.2.1 Absolute QUAntification of proteins (AQUA) ...................................... 72

3.2.2.2 Concatémères de peptides marqués (QconCAT) ................................ 72

3.2.2.3 Protéines entières ............................................................................ 73

3.2.2.3.1 Absolute SILAC ......................................................................... 73

3.2.2.3.2 PSAQ ........................................................................................ 73

3.2.2.3.3 FLEXIQuant .............................................................................. 74

3.2.2.3.4 Common Whole Antibody Internal Standard .............................. 75

3.2.2.3.5 SILuMAb ................................................................................... 75

3.3 Les immuno-dosages couplés à la spectrométrie de masse......................76

CHAPITRE IV. COMPARAISON DES DIFFERENTES METHODES DE

QUANTIFICATION .......................................................................................................................... 79

4.1 Comparaison des méthodes permettant la mesure des protéines totales 82

4.2 Comparaison des méthodes séparatives utilisées pour la quantification .82

4.3 Comparaison des méthodes de dosage spécifiques ..................................83

4.3.1 Généralités ............................................................................................ 83

4.3.2 Exemple comparatif des méthodes ELISA et LC-MS/MS.......................... 84

4.3.3 Comparaison des méthodes de quantification relative et absolue par MS . 86

CONCLUSION GENERALE ................................................................................................. 91

BIBLIOGRAPHIE ................................................................................................................. 95

RESUME : .......................................................................................................................... 112

3

2 Liste des illustrations

Figure 1. Nombre de créations d'entreprises de biotechnologies en France de

1954 à 2013, hors grands laboratoires pharmaceutiques. .......................... 15

Figure 2. Principales aires thérapeutiques des biotechnologies de santé

générant des produits. ............................................................................... 16

Figure 3. Classification pharmacologique des 173 biomédicaments commercialisés en France en 2014. ........................................................... 16 Figure 4. De l'idée au produit : genèse d'un médicament. ........................... 17 Figure 5. Les différentes phases de production des protéines thérapeutiques et des anticorps monoclonaux. .................................................................. 19

Figure 6. ............ 20

modifications post-traductionnelles rencontrées et les différences de masse

associées. .................................................................................................. 21

Figure 8. Complexité des ADC. .................................................................. 23

Figure 9. Schéma de la réaction du biuret entre un ion cuivre (II) et les liaisons

peptidiques des protéines à doser. ............................................................. 27

Figure 10. Loi de Beer-Lambert

................................................................ 28 Figure 11. Schéma de la réaction de la méthode de Lowry.......................... 29 Figure 12. Schéma de la réaction de la méthode de Bradford. .................... 30 Figure 13. Schéma de la réaction du dosage par l'acide bicinchoninique. ... 31 Figure 14. Processus de quantification par spectrométrie de masse. .......... 38 Figure 15. Les premières étapes du processus de quantification par spectrométrie de masse sont la : enrichissement par extraction ou précipitation, puis digestion. ................................................ 39

Figure 16. Exemple de quelques stratégie

sérum. ...................................................................................................... 39

Figure 17. Une étape de purification et de séparation des protéines digérées

précède les analyses par MS. ..................................................................... 41

Figure 18. La quantification est r 42

Figure 19. Structure générale d'un spectromètre de masse. ....................... 43 Figure 20. Représentation schématique de la source d'ionisation Matrix- Assisted Laser Desorption/Ionization (MALDI). ........................................... 44 Figure 21. Représentation schématique de la source Electrospray Ionization

(ESI). ......................................................................................................... 45

Figure 22. Principe de la formation du cône de Taylor. ............................... 46 Figure 23. Structure schématique d'un analyseur de type Orbitrap. .......... 47 Figure 24. Représentation schématique d'un analyseur quadripolaire. ....... 48

................................................................................................................. 48

(MS/MS). .................................................................................................. 49

54
Figure 28. Protocole de mise en application des stratégies de marquage SILAC

(avec leucine) et ICAT. ............................................................................... 56

4 Figure 29. Différences observées entre un peptide et son homologue marqué isotopiquement et utilisé comme étalon interne. ........................................ 57

Figure 30. La stratégie iTRAQ. ................................................................... 59

Figure 31. Comparaison des principales méthodes de quantification relative par MS sans marquage isotopique. ............................................................ 60 Figure 32. Schémas des différents types de techniques ELISA. .................. 64 : planaires ou

en suspension. .......................................................................................... 65

Figure 34. ®. ........ 67

on absolue par spectrométrie de masse. ......................................................... 69 Figure 36. Les différentes stratégies de quantification absolue par dilution

isotopique. ................................................................................................ 71

la MS (ISA-MS). ......................................................................................... 77

-dosage couplé à la spectrométrie de masse, utilisant la stratégie des micro-colonnes de té. ........................................................................ 78 Figure 39. Profils de performances des méthodes de quantification des protéines par SRM/MS et par réaction anticorps-antigène. ........................ 83 Figure 40. Les différentes méthodes de quantification des protéines par

spectrométrie de masse. ............................................................................ 86

Figure 41. Comparaison des étalons internes sous forme de peptides AQUA, de concatémères QconCAT et de protéines entières PSAQ pour la quantification des toxines SEA et TSST- ... 88

3 Liste des tableaux

Tableau I. Les différents types de spectromètres de masse et leurs caractéristiques au regard de la quantification en protéomique. ................. 51 Tableau II. Tableau comparatif des caractéristiques des différentes méthodes

de quantification des protéines. ................................................................. 80

5

4 Abréviations et acronymes

A

AA Acide Aminé

Ac Anticorps

ACE Electrophorèse

Acm Anticorps monoclonal

ADC Antibody Drug Conjugate

AMM Autorisation de Mise sur le Marché

AQUA Absolute QUAntification of proteins

B

BCA Acide bicinchoninique

C

CCP Certificat Complémentaire de Protection

CDR Complementarity Determining Regions

CE Capillary Electrophoresis ou Electrophorèse Capillaire CE-MS Electrophorèse capillaire couplée à la spectrométrie de masse

CH Domaine constant de la chaîne lourde

CHCA Acide alpha-cyano-4-hydroxycinnamique

cICAT cleavable Isotope-Coded Affinity Tag

CID Collision Induite par Dissociation

cIEF Focalisation isoélectrique capillaire CL Domaine constant de la chaîne légère

CZE Capillary Zone Electrophoresis

D

DAR Drug-to-Antibody Ratio

2-DE Electrophorèse à deux Dimensions

2D-LC Chromatographie Liquide à deux Dimensions4

6

DDA Data Dependent Acquisition

DHB Acide 2,5-dihydroxybenzoïque

DIA Data Independent Acquisition

E

dž Cabsorbance molaire

EDTA Ethylènediaminetétraacétique

EGFR Epidermal Growth Factor Receptor

ELISA Enzyme-Linked Immunosorbent Assay

EMA European Medicines Agency

emPAI exponentially modified Protein Abundance Index

ESI ElectroSpray Ionization

F

FDA Food and Drug Administration

FLEXIQuant Full-Length EXpressed stable Isotope-labeled proteins for

Quantification

G

Grb2 Growth factor receptor bound protein 2

H HABA Acide 2-(4-hydroxyphénylazo)benzoïque

HAP High Abundance Proteins

HC Heavy Chain ou chaîne lourde

HER2 Human Epidermal growth factor Receptor 2

Hi Région Hinge

HPLC High Performance Liquid Chromatography

HR/AM High Resolution and Accurate Mass

HRMS High Resolution Mass Spectrometry

I

ICAT Isotope-Coded Affinity Tag

Ig Immunoglobuline

7

ISA-MS ImmunoSorbent Assay couplée à la MS

iTRAQ isobaric Tag for Relative and Absolute Quantitation L

LC Light Chain ou chaîne légère

LC Liquid Chromatography ou Chromatographie Liquide LC-MS Chromatographie Liquide couplée à la Spectrométrie de Masse LC-MS/MS Chromatographie Liquide couplée à la Spectrométrie de

Masse en Tandem

LEEM Les Entreprises du Médicament

LOD Limite de Détection

LOQ Limite de Quantification

M MALDI Matrix-Assisted Laser Desorption Ionisation MALDI-ToF Source Matrix-Assisted Laser Desorption Ionisation couplée

à un temps de vol

MPT Modification Post-Traductionnelle

MRM Multiple Reaction Monitoring

MS Mass Spectrometry ou Spectrométrie de Masse MS/MS Tandem mass spectrometry ou Spectrométrie de masse en tandem MSI Mass Spectrometry Imaging ou Imagerie par Spectrométrie de Masse m/z Rapport masse sur charge N nanoLC nanoLiquid Chromatography n/a non applicable

NHS N-hydroxysuccinimide

NSAF Normalized Spectral Abundance Factor

P

PAI Protein Abundance Index

8

PRM Parallel Reaction Monitoring

PSAQ Protein Standard Absolute Quantification

Q QconCAT Concatémère de peptides marqués

QQQ Triple quadripôle

Q-Orbitrap Analyseur quadripolaire couplé à un Orbitrap Q-ToF Analyseur quadripolaire couplé à un temps de vol Q-Trap Analyseur quadripolaire couplé à un piège à ions R

R&D Recherche & Développement

RP-HPLC Reverse Phase-High Performance/Pressure Liquid

Chromatography

S

SDS Sodium DodecylSulfate

SDS-PAGE Sodium DodecylSulfate-PolyAcrylamide Gel Electrophoresis SELDI Surface-Enhanced Laser Desorption Ionization

SEA Staphylococcal Enterotoxin A

SILAC Stable Isotope Labeling by Amino acids in Cell culture

SIL-IS Stable Isotope Labeled Internal Standard

SILuTMMab Stable-Isotope Labeled universal Monoclonal Antibody

SIS Stable Isotope-labeled Standard peptides

SRM Selected Reaction Monitoring

SWATH-MS Sequential Windowed data independent Acquisition of the

Total High-resolution Mass Spectra

T

THAP 2,4,6-TriHydroxyAcétoPhénone

ToF Time of Flight ou Temps de Vol

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