Martin F. résumé revu
UMR INRA/UB Microbiologie des Sols-Géosol INRA – CMSE
La qualité biologique des sols
R. Chaussod. Laboratoire de Microbiologie des Sols INRA
Réponse des communautés microbiennes du sol à lapport de
Apr 1 2011 localisation comme de la qualité biochimique des résidus sur les ... 1UMR Microbiologie du Sol et de l'Environnement
ECOMIC-RMQS : biogéographie microbienne à léchelle de la France
1) INRA-Université de Bourgogne UMR Microbiologie du Sol et de l'Environnement
Ecosystèmes microbiens: Une diversité au service de la santé
May 6 2022 INRA Clermont-Ferrand Theix / UMR Herbivores. 2005. 2008. DEA d'écologie ... la communauté microbienne des sols et la Qualité de l'air.
Le programme ADEME “Bioindicateurs de qualité des sols” :
Sol Indicateur
Fonctionnement et qualité des sols soumis à des perturbations
May 27 2004 de l'environnement et l'écologie microbienne. Mes remerciements s'adressent à Yves PERRODIN (ENTPE
Présentation PowerPoint
Lien diversité microbienne – qualité sanitaire des sols. Piveteau et al INRA Dijon. Survie de Listeria monocitogenes dans le sol en fonction.
Synthèse sur létat des sols de France
Oct 3 2011 qualité et de leur évolution possible. En 2011
Diapositive 1
Contexte scientifique : Ecologie Microbienne du sol Cartographie de la qualité des sols basée uniquement sur les paramètres physico-chimiques :.
2MiB}+ `2b2`+? /Q+mK2Mib- r?2i?2` i?2v `2 Tm#@
HBb?2/ Q` MQiX h?2 /Q+mK2Mib Kv +QK2 7`QK
i2+?BM; M/ `2b2`+? BMbiBimiBQMb BM 6`M+2 Q` #`Q/- Q` 7`QK Tm#HB+ Q` T`Bpi2 `2b2`+? +2Mi2`bX /2biBMû2 m /ûT¬i 2i ¨ H /BzmbBQM /2 /Q+mK2Mib b+B2MiB}[m2b /2 MBp2m `2+?2`+?2- Tm#HBûb Qm MQM-Tm#HB+b Qm T`BpûbX
_ûTQMb2 /2b +QKKmMmiûb KB+`Q#B2MM2b /m bQH ¨ ;`B+QH2b 2i HB2M p2+ H2 7QM+iBQMM2K2Mi #BQHQ;B[m2 /m bQH hQ +Bi2 i?Bb p2`bBQM, BM~m2M+2 /2b T`iB[m2b ;`B+QH2b 2i HB2M p2+ H2 7QM+iBQMM2K2Mi #BQHQ;B[m2 /m bQHX a+B2M+2b ;`B+QH2bXRemerciements
/DERUDWRLUHG·DFFXHLO 8050LFURELRORJLHGX6ROHWGHO·(QYLURQQHPHQW06(,15$8)5GHV THESEGHYDQWO·
'RFWHXUGHO·8QLYHUVLWpGH%RXUJRJQHNoémie PASCAULT
Jury²3URIHVVHXUG·$JURQRPLH$JUR6XS'LMRQ
Remerciements
donné un environnement optimum pour la réalisation de cette thèse et mon épanouissementDPDWLqUH"RUJDQLTXH
million de séquences.Remerciements
Mes remerciements vont aussi du côté de Montpellier pour Laetitia Bernard, qui a bien voulu pour remercier Evelyne et Babeth pour la préparation des TPs, quRemerciements
Je voulais aussi remercier celles qui sont dans la même barque que moi depuis le début de la cette ouverture HWTXLVHUDjMDPDLVSHUGXH" toujours fait confiance et donner les moyens de réaliser mes projetsRésumé
composés organiques libérant ainsi les nutriments nCette réponse des communautés microbiennes a été abordée en termes de (i) succession des populations
via végétales), etLa réponse des
permettant de caractériser sans a priori la dynamique des communautésont été identifiés. Les résultats de diversité ont été mis en regard des dynamiques
diversité microbienne avec le turnSommaire
LISTE DES TABLEAUX
I - DESCRIPTION DES ACTEU
1. Le sol
1.2. Le sol
1.3. Le sol
1.4. Le sol
2. La matière organique du sol (MOS)
3. Les microorganismes du sol
3.1. Fantastique diversité
3.2. Implications de la composante microbienne dans la dégradation de la matière
3.3. Attributs écologiques de la composante microbienne impliquée dans la dégradation
3.4. Stratégies méthodologiques pour étudier la composante microbienne du sol
3.4.1. Densité microbienne
3.4.2. Activités enzymatiques, métaboliques et cataboliques
3.4.3. Analyse des phospholipides à acides gras (PLFA)
DN de sol
II - IMPACT DES APPORTS DE
1. Minéralisation des résidus de culture dans le sol
3. Paramètres influençant les processus de dégradation de la MOF dans le sol
3.1. Influence de la qualité biochimique des résidus de culture
3.2. Influence des pratiques
3.2.1. Influence du travail du sol
3.2.3. Influence des éléments traces métalliques (ETM)
3.3. Influence des facteurs environnementaux
3.3.1. Influence de la température
III - ROLE-OVER DES MATIERES
1. Stratégie 1
Sommaire
1.1. La caractérisation in situ
1.2. La caractérisation in situ
entre la diversité des communautés microbiennes et leurs capacités fonctionnelles2.1. Manipulation de diversité
IV - CONCLUSION
IABSTRACT
I - INTRODUCTION
II - MATERIALS AND METHODS
1. Site description and sampling
2. Soil and plant residue chemical and biochemical determinations
3. Extraction and purification of total DNA from bulk soil, detritusphere and plant residues
4. Automated
5. Statistical analysis
6. Clone library construction and sequencing
7. Sequence analyses and diversity indices calculation
8. Nucleotide sequence accession numbers
III - RESULTS AND DISCUSSION
1. Dynamics of residue degradation
2. Inorganic N dynamics in soil
3. Spatial distribution of microbial biomass
4. Spatial distribution of the structure of bacterial communities
5. Dynamics of the structure of bacterial communities colonizing the residue
6. Taxonomic composition of the bacterial communities colonizing the residues
ACKNOWLEDGEMENTS
IABSTRACT
I - INTRODUCTION
II - MATERIALS AND METHODS
1. Site description and sampling
2. Plant residues determinations
3. Soil respiration measurement
4. Extraction and purification of total DNA from crop residues
5. Automated
6. Statistical analysis
Sommaire
7. Clone library construction and sequencing
8. Sequence analyses and diversity indices calculation
9. Nucleotide sequence accession numbers
III - RESULTS
1. Dynamics of CO2
2.3. Genetic structure of the bacterial communities colonizing the residues
4. Taxonomic composition of the bacterial communities colonizing the residues
IV - DISCUSSION
1. Dynamics of residues decomposition
2. 3.V - CONCLUSION
ACKNOWLEDGEMENT
ABSTRACT
I - INTRODUCTION
II - EXPERIMENTAL PROCEDURES
1. Plant culture and 13C
2. Soil, microcosms set up and sampling strategy
3. Total and 13C2
4. Extraction and purification of PLFA from soil................................
5. DNA extraction from soil
6. Isopycnic centrifugation and fractionation
7. Bacterial.
8. Pyrosequencing
9.10. Statistical analysis
III - RESULTS
1. Soil
2. Microbial biomass
3. Genetic
4. Taxonomic composition of bacterial communities
IV - DISCUSSION
1. Decomposition of plant residues
2. Dynamics of the genetic structure of bacterial communities assimilating C derived from
3. Diversity and taxonomic composition of the bacterial communities assimilating C derived
4. Relationship between the dynamics of the microbial communities and the priming effect
V - CONCLUSION
ACKNOWLEDGMENTS
Sommaire
I - PERSPECTIVES GENERALE
II - PERSPECTIVE PRIORITAI IMPACT DES CHANGEMENT IMPLICATION2. Dynamique de la structure génétique des communautés bactériennes au cours de la
3. Caractérisation de la diversité des communautés bactériennes
Liste des figures et tableaux
LISTE DES FIGURES
Figure
fraîche au sol.Figure I.2
Figure I.
Figure I.4
Figure I.5
Figure
Figure
Figure I.8
Figure I.9
leurs attributs écologiques dans les mécanismes du " Amount of C in remaining wheat residues during decomposition depending on Figure II.2: Evolution of the soluble compounds, hemicellulose, cellulose and lignin ofListe des figures et tableaux
Figure II.3: Dynamics of inorganic N in the different soil zones after addition of wheat Figure II.4: Dynamics of the C microbial biomass in the different soil zones after addition ofFigure II.5:
Figure II.6: Principal component (PC1 x PC2) plots generated from B Figure II.7: Principal component (PC1 x PC2) plots generated from BFigure II.8: Relative distribution of bacterial phyla determined by the affiliation of 16S
Figure II.
Soil respiration of C2 - -) following the incorporation of Figure Principal Component Analysis (PCA) of the biochemicalFigure
Figure
Figure III.S1, supplemental data. Loading matrices of PC1 and PC2 for PrincipalListe des figures et tableaux
Figure III.S2, supplemental data. Rarefaction curves for wheat, rape and alfalfa residues atFigure III.S3, supplemental data. Microbial C
Figure III.S4, supplemental data.
Chapitre 4 :
C2 213C2); (c) corresponding to the cumulative Priming effect calculated in
Principal Component Analysis (PC1xPC2) plots generated from BPrincipal Component Analysis (PC1xP
Principal Component Analysis (PC1xPC2) plots generated from (a) sequences13C fraction and the grey labels represent
12C fraction.
Figure IV.S1, supplemental rarefaction curves
Perspectives
contrôles ; (b) dans les microcosmes avec résidus de blé ; (c) correspondant à la
Liste des figures et tableaux
symbolisent les écarts types déterminés sur des triplicats. Analyses en composante principale des profils B son13C, en orange celles de la fraction 12C. T3, T7, T14, T28, T60 et T120 représentent le temps
Figure P.3 : Analyse en composante principale d Figure P.4 : Analyse en composante principale des compositions taxonomiques des13C en vert et de la fraction 12C en orange. Le
T3 et T60 pour 3 jours et 60 jours.
Figure P.5 : Analys
13C par T3 et T60 pour 3 jours et 60 jours.LISTE DES TABLEAUX
Chapitre 1
Tableau I.2
Tableau I.3
communautés microbiennes, leurs principes, avantages et inconvénients. Closest affiliations of 16S rRNA sequences cloned from theListe des figures et tableaux
November 2005 and March 2006.
Chapitre 3 :
NIR wavebands explanatory for PC1 and PC2 of Principal ComponentTable III.S1, supplemental data.
Chapitre 4 :
Microbial C
Shannon diversity (H) indices calculated for bact
Taxonomic affiliation at the phylum level of the bacterial sequencesSource
Introduction générale
u cours du XXème siècle, les activités humaines se sont intensifiées et ceci croissant en alimentation associée, mais aussi à cause de la forte demande telle perte de biodiversité entraîne une modification des processus bio TXH OHV LQWHUDFWLRQV WURSKLTXHV FRPSpWLWLRQ FRPPHQVDOLVPHquotesdbs_dbs23.pdfusesText_29[PDF] Présentation PowerPoint - UPMC
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