[PDF] Fonctionnement et qualité des sols soumis à des perturbations

View - Download Fonctionnement et qualité des sols soumis à des perturbations

Previous PDF

Next PDF

>G A/, i2H@yy83k8ed ?iiTb,ffi?2b2bX?HXb+B2M+2fi2H@yy83k8ed am#KBii2/ QM R T` kyRR >GBb KmHiB@/Bb+BTHBM`v QT2M ++2bb `+?Bp2 7Q` i?2 /2TQbBi M/ /Bbb2KBMiBQM Q7 b+B@

2MiB}+ `2b2`+? /Q+mK2Mib- r?2i?2` i?2v `2 Tm#@

HBb?2/ Q` MQiX h?2 /Q+mK2Mib Kv +QK2 7`QK

i2+?BM; M/ `2b2`+? BMbiBimiBQMb BM 6`M+2 Q` #`Q/- Q` 7`QK Tm#HB+ Q` T`Bpi2 `2b2`+? +2Mi2`bX /2biBMû2 m /ûT¬i 2i ¨ H /BzmbBQM /2 /Q+mK2Mib b+B2MiB}[m2b /2 MBp2m `2+?2`+?2- Tm#HBûb Qm MQM-

Tm#HB+b Qm T`BpûbX

_ûTQMb2 /2b +QKKmMmiûb KB+`Q#B2MM2b /m bQH ¨ ;`B+QH2b 2i HB2M p2+ H2 7QM+iBQMM2K2Mi #BQHQ;B[m2 /m bQH hQ +Bi2 i?Bb p2`bBQM, BM~m2M+2 /2b T`iB[m2b ;`B+QH2b 2i HB2M p2+ H2 7QM+iBQMM2K2Mi #BQHQ;B[m2 /m bQHX a+B2M+2b ;`B+QH2bX

Remerciements

/DERUDWRLUHG·DFFXHLO 8050LFURELRORJLHGX6ROHWGHO·(QYLURQQHPHQW06(,15$8)5GHV THESE

GHYDQWO·

'RFWHXUGHO·8QLYHUVLWpGH%RXUJRJQH

Noémie PASCAULT

Jury

²3URIHVVHXUG·$JURQRPLH$JUR6XS'LMRQ

Remerciements

donné un environnement optimum pour la réalisation de cette thèse et mon épanouissement

DPDWLqUH"RUJDQLTXH

million de séquences.

Remerciements

Mes remerciements vont aussi du côté de Montpellier pour Laetitia Bernard, qui a bien voulu pour remercier Evelyne et Babeth pour la préparation des TPs, qu

Remerciements

Je voulais aussi remercier celles qui sont dans la même barque que moi depuis le début de la cette ouverture HWTXLVHUDjMDPDLVSHUGXH" toujours fait confiance et donner les moyens de réaliser mes projets

Résumé

composés organiques libérant ainsi les nutriments n

Cette réponse des communautés microbiennes a été abordée en termes de (i) succession des populations

via végétales), et

La réponse des

permettant de caractériser sans a priori la dynamique des communautés

ont été identifiés. Les résultats de diversité ont été mis en regard des dynamiques

diversité microbienne avec le turn

Sommaire

LISTE DES TABLEAUX

I - DESCRIPTION DES ACTEU

1. Le sol

1.2. Le sol

1.3. Le sol

1.4. Le sol

2. La matière organique du sol (MOS)

3. Les microorganismes du sol

3.1. Fantastique diversité

3.2. Implications de la composante microbienne dans la dégradation de la matière

3.3. Attributs écologiques de la composante microbienne impliquée dans la dégradation

3.4. Stratégies méthodologiques pour étudier la composante microbienne du sol

3.4.1. Densité microbienne

3.4.2. Activités enzymatiques, métaboliques et cataboliques

3.4.3. Analyse des phospholipides à acides gras (PLFA)

DN de sol

II - IMPACT DES APPORTS DE

1. Minéralisation des résidus de culture dans le sol

3. Paramètres influençant les processus de dégradation de la MOF dans le sol

3.1. Influence de la qualité biochimique des résidus de culture

3.2. Influence des pratiques

3.2.1. Influence du travail du sol

3.2.3. Influence des éléments traces métalliques (ETM)

3.3. Influence des facteurs environnementaux

3.3.1. Influence de la température

III - ROLE-OVER DES MATIERES

1. Stratégie 1

Sommaire

1.1. La caractérisation in situ

1.2. La caractérisation in situ

entre la diversité des communautés microbiennes et leurs capacités fonctionnelles

2.1. Manipulation de diversité

IV - CONCLUSION

I

ABSTRACT

I - INTRODUCTION

II - MATERIALS AND METHODS

1. Site description and sampling

2. Soil and plant residue chemical and biochemical determinations

3. Extraction and purification of total DNA from bulk soil, detritusphere and plant residues

4. Automated

5. Statistical analysis

6. Clone library construction and sequencing

7. Sequence analyses and diversity indices calculation

8. Nucleotide sequence accession numbers

III - RESULTS AND DISCUSSION

1. Dynamics of residue degradation

2. Inorganic N dynamics in soil

3. Spatial distribution of microbial biomass

4. Spatial distribution of the structure of bacterial communities

5. Dynamics of the structure of bacterial communities colonizing the residue

6. Taxonomic composition of the bacterial communities colonizing the residues

ACKNOWLEDGEMENTS

I

ABSTRACT

I - INTRODUCTION

II - MATERIALS AND METHODS

1. Site description and sampling

2. Plant residues determinations

3. Soil respiration measurement

4. Extraction and purification of total DNA from crop residues

5. Automated

6. Statistical analysis

Sommaire

7. Clone library construction and sequencing

8. Sequence analyses and diversity indices calculation

9. Nucleotide sequence accession numbers

III - RESULTS

1. Dynamics of CO2

2.

3. Genetic structure of the bacterial communities colonizing the residues

4. Taxonomic composition of the bacterial communities colonizing the residues

IV - DISCUSSION

1. Dynamics of residues decomposition

2. 3.

V - CONCLUSION

ACKNOWLEDGEMENT

ABSTRACT

I - INTRODUCTION

II - EXPERIMENTAL PROCEDURES

1. Plant culture and 13C

2. Soil, microcosms set up and sampling strategy

3. Total and 13C2

4. Extraction and purification of PLFA from soil................................

5. DNA extraction from soil

6. Isopycnic centrifugation and fractionation

7. Bacterial.

8. Pyrosequencing

9.

10. Statistical analysis

III - RESULTS

1. Soil

2. Microbial biomass

3. Genetic

4. Taxonomic composition of bacterial communities

IV - DISCUSSION

1. Decomposition of plant residues

2. Dynamics of the genetic structure of bacterial communities assimilating C derived from

3. Diversity and taxonomic composition of the bacterial communities assimilating C derived

4. Relationship between the dynamics of the microbial communities and the priming effect

V - CONCLUSION

ACKNOWLEDGMENTS

Sommaire

I - PERSPECTIVES GENERALE

II - PERSPECTIVE PRIORITAI IMPACT DES CHANGEMENT IMPLICATION

2. Dynamique de la structure génétique des communautés bactériennes au cours de la

3. Caractérisation de la diversité des communautés bactériennes

Liste des figures et tableaux

LISTE DES FIGURES

Figure

fraîche au sol.

Figure I.2

Figure I.

Figure I.4

Figure I.5

Figure

Figure

Figure I.8

Figure I.9

leurs attributs écologiques dans les mécanismes du " Amount of C in remaining wheat residues during decomposition depending on Figure II.2: Evolution of the soluble compounds, hemicellulose, cellulose and lignin of

Liste des figures et tableaux

Figure II.3: Dynamics of inorganic N in the different soil zones after addition of wheat Figure II.4: Dynamics of the C microbial biomass in the different soil zones after addition of

Figure II.5:

Figure II.6: Principal component (PC1 x PC2) plots generated from B Figure II.7: Principal component (PC1 x PC2) plots generated from B

Figure II.8: Relative distribution of bacterial phyla determined by the affiliation of 16S

Figure II.

Soil respiration of C2 - -) following the incorporation of Figure Principal Component Analysis (PCA) of the biochemical

Figure

Figure

Figure III.S1, supplemental data. Loading matrices of PC1 and PC2 for Principal

Liste des figures et tableaux

Figure III.S2, supplemental data. Rarefaction curves for wheat, rape and alfalfa residues at

Figure III.S3, supplemental data. Microbial C

Figure III.S4, supplemental data.

Chapitre 4 :

C2 2

13C2); (c) corresponding to the cumulative Priming effect calculated in

Principal Component Analysis (PC1xPC2) plots generated from B

Principal Component Analysis (PC1xP

Principal Component Analysis (PC1xPC2) plots generated from (a) sequences

13C fraction and the grey labels represent

12C fraction.

Figure IV.S1, supplemental rarefaction curves

Perspectives

contrôles ; (b) dans les microcosmes avec résidus de blé ; (c) correspondant à la

Liste des figures et tableaux

symbolisent les écarts types déterminés sur des triplicats. Analyses en composante principale des profils B son

13C, en orange celles de la fraction 12C. T3, T7, T14, T28, T60 et T120 représentent le temps

Figure P.3 : Analyse en composante principale d Figure P.4 : Analyse en composante principale des compositions taxonomiques des

13C en vert et de la fraction 12C en orange. Le

T3 et T60 pour 3 jours et 60 jours.

Figure P.5 : Analys

13C par T3 et T60 pour 3 jours et 60 jours.

LISTE DES TABLEAUX

Chapitre 1

Tableau I.2

Tableau I.3

communautés microbiennes, leurs principes, avantages et inconvénients. Closest affiliations of 16S rRNA sequences cloned from the

Liste des figures et tableaux

November 2005 and March 2006.

Chapitre 3 :

NIR wavebands explanatory for PC1 and PC2 of Principal Component

Table III.S1, supplemental data.

Chapitre 4 :

Microbial C

Shannon diversity (H) indices calculated for bact

Taxonomic affiliation at the phylum level of the bacterial sequences

Source

Introduction générale

u cours du XXème siècle, les activités humaines se sont intensifiées et ceci croissant en alimentation associée, mais aussi à cause de la forte demande telle perte de biodiversité entraîne une modification des processus bio TXH OHV LQWHUDFWLRQV WURSKLTXHV FRPSpWLWLRQ FRPPHQVDOLVPHquotesdbs_dbs23.pdfusesText_29

[PDF] écologie microbienne - CNRS

[PDF] Présentation PowerPoint - UPMC

[PDF] Des plantes pour extraire le nickel - Ensaia

[PDF] EVOLUCIÓN HISTÓRICA DE LA ECONOMIA JAPONESA: DEL

[PDF] Economica

[PDF] Manuel 1ère STMG

[PDF] Situation et perspectives de l 'économie mondiale 2017

[PDF] L 'économie algérienne : économie d 'endettement ou - Ummto

[PDF] UFR Economie Appliquée Econométrie Appliquée Séries Temporelles

[PDF] Étude économique prospective de la filière électrique nucléaire

[PDF] Economie Financière et Bancaire - Ummto

[PDF] République populaire de - abh-ace

[PDF] L 'économie collaborative - iddri

[PDF] L 'économie de la République démocratique du Congo - Dounia

[PDF] ÉCONOMIE DE L 'ÉNERGIE Denis Babusiaux, Institut Français du