[PDF] TD1: Hybridation moléculaire TD1: Hybridation moléculaire (1)





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Chapitre 7 - Hybridation des acides nucléiques : principes et

Pour plus de simplicité nous ne montrons ici qu'un seul brin de sonde marquée. Au cours du passage des molécules de sondes simple brin marquées au contact du 



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Cette réaction sonde- fragment correspond à une réaction d'hybridation moléculaire. Les sondes d'acides nucléiques peuvent être fabriquées sous forme de 



La PCR en temps réel: principes et applications

technologies principales : hydrolyse de sondes (Taqman assay) hybridation de 2 sondes (HybProbes)



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Pour cela on utilise une molécule appelée sonde qui va se fixer/hybrider spécifiquement au type moléculaire recherché. • On appel hybridation une 



Facteurs influençant lhybridation: Fusion dune molécule dADN

24 févr. 2013 Concept de base : l'hybridation moléculaire sondes. 2°- Les vecteurs de clonage et d'expression - Amplification in vivo.



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Résumé supplémentaire : Hybridation moléculaire & Sondes. 1. RESUME SUPPLEMENTAIRE. Les types de l'hybridation moléculaire. 1. Hybridation en phase homogène.



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10 janv. 2013 d'amorces ou de sondes pour pouvoir amplifier l'ADN ou détecter une séquence ... destinés à améliorer l'hybridation moléculaire des acides ...





TD1: Hybridation moléculaire

TD1: Hybridation moléculaire (1) dénaturation: “Force” de l'hybridation: Tf ... Objectif du Southern: identifier à l'aide d'une sonde. (connue) d'ADN.



Lhybridation moléculaire : application à la détection spécifique de

Les sondes sont de trois types : ? formées d'ARN : ce sont des Ribosondes ; elles forment un hétéroduplex avec l'ADN cible qui est plus stable qu' 



Chapitre III HYBRIDATION MOLECULAIRE

Chapitre III HYBRIDATION MOLECULAIRE L’hybridation moléculaire est l’association de 2 simples brins d'ADN (ADNs) par formation de liaisons H entre ces deux brins On distingue les hybrides: • ADN-ADN = Homoduplex • ADN-ARN = Hétéroduplex Sondes nucléiques sont des séquences d'acides nucléiques simple brin (d'au moins 15



L’HYBRIDATION MOLECULAIRE

I HYBRIDATION MOLECULAIRE : L’hybridation moléculaire repose sur le principe qu’un fragment ADN simple brin s’apparie à un autre fragment ADN en respectant rigoureusement les règles de complémentarité L’hybridation est réalisée entre une sonde dont la séquence est connue et un segment ADN monobrin obtenu après dénaturation



Chapitre 4 : Le marquage des acides nucléiques 1-

1- Sondes des acides nucléiques : Une sonde nucléotidique est un segment de nucléotides qui permet de rechercher de manière spécifique un fragment d’acide nucléique que l’on désire étudier Cette réaction sonde-fragment correspond à une réaction d’hybridation moléculaire Les sondes d’acides



L’HYBRIDATION MOLECULAIRE

2-3-3/ Hybridation in situ (HIS): C’est une technique qui permet par l’utilisation de sondes de mettre en évidence et de repérer dans des cellules ou des tissus des séquences d'acides nucléiques connues Elle est très proche dans son principe du Southern et du Northern Blot et repose comme eux sur l'hybridation d'une sonde d'acide



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L’hybridation moléculaire de type Southern – ADN sur ADN (dénaturés) – ADN sonde marqué (radioactivité ou sonde froide) – Incubation à Tm - 20°C – Composition des tampons importante • Sel nécessaire pour neutraliser les phosphates • formamide éventuelle pour abaisser la température d’hybridation

Comment se fait la séparation des produits de l’hybridation ?

La séparation des produits de l’hybridation (ADN simple brin, ADN double brin et hybride ADN/ARN) se fait par centrifugation dans un gradient de concentration de chlorure de Césium. Figure N°5 : Principe de l’hybridation Plusieurs facteurs peuvent influencer le phénomène d’hybridation, à savoir :

Qu'est-ce que la hybridation in situ ?

Hybridation in situ (HIS) C’est une technique qui permet, par l’utilisation de sondes, de mettre en évidence et de repérer, dans des cellules ou des tissus, des séquences d'acides nucléiques connues.

Quels sont les différents types d’hybridation ?

2-3/ Les différents types d’hybridation : 2-3-1/ Hybridation en phase liquide :Les segments complémentaires sont placés dans une solution contenant un tampon et de la formamide. L’agitation thermique assure la liaison entre les fragments complémentaires. Cette température est généralement inférieure de 15°C à la Tm de l’ADN concerné.

Comment calculer la température d’un hybride ?

Cette température est généralement inférieure de 15°C à la Tm de l’ADN concerné. Les hybrides formés sont quantifiés selon trois méthodes : 1. les méthodes spectrophotométriques (la diminution en DO à 260nm est due à l’augmentation du taux des hybrides) 2. la technique de la nucléase S1 (digestion des ADN et ARN simples brins) 3.

1

TD1: Hybridation moléculaire

1. Principe de l'hybridation ADN-ADN2. Hybridation de type

Southern

Module 9: B. Brunel

Septembre

2007
2 (1) dénaturation(2) r enaturation

1. Principe de l'hybridation ADN-ADN:

3 (1) dénaturation: "Force" de l'hybridation: Tf = t°C à laquelle 50% des doubles hélices sont associés courbe de fusion de l'ADN 100%
50
0 70
50
90
%d'hyperchromacie

Temperature

o C

Tf (=Tm)

4

Exercice 2

5 Tm: grandeur thermodynamique décrivant un état d'équilibre

Calcul du

Tm (formule empirique) Tm = 81,5 + 16,6 log [Na ] + 0,41 (%[G+C])

600/n -

0 ,61 (% formamide) pour n>100, 30%<%(G+C)<75%, 0%<% formamide<50%,

0,01M<[Na+]<1M, n = longueur de l'ADN

Tm décroît en moyenne de 1,5°C pour 1% de bases différentes entre les deux chaines

Exercice 3

6

E. coli

DNA, which is 50% G-C,has a T m of 69 o C 50
70
60
80

Tm dépend

de: [cation] ----> Na+ teneur en G-C taille de la molécule % en formamide crée des liaisons H avec bases de l'ADN et entre e n compétition a vec le 2ème brin ----> dénaturation plus rapide avec augmentation du % en f o rmamide 7 (2) renaturation de l'ADN: obéit aux mêmes lois thermodynamiques: < T m

plus lente: dépend de la probabilité de rencontre des molécules simple brin complémentaires dans le milieu réactionnel.

cinétique de réassociation d'ordre 2: d C d t= -k C 2 C/C 0 1 /(1 + kC 0 t)

Exercice

1 f = proportion d'ADN s i mp le brin (non renaturé) par rapport à la concentration totale (in i tia l e) d'ADN 8 dépend de la concentration des molécules et du temps (C 0 t) et de la nature de la molécule d'ADN

Cinétique de

réassociation pour un type unique d'ADN C o t 1/2 = 1 k t 1/2 = tps d e demi -réaction pour C/C 0 =1/2 C o t 1/2 50
100
0 % ADN réassocié log C o t 9 C 0 t (1/2) proportionnel la complexité du génome C o t

Complexité (pb)

Il existe une relatio

n directe e ntre C o t 1/2 et complexité

1 = poly(dT)-poly(dA)2 = purified human satellite DNA3 = T4 bacteriophage

DN A 4 =

E. coli

genomic DNA

5 = purified human single-copy DNA

10 Complexité= taille des séquences non répétées si ADN avec motif non répété: taille ADN= complexité si ADN avec motif répété: taille ADN= (complexité) x nombre de répétitions

Calcul possible de la taille d'un génome

Exercice 4

11

Figure de l'exercice 4:

12

2. Hybridation de type

Southern

Exercices 5, 23, 13

13

Objectif du

Southern:

identifier à l'aide d'une sonde (connue ) d'ADN (Edwin

Southern, 1976)

matériel utiliséfixé sur support s onde

Southern

ADN A DN northernwesthern 14

Les différentes étapes de l'hybridation

Southern

1. Extraction de l

ADN

2. Digestion de l

ADN par

une enzyme de restriction

Frequency of cutting•

4-base cutter

4 4 = 256 bp

6-base cutter

4 6 = 4,096 bp

8-base cutter

4 8 = 65,536 bp

3. Séparation des bandes sur gel

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