Nouvelles techniques de biologie moléculaire
Sep 12 2019 La biologie moléculaire désigne l'étude des acides nucléique
Techniques utilisées en Biologie moléculaire
Applications de l'hybridation moléculaire et utilisation des enzymes de restriction. Dans ces deux types d'expériences on cherche à repérer soit dans le.
Apport de la biologie moléculaire au diagnostic des parasitoses
Nombreuses techniques commercialisées TECHNIQUES DE BIOLOGIE MOLECULAIRE. EN PARASITOLOGIE. A PRATIQUER ... APPLICATIONS BIOLOGIE MOLECULAIRE EN.
Application des techniques de biologie moléculaire à létude de la
APPLICATION DES TECHNIQUES DE BIOLOGIE MOLECULAIRE A L'ETUDE. DE LA DIVERSITE GENETIQUE DES CHAMPIGNONS PHYTOPATHOGENES. Diana FERNANDEZ.
Techniques de biologie moléculaire comme outils de gestion des
Tout comme pour l'ADNmt l'analyse de l'ADN nucléaire simple copie par amplification PCR et séquençage est envisageable quoiqu'aucun exemple d'application pour
PLACE DES TECHNIQUES DE BIOLOGIE MOLECULAIRE DANS L
Place des techniques de biologie moléculaire dans l'identification des infections uro- génitales basses à Chlamydia trachomatis » ;.
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Dec 9 2013 SESSION 2 : NOUVELLES APPLICATIONS DE LA BIOLOGIE MOLECULAIRE AU SERVICE DE ... B/ Utilisation des techniques d'ADN environnemental pour la ...
La PCR en temps réel: principes et applications
technologies principales : hydrolyse de sondes (Taqman assay) hybridation de 2 sondes (HybProbes)
Comment former des pathologistes moléculaires?
La biologie moléculaire fait partie de l'ADN des pathologistes 2.0! EPU spécialisés par organe intègrent les applications de la pathologie moléculaire à ...
Quattendre de la Biologie Moléculaire en Bactériologie
Applications en Bactériologie des techniques de biologie moléculaire. Détection agent pathogène. Amplification génétique. Identification. Sondes. Séquençage.
PRINCIPALES TECHNIQUES DE BIOLOGIE MOLECULAIRE ET EXEMPLES D
PRINCIPALES TECHNIQUES DE BIOLOGIE MOLECULAIRE ET EXEMPLES D’APPLICATION AU DIAGNOSTIC I TECHNIQUES DE BASE A Extraction des acides nucléiques 1/ Extraction de l’ADN Technique classique Les Kits Il existe maintenant des kits qui permettent un gain de temps (Biosciences Amersham ) À partir de 5 ml de sang: - Hémolyse des
Cours de Biologie Moléculaire - Université de Bouira
Une fois le duplexe temporaire est formé la sous-unité ? se dissocie de l'holoenzyme et l'élongation de la chaine se poursuit sous la direction de la partie centrale de l'enzyme (fig 3) Chez E coli ce processus progresse à la vitesse d'environ 50 nucléotides/seconde à 37°C
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Comment fonctionne la biologie moléculaire?
• les méthodes de la biologie moléculaire sont essentiellement basées su lhybridation entre les bases purique (A et G) et pyrimidiques (C, T et U) • Grace à ces lois de complémentarité, il est possile dassoie un in daide nuléiue ave une sonde et de reconnaitre le gène ou la séquence étudiée.
Quels sont les différents types de techniques de biologie moléculaire ?
Il n'existe aucune autre technique directe commercialisée et les techniques de biologie moléculaire restent du domaine de la recherche. Les sérologies sont donc les méthodes les plus utilisées mais d'interprétation difficile en raison de la prévalence élevée de C. pneumoniae et des réactions croisées entre espèces de Chlamydia.
Quels sont les outils de biologie moléculaire?
Les outils de biologie moléculaire sont devenus des moyens performants de plus en plus utilisés dans le diagnostic spécifique et même intra-spécifique des organismes. Ils reposent sur la connaissance du génome des organismes recherchés.
Quels sont les travaux pratiques de biologie moléculaire ?
Les travaux pratiques de Biologie moléculaire du semestre S5 ( TP S5) couvrent l'extraction de l'ADN (DNA) de plantes, son hydrolyse par des enzymes de restriction comme Hind III et sa séparation sur gel d'agarose. Ce TP permet de se familiariser avec les techniques de séparation en Biochimie et l' électrophorèse, en particulier.
M-H Bessières Parasitologie-Mycologie
CHU - Toulouse
Apport de la biologie moléculaire
au diagnostic des parasitoses MM--H BESSIERESH BESSIERES, S. CASSAING , A. BERRY, R. FABRE, , S. CASSAING , A. BERRY, R. FABRE, JJ--FF. MAGNAVAL. MAGNAVAL
Service de Service de ParasitologieParasitologie--MycologieMycologieCHU CHU --ToulouseToulouseM-H Bessières Parasitologie-Mycologie
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Majorité des cas
diagnostic direct morphologique ou/et sérologique Diagnostic biologique dDiagnostic biologique d''une parasitoseune parasitoseOBJECTIF
TRAITEMENT
SIMPLE
RAPIDE
SENSIBLE
SPECIFIQUE
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DIAGNOSTIC DIRECT
Diagnostic de certitude
Mise en évidence du parasite
+- facilePrélèvements : selles, urine, LCR, sang...
Diagnostic morphologique
-Observation microscopique -examen direct du prélèvement et méthodes de concentrationM-H Bessières Parasitologie-Mycologie
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Diagnostic morphologique
Inconvénients
Personnel entraîné, équipement minimum
Observation microscopique longue et
parfois difficilePeu sensible
Ne permet pas dans tous les cas un
diagnostic d'espèceMéthodes peu adaptées pour les parasites
tissulaires culture et inoculation aux animaux : toxoplasme - leishmanieM-H Bessières Parasitologie-Mycologie
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DIAGNOSTIC SEROLOGIQUE
DETECTION D'ANTICORPS OU D'ANTIGENES
FRÉQUEMMENT PRATIQUÉ
-Nombreuses techniques commercialisées sensibles, simples à réaliser, automatisablesINCONVENIENTS
-Pas toujours possible de différencier une infection évolutive d' une immunité -Réaction croisée Helminthes -Distinction difficile entre les parasites d'un même genre -Peu performant chez les immunodéprimésM-H Bessières Parasitologie-Mycologie
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Arc 5 HYDATIDOSE
IMMUNOBLOTTING
P16P16P14P14
DIAGNOSTIC SEROLOGIQUEDIAGNOSTIC SEROLOGIQUE
sp spéécifiquecifiqueLeishmaniose
Toxoplasmose
oculaireIMMUNOELECTROPHORESE HASM-H Bessières Parasitologie-Mycologie
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TECHNIQUES DE BIOLOGIE MOLECULAIRE
EN PARASITOLOGIE
A PRATIQUER
Lorsque le diagnostic morphologique ou
sérologique est impossible ou peu adaptéDETECTION DE L'AGENT INFECTIEUX =
RECHERCHE D' ADN par PCR
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PCR EN PARASITOLOGIE
POINTS ESSENTIELS
TECHNIQUE MANUELLE
-trousse non commercialisée -mise au point au laboratoire à chaque étape -dépendante opérateur : grande rigueurVALIDER LE TEST
sensibilité, spécificité, répétabilité, reproductibilité contrôles de la réaction PCR négatif et positifM-H Bessières Parasitologie-Mycologie
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Mise au point au laboratoire
Extraction de l 'ADN de l'échantillon
-en faible quantité / ADN humain -divers procédés, évolue vers l'automatisation CHOIX gène cible, séquences des amorces,
sondes fonction de l'agent infectieux optimiser la réaction PCR -volume d'échantillon -Nombre de cycles en présence d 'UracylADNglycosylase -Détection des produits amplifiés BET, sondesM-H Bessières Parasitologie-Mycologie
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Nouvelle approche
PCR en temps réel
Processus automatisé
-détection et quantification d'un émetteur fluorescent -émission directement proportionnel à la quantité d'amplicons générés pendant la PCRRapide : < 2 H
Pas de manipulation post-PCR
Réduction du risque de contamination
Permet de quantifier l'ADN amplifié
Bonne reproductibilité
Evolution vars la standardisation
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APPLICATIONS BIOLOGIE MOLECULAIRE EN
PARASITOLOGIE
TOXOPLASMOSE
PALUDISME
LEISHMANIOSE
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Diagnostic moléculaire
Toxoplasmose
Indispensable pour
-Diagnostic de l'infection congénitale •Diagnostic prénatal •Diagnostic néonatal -Diagnostic de l'infection chez les patients immunodéprimés -Non pratiqué pour le diagnostic de la toxoplasmose chez les immunocompétents : caractère éphémère de la parasitémieM-H Bessières Parasitologie-Mycologie
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Diagnostic
moléculaire de la toxoplasmose congénitalePrélèvements
LIQUIDE AMNIOTIQUE (LA) : diagnostic prénatal
PLACENTA et CORDON : dépistage néonatal
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Sensibilité et spécificité
de la PCR dans le liquide amniotique56814827094Nombre
patientes491/499
98%50/69
72%EMSCOT
Étude multicentrique
européenne 2005 BESSIERES et al 2002ROMAND et al 2001ROBERT-GANGNEUX et
al.1999AuteursAuteurs
88/88100%54/60
90%195/195
100%48/75
64%73/73
100%16/21
76%SpécificitéSensibilitéNon infectésInfectés
ThalibThalibet al BJOG 2005 112 567et al BJOG 2005 112 567--574574M-H Bessières Parasitologie-Mycologie
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Diagnostic prénatal
PCR Liquide amniotique
Sensibilité variable mais bonne spécificité -réponse rapide moins de 48 à 72 h -remplace inoculation sourisQuantification ADN LA par PCR temps réel*
-<10 toxo/ml 46 % des cas -entre 10 et 100 toxo/ml 30 % -> 100 toxo/ml 24 % -charge parasitaire élevée et infection maternelle précoce risque élevé d'infection sévère *Costa et al Prenat Costa et al Prenat diagndiagn2001 21 852001 21 85--8888M-H Bessières Parasitologie-Mycologie
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PCR LA EXAMEN INDISPENSABLE
Diagnostic de la toxoplasmose congénitale
Tous les cas ne sont pas diagnostiqués
Faux négatifs
-méthodes +- sensibles / laboratoire -quantité d 'ADN cible insuffisante pour initier la réaction : faible charge parasitaire-inhibition non spécifique de la réaction PCR-foetus non contaminés à la date de l'amniocentèse
•passage retardé du parasite au FOETUSBilan néonatal et postnatal obligatoire pour
confirmer ou exclure l'infection congénitaleM-H Bessières Parasitologie-Mycologie
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Autres applications
Diagnostic de l'infection toxoplasmique chez
les patients immunodéprimés VIHTransplantés
Greffés de moelle
Détection du toxoplasme par PCR
Examen essentiel et urgent
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SANGHUMEUR AQUEUSE
LCR LBAMOELLE OSSEUSE
BIOPSIE
musculaire cérébrale...PRELEVEMENTS multiples fonction du contexte clinico-biologique avant th avant théérapeutiquerapeutiqueM-H Bessières Parasitologie-Mycologie
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Diagnostic moléculaire
Toxoplasmose et immunodépression
100%100%LBA45% 59% LCR75%100%42%SANGpulmonairedisséminéecérébrale
SENSIBILITE
PrélèvementFORMES CLINIQUES TOXOPLASMOSE
Compilation de rCompilation de réésultats*sultats*--Patients non traitPatients non traitéés s
PCR : spécificité élevée
*d*d''apraprèès s Bastien P. Trans R Soc Trop Med Hyg 2002,96,S1205-215M-H Bessières Parasitologie-Mycologie
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INFLUENCE THERAPEUTIQUE
RESULTATS PCR*
Incidence toxoplasmose
253 IMMUNODEPRIMES
VIH : 12.3% (22 /179)
autres ID : 2.7% (2/74) PCR+Patients VIH+ non traités 87 % sang
60% LCR
Traités ou prophylaxie Pneumocystis
25 % SANG
17% LCR
**FoudrinierFoudrinieret al et al ScandScandJ Infect Dis 1996 383J Infect Dis 1996 383--386386M-H Bessières Parasitologie-Mycologie
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PCR et suivi allogreffés de moelle osseuse
Étude européenne multicentrique *
EVALUER INTÉRÊT PCR SANG
Méthode
PCR sang 1 fois/semaine (100
ème
j) puis tous les 15 jours 180ème
j post-greffe patients immunisésDéfinitions :
Toxoplasmose infection (TI) : PCR+ sang +/- fièvre.Toxoplasmose maladie (TM) : diagnostic clinique
(encéphalite ++, formes polyviscérales) radiologique et PCR+ sang, LCR ou LBA.**MartinoMartinoR et al.R et al.Clinical infectious diseasesClinical infectious diseases. 2005; 40: 67. 2005; 40: 67--78.78.
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Analyse des données patients immunisés*
TI précède TM (J35 vs J64)
•Incidence TI env. 16% et TM 6 %quotesdbs_dbs44.pdfusesText_44[PDF] polyploïdisation exemple
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