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Rapport de stage

De l'apport de l'informatique

dans un laboratoire de biologie médicale Laboratoire de biologie du Centre Hospitalier Sainte Anne

1 rue Cabanis 75014 Paris

Stage du 07/07/2014 au 29/08/2014

Maitre de stage : Edith MOUCHET

Louis BELLETÉtudiant à l'École Technique

Supérieure du Laboratoire

Aout 2014 - V1.2

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ère année BIOAC

Laboratoire de biologie de l'hôpital Saint Anne - Paris

Ecole Technique Supérieure du LaboratoireLouis BELLET- BST BIOAC 1 ère année - Aout 2014 - V1.22/35Table des matières

Table des matières _______________________________________________________________ 2 Remerciements__________________________________________________________________ 4 Liste des abréviations ____________________________________________________________ 5 Introduction ____________________________________________________________________ 6

1Présentation du centre hospitalier Sainte Anne __________________________________ 7

1.1L'histoire de l'hôpital Sainte Anne __________________________________________ 7

1.2Le Laboratoire de Biologie du Centre Hospitalier Sainte-Anne __________________ 8

1.2.1Pré analytique _______________________________________________________ 9

1.2.2Analytique _________________________________________________________ 10

1.2.3Post analytique ______________________________________________________ 11

2Sécurité et qualité liées à l'activité du laboratoire ________________________________ 13

2.1Sécurité du laboratoire ___________________________________________________ 13

2.2Qualité liée à l'activité du laboratoire _______________________________________ 15

2.2.1Assurance qualité ___________________________________________________ 15

2.2.2L'accréditation ______________________________________________________ 16

3Projet scientifique __________________________________________________________ 18

3.1Vérification de méthode de groupe sanguin ________________________________ 18

3.2Constitution d'un dossier de conformité des résultats _________________________ 23

3.2.1Présentation du SIL __________________________________________________ 23

3.2.2Création d'un dossier test _____________________________________________ 24

4Conclusion ________________________________________________________________ 25

5Annexes __________________________________________________________________ 26

5.1Feuille de Validation Biologique des résultats _______________________________ 26

5.2Gestion des Déchets d'Activité de Soins à Risques Infectieux et Assimilés ________ 27

5.3Consignes générales de sécurité au laboratoire _____________________________ 28

5.4Diagramme d'Ishikawa du laboratoire _____________________________________ 29

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Ecole Technique Supérieure du LaboratoireLouis BELLET- BST BIOAC 1 ère année - Aout 2014 - V1.23/355.5Délais des techniques moyennes effectuées au laboratoire ____________________ 30

5.6Questionnaire de qualification du système informatique dans le cadre de

l'accréditation ________________________________________________________________ 31

5.7Résultats d'analyses de l'automate _________________________________________ 33

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Ecole Technique Supérieure du LaboratoireLouis BELLET- BST BIOAC 1 ère année - Aout 2014 - V1.24/35Remerciements

Au terme de ce stage, je tiens à exprimer mes vifs remerciements à Madame Edith MOUCHET, cadre du pôle médico technique, pour l'aide et le soutien apporté. J'exprime aussi ma profonde gratitude à madame Viviane CADIER, pour les conseils et directives prodigués durant ce stage. Je suis particulièrement reconnaissant envers tout le personnel du laboratoire qui m'a permis de mener à bien mon stage

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Ecole Technique Supérieure du LaboratoireLouis BELLET- BST BIOAC 1 ère année - Aout 2014 - V1.25/35Liste des abréviations

Bio qualité : Association de biologistes qui accompagne et évalue la démarche qualité deslaboratoires, axés sur le strict respect des règles opposables de la norme ISO 15189.

CHSA : Centre Hospitalier Sainte AnneCNIL : Commission Nationale de l'informatique et des libertésCOFRAC : Comité Français d'AccréditationCQ : Contrôle QualitéCEQ : Contrôle Externe de QualitéCIQ : Contrôle Interne de QualitéDAOM : Déchets Assimilables aux ordures MénagèresDASRI : Déchets d'Activité de Soins à Risques InfectieuxNF : Norme FrançaiseSIL : Système Informatique du laboratoireSIH : Système informatique hospitalierGAM : Gestion administrative du malade

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Ecole Technique Supérieure du LaboratoireLouis BELLET- BST BIOAC 1 ère année - Aout 2014 - V1.26/35Introduction

Le laboratoire de biologie est situé dans l'enceinte du Centre Hospitalier Sainte-Anne. Le laboratoire s'occupe d'effectuer les analyses requises pour l'ensemble des services du CHSA ainsi que des structures médicales partenaires .C'est un service pluridisciplinaire ouvert tous les jours 24h/24, techniciens et biologistes se relaient pour assurer la continuité des soins. Le laboratoire est polyvalent, il couvre des domaines de base tel que, la Biochimie, l'Hémostase, la Microbiologie, la Sérologie, l'Hormonologie, l'Immunohématologie ainsi que l'Hématologie. Il participe aussi des analyses plus rare comme de la Toxicologie, l'Hormonologie, l'Etude des protéines du LCR ou le dosage de psychotropes. Le laboratoire fait partie du pôle médicotechnique au même titre que l'équipe opérationnelle d'hygiène, la stérilisation et la pharmacie. Lors de mon stage je me suis occupé de créer un dossier test en vue d'un audit assurant la bonne validité des analyses effectuées au laboratoire de biologie ainsi que de découvrir l'étendue et le fonctionnement du Système Informatique de

Laboratoire (SIL)

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Ecole Technique Supérieure du LaboratoireLouis BELLET- BST BIOAC 1 ère année - Aout 2014 - V1.27/351Présentation du centre hospitalier Sainte Anne1.1L'histoire de l'hôpital Sainte Anne

L'hôpital psychiatrique Sainte Anne fut créé à l'époque de Napoléon III en 1863.Il fut en tout

premier lieu un centre de recherche, de traitement et d'enseignement des maladies

mentales. L'hôpital va croître d'année en année et va gagner en 1892 une unité de soins

dentaires et des consultations externes réservée aux patients psychiatriques. En 1947 est créée la section de bio-psychopathologie de l'enfant et en 1974 le service de neurologie. Depuis lors le Centre Hospitalier de Sainte Anne (CHSA) est devenu un lieu important de traitement et d'étude des maladies mentales comprenant de nombreux services et secteur liée à la psychiatrie ainsi qu'aux soins neurologiques et neurochirurgicaux.

Annexe : Plan de Sainte Anne

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Ecole Technique Supérieure du LaboratoireLouis BELLET- BST BIOAC 1 ère année - Aout 2014 - V1.28/351.2Le Laboratoire de Biologie du Centre Hospitalier Sainte-

Anne Le laboratoire de Biologie du Centre Hospitalier Sainte Anne est un laboratoire polyvalent

fonctionnant 24 h/24 et 7 j/7.Les horaires de journée sont de 7h à 18h, puis une relève est

assurée jusqu'à 21h pour laisser la place à la garde de nuit de 21h à 7h du matin.

Le laboratoire assure la gestion du dépôt de sang, et effectue les contrôles microbiologiques

d'hygiène pour l'hôpital. Outre les analyses de biologie générale, communes à tout laboratoire, des examens de biologie spécialisée sont réalisés en Pharmacologie et en Biochimie du Liquide Céphalo-rachidien. Le laboratoire contient également un dépôt de sang et effectue des contrôles microbiologiques d'hygiène de l'hôpital. Le laboratoire de biologie regroupe 8 postes techniques appelés " paillasse ».

Biochimie

Hormonologie

Hématologie

Hémostase

Microbiologie

Sérologie

Etude des Protéines du LCR (Liquide Céphalo-rachidien) Pharmacologie (la plupart des dosages de médicaments se font dans le laboratoire de pharmacologie par HPLC)

Immunohématologie

Le laboratoire est également habilité comme dépôt de distribution de produits sanguins labiles en partenariat avec l'EFS Cochin-Saint-Vincent de Paul. Quelques analysées spécialisées sont réalisés dans ce laboratoire : dosage des quantifierons, recherche de pigments dans le LCR, dosage de béta trace.

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Ecole Technique Supérieure du LaboratoireLouis BELLET- BST BIOAC 1 ère année - Aout 2014 - V1.29/35

Dr Sophie BROVEDANI

Biologiste

Référent Hygiène

Responsable suppléant dépôt de sang

Edith MOUCHET

Cadre du Pôle Médico Technique

Référent Qualité

Référent informatique

Charline AMETTE

Laetitia BERTOLO

Elodie BOULINGRE

Catherine BOYER

Sylvie DECARPENTRIES

Evelyne GOGNAU

Aude LOISEAU

Marie LE ROY

Pierre MICAULT

Christian PAULIAT

Florence PECTORIN

Annick PROD'HOMME

Brigitte VOISIN

Viviane CADIERRéférent Informatique

Patrick LAURENTRéférent Informatique

Jean-Michel THIERYRéférent dépôt de sang

Luc ORESVERéférent Qualité

Technique

Infirmière

Dr Frédérique LANCELIN

Biologiste

Dr Yolande LEMEILLE

Biologiste

Réacto vigilance

Référent Assurance Qualité

Dr Jean TOUREAU

Biologiste

Responsable dépôt de sang

Dr Marie-Thérèse

COUCHARD

Biologiste

Biologie délocalisée

Alain BALDACH

Cadre de Santé

Secrétariat

Aide de laboratoire

ASHQ

Dr Philippe NIEL

Chef de Service

Chef du pôle Médico Technique

19/01/2012 CHSA/laboratoire de biologie/EMD

CENTRE HOSPITALIER SAINTE ANNE

Pascale JURCZAK

Jean Claude FILLIETAZ

Sébastien POTTIER

Dany LE BEC

Eric FONTAINE

LABORATOIRE DE BIOLOGIE

INTERNES

Dr Monique BARANES-LEVY

BiologisteAnnexe : Organigramme présentant le personnel du laboratoire de biologie

1.2.1Pré analytique

Les prélèvements effectués dans les différents services sont acheminés dans les meilleurs

délais grâce à des coursiers (du service de soins ou du laboratoire) qui sont chargés d'horodater la demande d'analyse joint avec les prélèvements. La demande d'analyse contient en autre l'identité du patient (nom, prénom, sexe et date de

naissance), l'identité du prescripteur, la date et l'heure du prélèvement ainsi que la série

d'examen demandée, les renseignements permanents (pathologie, chimio...) ou les renseignements utiles à l'interprétation du résultat (traitements médicamenteux, suspicion...).

Au pré analytique on vérifie la conformité des prélèvements et de la demande et le degré

d'urgence du prélèvement (bon de demande horodaté, tubes de la bonne couleur etc...) et la gestion des envois extérieurs. Le pré analytique se charge d'enregistrer le patient dans le système informatique (système LMX de Technidata). Une fois les demandes enregistrées sur

le logiciel, des étiquettes sont éditées et collées sur les tubes. Sur les étiquettes sont présents

l'identité du patient, son numéro LMX, l'analyse à effectuer avec ce tube ainsi qu'un code barre qui sera lu par les automates. Les tubes sont alors centrifugés à 3000trs/min pendant 10 minutes. Seuls les tubes pour la

numération, les hémoglobines glyquées et les plaquettes citratés ne sont pas centrifugés.

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Ecole Technique Supérieure du LaboratoireLouis BELLET- BST BIOAC 1 ère année - Aout 2014 - V1.210/35Toutes ces étapes sont exécutées à l'accueil du laboratoire.

Annexe: Guide du prélèvement biologiquement

1.2.2Analytique

Par la suite, les tubes sont acheminés en analytique. Un technicien récupère les tubes et les

distribue sur les paillasses correspondantes à l'analyse renseignée sur le tube. Les techniciens

responsables de leur paillasse doivent ainsi procéder aux analyses sur les automates ou en technique manuelle. Les appareils effectuant les analyses se présentent en deux parties: un automate et un TAD (Terminal Analytique Dédié). Le technicien passe les tubes dans l'automate qui va lire le code barre et interroger LMX. La demande d'analyse associée au code barre va être envoyée sur le TAD et va autoriser l'automate à procéder à l'analyse. Si le code barre n'est pas connu dans LMX le tube sera ignoré. Des bornes de couleurs sur le Terminal Analytique Dédié (logiciel TAD) permettent d'alerter le personnel des résultats pathologiques. De même des règles de validation permettent de demander un redosage.

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Ecole Technique Supérieure du LaboratoireLouis BELLET- BST BIOAC 1 ère année - Aout 2014 - V1.211/35Une fois l'analyse terminée, les résultats s'afficheront sur le TAD. Le technicien en charge de

la paillasse effectue alors une validation analytique; il s'assure que les résultats rendus ne soient pas aberrants et que l'analyse du tube se soit déroulée normalement. Il se porte garant du bon fonctionnement de son automate, de contrôles corrects et d'une vérification ultime de la conformité du prélèvement.

S'il a un doute il peut repasser les tubes dans l'automate pour une vérification des résultats. Il

est le premier à détecter un résultat pathologique Les résultats pathologiques et/ou urgent sont communiqués au biologiste et transmis par téléphone au prescripteur. Annexe : Exemple d'étiquette collée sur un tube

Annexe : l'automate COBAS INTEGRA 800

1.2.3Post analytique

Une fois la validation technique faite, les résultats sont enregistrés dans LMX.

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Ecole Technique Supérieure du LaboratoireLouis BELLET- BST BIOAC 1 ère année - Aout 2014 - V1.212/35Avant que les résultats ne soient rendus accessibles, ils doivent d'abord être validés

biologiquement. Tous les résultats sont validés et interprétés par un biologiste ou un interne

habilité. Des bornes de couleurs sur le logiciel informatique LMX permettent d'alerter le biologiste des résultats pathologiques. Un commentaire peut être ajouté au résultat si

besoin. Les résultats présentant un caractère d'urgence sont téléphonés si possible au

prescripteur sinon au personnel soignant.

La liste des numéros de téléphone des services au bureau de validation ainsi qu'à l'accueil

du laboratoire. Cf. 5.1Feuille de Validation Biologique des résultats Page 26

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Ecole Technique Supérieure du LaboratoireLouis BELLET- BST BIOAC 1 ère année - Aout 2014 - V1.213/352Sécurité et qualité liées à l'activité du

laboratoire2.1Sécurité du laboratoire

La sécurité en laboratoire regroupe un ensemble d'obligation et d'interdiction instauré par la

loi en vigueur que son tenu de respecter le personnel du laboratoire. Des protocoles et documents qualités sont à disposition du personnel afin qu'ils respectent la réglementation instaurée en laboratoire. Le personnel est tenu de respecter les bonnes pratiques de laboratoires (BPL) instaurées par la directive européenne 2004/10/CE. Cf. 0Gestion des Déchets d'Activité de Soins à Risques Infectieux et Assimilés. Page 26

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Ecole Technique Supérieure du LaboratoireLouis BELLET- BST BIOAC 1 ère année - Aout 2014 - V1.214/35Gestion des Déchets d'Activité de Soins à Risques Infectieux et Assimilés

Des consignes de sécurités sont présentes dans les documents qualité secours à l'accueil.

Cf. 5.3Consignes générales de sécurité au laboratoire Page 28

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Ecole Technique Supérieure du LaboratoireLouis BELLET- BST BIOAC 1 ère année - Aout 2014 - V1.215/352.2Qualité liée à l'activité du laboratoire

" Le Manuel Qualité a pour objet de présenter les dispositions générales adoptées et mises

en oeuvre par le laboratoire de Biologie pour obtenir et garantir la qualité de ses prestations conformément aux exigences de la réglementation en vigueur (normes NF EN ISO

15189 :2007 et NF EN ISO 22870 :2007, Ordonnance du 13 janvier 2010 relative à la

Biologie médicale)...La politique qualité du laboratoire s'intègre dans la politique qualité de

l'hôpital. Elle a pour but de s'assurer que les prestations du laboratoire définies dans le Manuel de

prélèvementrépondent à la Norme EN ISO 15189, dans le respect de bonnes pratiques professionnelles, aboutissant à un rendu de qualité fiable pour le patient et le prescripteur

(accréditation COFRAC). Elle a pour but d'assurer toutes les prestations proposées : des examens

biologiques d'urgences aux examens très spécialisés.» QPR-Labo-MAQ 01 Manuel Qualité Laboratoire de Biologie La qualité est primordiale au sein d'un laboratoire car elle doit permettre de garantir la qualité des analyses et contrôles effectués au sein de ce laboratoire.

La gestion de la qualité est assuré par une cellule qualité qui se réunit plusieurs fois par an

afin d'établir des projets, actions correctives ainsi que de mettre en place des audits.

L'audit est un outil d'amélioration continue, il peut être interne ou externe à l'établissement.

2.2.1Assurance qualité

L'assurance qualité permet de satisfaire le niveau de qualité désiré et de donner confiance

dans la prestation effectué en conformité avec la Norme EN ISO 15189.Elle suit le schéma de la roue de Deming Il permet d'obtenir une amélioration continue des performances du laboratoire tout en respectant les normes ISO.

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Annexe : Gestion de l'organisation au sein du laboratoire.

La satisfaction du client est déterminée grâce à une enquête réalisée tous les ans auprès des

prescripteurs, infirmiers et cadre des différents services de soins. Une étude des non- conformités est un indicateur pouvant engendrer des actions correctives et/ou préventives. Cf. 5.4Diagramme d'Ishikawa du laboratoire Page 29 Tous les documents qualité sont enregistrés sur informatique mais sont aussi présent en version papier dans la " niche » qualité.

2.2.2L'accréditation

Le laboratoire de biologie est entré dans une démarche d'accréditation par la voie de qualification Bio Qualité.

Le laboratoire central de biologie de Sainte Anne à reçue sa qualification de Bio Qualité le 4

février 2013, valable pour 36 mois. Score à avoir pour obtenir la qualification : 700/1000, score obtenu par le laboratoire:

769/1000.

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Ecole Technique Supérieure du LaboratoireLouis BELLET- BST BIOAC 1 ère année - Aout 2014 - V1.217/35Lors de l'entrée en accréditation le

laboratoire possède deux options :

Choisir l'option A: Le laboratoire

demande l'accréditation sur un ou plusieurs examens.

Choisir l'option B: Le laboratoire

envoie son attestation de

Bioqualité ainsi que trois dossiers

de vérification de méthode. Pour pouvoir se faire accréditer il faut pouvoir fournir plusieurs documents.

Des dossiers de vérification de méthodes

La preuve de l'abonnement du LBM à un dispositif externe d'évaluation de la qualité La réponse au questionnaire d'identification destiné au COFRAC (SH FORM 05) L'envoi au COFRAC du questionnaire d'auto-évaluation La programmation des interventions du COFRAC sollicitées par le LBM Cf. 5.6 Questionnaire de qualification du système informatique dans le cadre de l'accréditation Page 31 Annexe : Calendrier prévisionnel du laboratoire.

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Ecole Technique Supérieure du LaboratoireLouis BELLET- BST BIOAC 1 ère année - Aout 2014 - V1.218/353Projet scientifique3.1Vérification de méthode de groupe sanguin

Lors de mon travail en laboratoire, j'ai participé à une vérification de méthode afin de

s'assurer que les résultats données par les automates étaient les mêmes que ceux trouvées

avec des techniques manuelles. L'automate WADiana (Grifols) est utilisé en immuno-hématologie afin de déterminer un groupe sanguin ainsi que des RAI (Recherche d'agglutinines irrégulières)

Annexe: Automate WADiana GRIFOLS

La technique utilisée pour les groupes sanguins est celle de la méthode d'immuno- agglutination où le sang du patient est associé aux anticorps A, B, AB et O. Pour les RAI un réactif est ajouté au sérum du patient. La lecture du résultat se fait directement par l'automate. Le technicien en charge de la paillasse doit valider techniquement ce résultat.

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Ecole Technique Supérieure du LaboratoireLouis BELLET- BST BIOAC 1 ère année - Aout 2014 - V1.219/35Cet automate utilise des cartes spécifiques :

Annexe : CarteDG Gel® Rh (à gauche) etDG Gel® Coombs (à droite) On utilise une carte DG Gel®Rh et quatre puits de DG Gel®Coombs par patient. Pour la méthode manuelle, les même cartes sont utilisées mais remplies par le technicien. Le protocole à suivre est fourni sur le manuel du fabricant. Une centrifugeuse ainsi qu'un incubateur ont aussi été mis à ma disposition. Annexe :DG Spin (à gauche),DG Therm (à droite). La lecture du résultat se fait par observation des cartes.

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Annexe : Lecture des résultats des puis de carte DG Gel®Rh et DG Gel®Coombs.

Selon la qualité du résultat les tubes sont considérés 4+, 3+, 2+, 1+, +/-, hémolysé, double

population ou -. Le groupage sanguin ABO peut se faire aussi sous la forme de deux épreuves : L'épreuve globulaire (Beth-Vincent) qui consiste à mettre en évidence les antigènes ABO à la surface des globules rouges grâce à des anticorps anti-A, anti-B et anti-AB . L'épreuve plasmatique (Simonin-Michon) qui consiste à mettre en évidence la présence d'anticorps anti-A, anti-B et anti-AB dans le plasma du patient .Il suffit de le mélanger avec des hématies A, B et O.L'agglutination montrera la présence de l'anticorps A, B ou AB. Le résultat se lit dans l'observation d'agglutination entre anticorps et antigène (complexe immun).

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Sur la photographie ci-dessus est représenté le résultat de deux patients ; un en haut, un en

bas. La série de quatre tubes correspond au test Beth-Vincent, et la série de trois tubes Simonin-

Michon.

Le premier patient (celui représenté en haut de la photographie) possède un groupe sanguin A car il y a eu agglutination dans les tubes ou étaient présent le sang avec l'anticorps A (le tube A et le tube AB).Le test Simonin Michon confirme notre résultat grâce à l'agglutination dans le tube B (présence de l'anticorps B dans le plasma du patient) Le deuxième patient est O car il y a présence de l'anticorps A et B dans son plasma (Complexe immun dans les tubes A et B).Il est donc normal de retrouver un résultat négatif dans les tubes A, B et AB du test Beth-Vincent. Tous les tests sont confirmés grâce à la non-agglutination des tubes NEG et O car ils constituent des témoins négatifs. Les résultats de plusieurs patients peuvent se résumer ainsi :

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