[PDF] Untitled bactériologie médicale.............. Page

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collaborateurs logies générales

1 . Remarques liminaires............

2 . Démarche de l'examen

L. Mereghetti, R. Quentin

de la démarche microscopique.... et isolement des bactéries... utilisés dans des bactéries

3 . Diagnostic rapide

M.-C. Ploy

recherchés utilisées commerciales........

4. Biologie moléculaire :

ion à la détection, à fication et au génotypage...,... 43

C. Burucoa, P kmotte

d'un laboratoire biologie moléculaire de la biologie moléculaire..... D( XV

Table des mâti'ères

Tlpage génétique des bactéries....

Précautions

Évohtions.....-....

Chapitre 5 r Automatisationet laboratoire de bactério1o9ie............

C. Martin, E Camier

Généralités... ....".;....:.......;...'.:...;i.,....;.:....

Automates de coloration

Automates de cytolbgie urinaire

et de détection de Ia bactériurie

Gestion des hémocuItures......................

Automates d'identifi cation

et d'antibiogramme

Automates de détection des mycobactéries

et étude de la sensibilité aux antibiotiques..............................................-.....:...

De I'automate d'ensemencement.à la chaîne

robotisée..

Autres méthodes de stérilisation..

79
79
84
IJ iz 75
75
75
78

Perspectives et conclusions

Chapitre 6 o Stérilisation..

A. Cubertafond, M. Mounie4 E Denis

Indications...

Définitions

Etapes préliminaires

de la stérilisation

Chapitre 8 o Internet et bactériologie

médicale

A. Philippon

Introduction

59
6l 62
bl 65
67
o/ 5 5 5 t3 35
35
37
4l 35

Chapitre 7 o Informatique

. et laboratoire de bactériologie........*r...

C. Martin

Généralités...

Gestion du laboratoire

Logiciels d'épidémiologie...................... i I i l I _l43 44
ations de la biologie moléculaire bactériologie médicale.................

Bactério I og i e méd i ca le

Quelles informations rechercher ?

Choix d'un méta-moteur de recherche

Carnet d'adresses......

Conclusion ...

Chapitfe 9 c ::'i:t::.,:..,:,f 't",;.L11 1;';1,;.;1::,;::,;:1:',;:,1,1.:11;

'.... ..:a:,.'a'.',,,'.:.:,,,''..',',::.::,:,::",:,,: ::.:.,::a: .,...:,::::,'..':.t,.':.a.:.,,,:',.:.:,Ç,:',.'

M. Mounier, N. Hidri, M.-C. PLoy, F. Denis

Risque infectieux

Conception du laboratoire...

Protections individuelles..

Gestes de routine

Risques particuliers : biologie

moléculaire, organismes génétiquement modifiés (OGM)..............

Gestion des déchets..

Conclusion..

C h a p i t re I Q c

",..' ; :;.; ;1;.:; ;,'l:',1 1.';' ;;,,1::',',, ::

N. Hidri, V. Marzuck

',,,,:. ;.,::,.:. :;: :t",, ::,, ::.:,: l:.lL ::.1:l:ll..i,lt) t::1. ,..,:,:a,:a.,.',.:..,: ".'.::'."-:.',,.';:;1..;:.:1 ,11.11t,:l::11:;,,1;.tt,l;.,., l;: l',.r': '

O. Barrottd, N. Pe.stourie

Introduction

Germes à potentiel infectieux

ou multirésistants...... ... .......

Politique de dépistage.

Outils de dépistage..

Conduite à tenir du biologiste

devant Ia détection d'une BMR...

Chapitre 12 .

i::,:' i.

F. Denis, C. Piva, M. Mounier

Flore bactérienne ante mortem

et post mortem............ Diagnostic microbiologique sur cadavre.............

Cas particulier de la mort

du nourrisson et de I'enfant.

Précautions à respecter lors de la

conservation des corps des autopsies et de la mise en bière.................

Étude bactériolog ique des

produ its patholog iques Cha pitre 13 c :l::t*ri,::t i:,,:::t'1.,:1.::; ......

F. Denis

C h a p i t re 1 4 . :-,, i: :: :: :.:::t,:'. t..,: i,:',...,.,,.::,.:,

F. Garnie4 F. Denis

Vitatité des corps bactériens dans les

flacons d'hémocuItures........................,..............

IVIilieux d'hémocultures

Systèmes

Prélèvements

Traitement des flacons

ensemencés... 87
87
88
89132
t32 91
91
95
99r37
t{J 1 101
103
104
, , a,a,':a':'' " ' 139
139
140
141
149
119
151
109
r13 n5 r44 t/< 117
C h a p i t r e 1 5 .':: :' : ::ll ::.,:,' :. t, :t'',a.., ::'t..:...::; a

P. Parize. J.-L. Mainardi

Introduction

Micro-organlsmes

Physiopathologie

Diagnostic

Traitement....

Conc!usion....

1.52 154
156
117
117
Ll8 119
t27 129
t29 131

F. Denis, M.-C. Ploy, M. Mounier

Introduction.. 223

Diagnostic bactérioIogique..............

Conclusion........

Chapitre 25 o ::;"':: :;.'.:..'.;:".'." :.': :,..:.'. ';. 11','.:,,,:,1. :'t: -,.::' l'::'...... L. Mereghetti, P. Lanotte, R. QuentinIntroduction ..............................

Ulcérations génitales

Urétrites......

Prostatites, épididymites

et orchiépididymites

Rôle du laboratoire dans la surveillance

de l'infection.....................

Chapitre 26 .

R. Quentin, P. Lanotte, L. Mereghetti

Introduction z3j

Rappel anatomoclinique..................... z3:'

Pathogenèse. ne

Diagnostic bactérioIogique............. ........ 240

Conclusion.... 253

Chapitre )J o t,::"::''. ,':,,:i:,:,'rr.r :,t,irr..: :';',::;;,;1; 11,;,1t:-:il'lli:l:,r'::::ill.. 255

R. Quentin

Introduction z5s

Rappel clinique........... zss

Pathogénie.... 255

Diagnostic bactériologique direct......... 2s7

C h a p i t re 28 .,:,, ::: :,:i L: t i :L,,'i t: i,',,-t lt:;:{:a::::l',r-:,,1::;rt',.a:..,ta,; i:::,. i::.:}::,:.';:i,,t:.t':.:t,,t:: ':y't.:::1::r.Xr'ç: ; l*, ç':r:::.r*il'li,if :ft ....... 26s L. Mereghetti, P. Lanotte, R. QuentinIntroduction z6s t79 179
180
184
t86 r89 r89 189
190
r90 191
t94 197

Rappel anatomoclinique.

Pathogenèse.

Diagnostic bactériologique direct

Diagnostic bactériologique indirect......

Cas particuliers de la mucoviscidose...

Conclusion....

224
227
229
229
229
232
235
236
237

Chapitre20. ::,::

199
.ll.-C. Plov, F. Denis

Introduction Ds

Rappel anatomoclinique.,................... tss

Pathogenèse. Ds

Diagnostic bactériologique direct......,.. tes

Chapitre 21 . ; .:.t..:r.;:rr: l;;-."'"'.;, 1 :"lr-rr"rr::r.-,:::. . 205 t ! -C. Plo], C. Mttrtin

I-utroduction. zo9

Rappels anatomopathologiques........ 20s

Pathogenèse. 2os

Diagnostic bactériologiquedirect............... zro 205
205
205
205
209
F

XXBactério Iog ie méd i ca Ie

Diagnostic bactériologique direct

chez I'homme 265

Diagnostic bactériologique direct

chez la femme.............. 266

Diagnostic bactériologique indirect... 767

Contrôle des milieux de culture..... 267

Chapitre 29 r lneidents trans{Ltsiaenr'lels

d'*rigine bactérienne : rôle du labCIratoire 26s

F. Gamier F. Denis

Épidémiologie des accidents bactériens 26e Prise en charge de la poche au laboratoire ""' 26e prélèvement. ..................... 270 Examen microscopique........................... 270

Mise en cu1ture............. 270

Résultats........ 27r

Espèces bactériennes incriminées." 21r

Conclusion.... 274

Chapitre 30' eontrôle rnlcl,obioloEielue

e{aes tissus et des cellules à alsaget!:érapeutietrur*................ z7s

F. Garnier, M. Drouet, E Denis

Produits thérapeutiques d'origine humaine " 2Ts

Étapes du procédé de production des

produits humains à usage thérapeutique ' 27s Contrôles microbiologiques............... " z78

Fartie lll

ldentification et systématiq ue bactérien ne Chapitre 31 o Orientation générale..........

M.-C. Ploy. F. Denis

Chapitre 32 o eoeci à Gram positif .............

F. Garnier F. Denis

Famille des Micrococcaceae........-.....

Famille des Streptococ cac e ae ..........

Chapitre 33 . €ceei à Gnan'l né9atif...........

E Gamier M.-C. PloY, F Denis

Habitat, Pouvoir Pathogène......

Diagnostic bactériologique dÎiect. .... .

Prise en charge et prophylaxie des infections

invasives à méningocoque.............'....... 329

Chapitre 34 . &acil{es à 6rarn négatif

aecâvCIhies et âérô-anaénobies.... 331 Chapitre 34.1 Généralités........................ 331

F. Denis, M.-C. PIoY

Chapitre 34.2 Enterobacteriaceae (à I'exception du genre Yersinia)........... ............... ." " " '. ' 331

P Bidet, E. Bingen

Généralités... 331

T[ibu des Escherichiae (entérobactéries VP -'

TDA - et uréase -) 336

Groupe KES (entérobactéries

VP +), tribu des Klebsiellae..... 3s0

Tribu desProteae (entêrobactéries TDA +) " " 3s3 Chapitre 34.3 Vibrionaceae - Aeromonadaceae -Plesiomonas... 361

O. Banaud, F. Denis, M.-C. PloY

Généralités...

GenreVibrio

361
361
366
367

Gente Aeromonas ..

Genre Plesiomonas

Chapitre 34.4 Bacilles à Gram négatif

non fermentaires..................... 368

C. Martin

Généralités...

Genre Pseudomonas...............

P aeruginosa et groupe <

Genres Burkhol.derin, Acidovorax, Comamonas,

Brevundimonas, Ralstonia, Pandoraea,

Sphingomonas, Stenotrophomonas . .. ... ." " "

Genres Ralstonia et Pandoraea

Genres Stenotrophomonas, Acidovorax,

Comamonas et Brevundimonas.... .. . ..""" """ 377

Famille des Flavobacteri'aceae (Flavobacterium,

C hry s e ob act e rium, Sphing ob ac te rium,

Myroi.des, Weeksella, Empedobacter) et genres

Alcaligenes, Achromobacter, Agrobacterium,

Ochrobactrum, Shewanella etWeeksella """ 378

Chapitre 34.5 Acinetobacter.-........ . .. .. 382

Baeilles à €ranr néEatif exiEear"rts...........................'. ." " " 385 Chapitre 34.6 Bordetella .......'................." 385

F. Gamie4 M.-C. PloY

Chapitre 34.7 Moraxella et O1i9e11a. .........................." " '. 388

F. Denis, M.-C. PloY

368
372
372
375
377
287
299
321
32r
323
I I

Chapitre 34.8 Francisella .......

F. Denis, M.-C. Ploy

Chapitre 34.9 Pasteurel la ......

F. Denis, M.-C. Ploy

Grapitre 34.10 Autres bacilles à Gram négatifs isolés de morsures..........

F. Denis, M.-C. Ploy

Chapitre 34.'11 Haemophi1us...................

O. Barraud, F Denis, M.-C. Ploy

Chapitre 34.12 Yersinia

F. Denis, M.-C. Ploy

Chapitre 34.1 3 Bactéries du groupe HACEK.....................

P Riegel

€hapitre 34.14 Afipia, Bartonella: agents de la maladie da< griffes du chat.............. ............................. 4rr

F. Denis, C. Martin

Chapitre 34.'15 Brucella ................................. 413

J--P ktvigne, D. O'Callaghan

Chapitre 34.16 Legionella........................ 421 lI. Mounier F. Denis. N. Pestourie

Chapitre 35 . **eiT!*s è çrarn négatif

micro;éî*pirl!*s.............................................:,.... 4zs Glaphre 35.1 Campy|obacter................................................... 42e

C- Burucoa

(h+itre 35.2 Helicobacter py|ori .......................................... 434

C. Burucoa

€hapitre 36 . â*ei!!aes à *raeni p*sit;f i.a I'exiept!*n d*ç *n*{*r*bi*s}................. 443

Orqritre 36.1 Corynebacterium et germes

çarentés..... 444

O- Barraud, F. Denis, M.-C. Ploy

Oqige 36.2 Erysipelothrix rh usiopathiaer bacille du rouget du porc............. 453

J- Tonkovic

(hpitre 363 Lactobaci llus ..

J- Tankovic

Table des matièresXXI

Chapitre 37 . ffiaeic*t'iaes spi:'aié*s..................

B. Jaulhac, S. de Martino, C. Le Brun

Chapitre 37.'1 Généralités sur les spirochètes.................

B. Jaulhac, S. de Martino, C. Le Brun

€hapitre 37.2 Genre Ùorre|ia.............

B. Jaulhac, S. de Martino, C. Le Brun

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