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Master I: Microbiologie Appliquée

Bactériologie Moléculaire et médicale

Mme MEDBOUA C

Bactériologie médicale : défis actuels

9Nécessité de résultats fiables et rapidement disponibles

9Qualité

9

9Réduction des moyens

¾Prélèvement (t=0)

¾Transport du prélèvement au laboratoire (t=2h max)

¾Examen direct (t=1h)

9microscopie otique : mobilité, coloration de Gram (forme arrangement, couleur)

9+/-test immunologique

9+/-test moléculaire

¾Culture (t=24h)

¾ensemencement, lecture le lendemain

¾Identification bactérienne (t=24/48h)

¾méthode rapide (t=24h)

¾méthode nécessitant une nouvelle culture (t=48h)

¾Antibiogramme (t=48h)

Identification bactérienne

¾Caractéristiques phénotypiques

9Morphologiques

9Biochimiques

9Antigéniques

¾Caractéristiques génétique

9

9Séquence du gène de l䇻ARN ribosomal 16S

Identification phénotypique: morphologique

Uniquement orientation

CocciGram positif

en amas = staphylocoques

CocciGram positif

en chaînette = streptocoques

Bacille Gram positif =

Clostridium, Listeria

CocciGram négatif

méningocoque

Bacille Gram négatif

entérobactérie

Pseudomonas

¾Ensemencement de colonies pures

¾Dégradation ou fermentation des sucres

Identification phénotypique: Biochimique

CocciBacille

Gram +Gram -

AmasChaînette

Catalase

Catalase

StaphylocoqueStreptocoque

Gram +Gram -

MéningocoqueListeria

Clostridium

Nitrite +

Oxidase-

EntérobactériePseudomonas

Nitrite -

Oxidase+

ImmobileMobile

Identification phénotypique

D'aprğs Clark et al. CMR 2013 -Seng et al. JCM 2013 & Kliem et al. Curr Opin Microbiol 2012

6 -8 min 30 s

Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization -Time Of Flight

104105 UFC

Identification phénotypique: Identification des bactéries par spectrométrie de masse MALDI-TOF caractéristiques(spectre).

Identification phénotypique: Antibiogramme

Milieu liquide

Milieu solide

Identification phénotypique: Immunologique

Identification des antigènes bactériens spécifiques

9Prélèvement ou colonie, en quelque minute

Anticorpsspécifiques

Particule de latex

Particule fluorescente

Immuno-flororescence

Immuno-agglutination

Identification phénotypique:Immunologique

9Test immuno-chromatographique

Antigène urinaire :

Légionnelle

Pneumocoque

Exp: Strep-test

Identificationmoléculaire

¾A partir du prélèvement ou des colonies

¾Cibles moléculaires :

gène spécifique

9identification de lespèce

9recherche de facteur virulence

9gène de résistance aux antibiotiques

¾gène codant lARN ribosomal16S spécifique aux bactéries

PCR,Séquençageet ARN16S

PCRPrélèvement

Séquençage

Etude cytobactériologique des

urines

A-Isolement des agents pathogène à partir

des échantillons cliniques brûlurelorsdelamiction(deparfoispar desdouleursabdominalesetdelafièvre.

¾Les infections les plus fréquentes

Infection urinaire (IU, ITU)

Cystite

I·XUpPULPH

2 mode de transmission

Pyélonéphrite

urinaires(malformationcongénitale).

¾Lesfemmes,surtoutlesfemmesenceintes

ouprostatite(inflammationdelaprostate) plusâgées

¾Lespersonnessondées

Les bactéries responsables des infections urinaires

Entérobactéries

Escherichia coli

Proteus mirabilis

Klebsiella pneumoniae

Klebsiella oxytoca

Enterobacter cloacae

Staphylocoque coagulase négatif

S. epidermidis

S. saprophyticus

Staphylocoque coagulase positifStaphyloccocus aureus

Les EntérocoquesE. faecalis

Examen cytobactériologique des urines

(E.C.B.U.)

Examen cytologique

Quantitatif

Leucocyturie,

Hématies

Pyurie, Cristaux

Cellules épithéliales

Qualitatif

germes

Examen bactériologique

Ensemencement

Dilution /Anse calibrée10ul

Dénombrement

Observation des cultures

Différenciation des colonies

Identification(s)

Antibiogramme(s)

J0

J2 à 4

J1 à 2

Aspect macroscopique

des urines: trouble ou clair

Nourrisson

¾Chezlepetitenfant,ondoitutiliserun

collecteurstérilespécifique.

¾Cedispositifàusageuniqueetnepeut

êtrelaisséenplaceplusde20à30

minutes.

ôtéetlesurinessonttransvasées

soigneusementdansunflaconstérilepuis acheminéesrapidementversle laboratoire.

Patients sondés

¾Sondage simple (itératif) : sacs

collecteurs

¾Sondage à demeure

sondage sus pubien

Patients sondés

Patients sondés

¾jet »

¾4H après dernière miction

¾Toilette locale

¾Eliminer le premier jet de 20 ml

¾Recueil dans un pot STERILE (20 à

30 ml)

¾Transport rapide au laboratoire

sinon frigo (4C)

Cas général

Aspect macroscopique des urines: trouble ou clair

Examen macroscopique à J0

criblage rapide par bandelettes: Chimie des urine

Examen macroscopique à J0

Examen Microscopique à J0

Quantitatif:

Sur urine homogénéisée:

*Numération des leucocytes sur cellule malassez (Ou entre lame et lamelle)

Qualitatif:

-frottis coloré au Gram: (observation bactéries) -frottis coloré au Ziehl Nielsen: (recherche mycobactéries) -Etat frais : * recherche de cellules (hématies, levures, bactéries...) *recherche de cristaux. *recherche de cylindres

Centrifugation

Urine entière

30

Cytologie positive

Leucocyte

Hématie

Bactéries

Cellule épithéliales

Polynucléaire

Leucocyte

Numération sur la cellule de Malassez

Cylindre leucocytaire

FULVPMX[ G·R[MOMPH GH

calcium

LeucocytesLevures

35

Mise en culture à J0

Méthode de Veron

* dilution 1/100( 20.1ml) dans 10 ml * ensemencement:

2 gouttes de la dilution (0.1 ml) sur ½ de culture:

-GN (gélose nutritive) -GSF/GSC si cocci -Mac Conkey si bacilles à Gram- -½ sabouraud si levure * incubation: 18 heuresà 37C 36

Dénombrement et

différentiation des colonies à J1-J2 39

Identification et antibiogramme à

J2-J3-J4

42

Bactériémie et Hémoculture

cliniquesounon. oulamanipulationd'unfoyerinfectieux). Les bactéries responsables des bactériémies

Entérobactéries

Escherichia coli

Klebsiella pneumoniae

serratia marcescens

Staphylocoque

S. epidermidis

S. aureus

Autres bacilles à Gram négatif

Pseudomonas aeruginosa

Acinetobacter baumannii

Prélèvement sanguin

Hémoculture: Etude cytobactériologique du sang lerespectdesrèglesdansdesflacons(1,2

Laponctionveineuseestla

seuleméthodevalablepour préleverlesangenvuedesa miseenculture.

Flacons aérobies

Grace à leur atmosphère enrichie en oxygène, ils favorisent la croissance et la multiplication des bactéries aérobies strictes rencontrées en clinique.

Flacons anaérobies

culture des bactéries anaérobies strictes

Composition du milieu de culture

¾Nutriments

¾Anticoagulants

¾Agents neutralisant les antibiotiques (résines) ¾Existence de milieux spéciaux pour la recherche de mycobactéries,quotesdbs_dbs49.pdfusesText_49

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