Modulation de lactivite enzyMatique
L'activité catalytique des enzymes peut être directement modifiée par des altérations régulatrices par une modification covalente (en général une ...
Les enzymes allostériques
Contrôle par fixation non covalente réversible = régulation allostérique. Contrôle par modification covalente. Réversible (phosphorylation adenylation…).
Présentation PowerPoint
2. Contrôle ou regulation de l'activité catalytique des enzymes (modification covalentes et conformationnelles ou non covalente).
1 Les modifications covalentes des protéines
La plupart sont déterminées par l'action d'enzymes spécifiques. Pour bien montrer que ces modifications se font par l'installation de liaisons covalentes et pas
La lipase de Candida rugosa : caractérisation biochimique
Ces enzymes catalysent l'hydrolyse des liaisons esters des The covalent modification of CRL with tetrahydrolipstatine (THL) inactivates the enzyme.
Enzymologie
consommé) Les enzymes catalysent la réaction biochimique dans les deux sens et l'équilibre final des modifications covalentes de l'enzyme (phosphates) ...
Cinétique enzymatique
Modifications covalentes. ? Effecteurs: -activateur. -inhibiteur. Influence du pH: Sur l'enzyme: Modification de l'état d'ionisation du site actif.
Cours de Biologie Moléculaire et Génie Génétique
Modification covalente des enzymes. 42. 3. Protéines se liants à l'ADN CHAPITRE I Enzymes de restriction et de modification des acides nucléiques.
Chapitre 2: Spécificité enzymatique et régulation II-1-Spécificité
II-1-1-La spécificité de substrat les enzymes ont des degrés de a) - Régulation par modification covalente : l'activité enzymatique peut être réglé par ...
Modification et dégradation enzymatique de polysaccharides
4 janv. 2013 d'interférer avec des interactions moléculaires non-covalentes comme les liaisons hydrogène et provoque leur déstabilisation. Le pH élevé ionise ...
[PDF] Modulation de lactivite enzyMatique
L'affinité d'association peut être changée par la présence de protéines ou de sous-unités régulatrices par une modification covalente (en général une
[PDF] Chapitre 2: Spécificité enzymatique et régulation
Contrôle de l'activité enzymatique a) - Régulation par modification covalente : l'activité enzymatique peut être réglé par la liaison covalente d'un
[PDF] Modification et dégradation enzymatique de polysaccharides
4 jan 2013 · Modification et dégradation enzymatique de polysaccharides: d'interférer avec des interactions moléculaires non-covalentes comme les
[PDF] XI Modulation de lactivité enzymatique
Dans une cellule l'activité des enzymes peut être contrôlée par de Réversibles : des modifications covalentes d'une enzyme peuvent modifier son
[PDF] Cours enzymologiepdf
La liaison du substrat sur l'enzyme entraîne une modification de l'enzyme révélant ainsi un site de fixation pour l'inhibiteur L'inhibiteur en retour
[PDF] Métabolisme - Les enzymes et la catalyse des réactions - T JEAN
les modifications conformationnelles de l'enzyme par modification covalente ou par fixation d'un ligand Les enzymes sont des éléments de spécialisation des
[PDF] Enzymologie
consommé) Les enzymes catalysent la réaction biochimique dans les deux sens et l'équilibre final des modifications covalentes de l'enzyme (phosphates)
[PDF] Cinétique enzymatique - Faculté de Médecine dOran
On peut comprendre alors comment les modifications de l'environnement de Ils se lient de façon covalente au site actif de l'enzyme à la place du
[PDF] ENZYMOLOGIE
Ils augmentent la vitesse de réactions chimique sans modifier les il est lié à l'enzyme par des liaisons fortes (type covalent)
[PDF] Enzymologie Master Prépa Santé
24 oct 2018 · VI) Les facteurs modifiant la vitesse de réaction enzymatique : (acide acétylsalicylique) agit par modification covalente de l'enzyme
Enzymologie
M1 BV A.MEZAINI
B Définition
catalyseur protéique (exception : les ribozymes) faible concentration dans les cellules Les synthèses par chimie organique (au laboratoire) : températures pressions très fortes. Les réactions chimiques dans la matière vivante : rapidesà température peu élevée
Les réactions chimiques se feraient à une vitesse incompatible avec la vie.C Les propriétés spécifiques de
ces catalyseurs protéiques Les propriétés qui les différencient des autres catalyseurs : spécificité La plupart des enzymes sont très spécifiques pour : La nature de la réaction catalysée : spécificité d'actionE Variation des activités enzymatiques
Variations physiologiques :
Ex. de l'ALAT (alanine amino transferase)
Glu + ac. Pyruvique ac. Oxalo-acétique + Ala
Concentration élevée chez le nouveau-né, se normalise en 6 mois Palc : cc élevées en cas de production osseuseVariations pathologiques :
AE aide au diagnostic ͗ la concentration d'enzyme circulante est un reflet (partiel) d'une lésion du tissu qui les contient
Quelques définitions
Isoenzymes (=isozymes)
formes multiples d'une même enzyme (existent naturellement chez une même espèce).Agissent sur le même substrat.
Catalysent la même réaction.
Souvent synthétisées par des organes différents.Structure primaire différente.
Proenzymes (= zymogène)
Précurseurs inactifs : les proenzymes
Activation après coupure et libération d'un petit peptide par : modification du pH l'enzyme elle même (processus autocatalytique) autre enzymeCofacteurs
Certains enzymes ont besoin d'un composant non protéique pour acquérir leur activité = cofacteurs Les cofacteurs peuvent être de différentes natures :Cofacteurs organiques (vitamines)
Quand ces cofacteurs sont fortement liés à l'enzyme, ce sont des groupements prosthétiques holoenzyme Groupement prosthétique : partie de molécule non protéique, liée à la structure protéique par des liaisons faibles et/ou des liaisons covalentesEx. : l'hème de l'hémoglobine
Apoenzyme
(protéique)Cofacteur
groupement prosthétiqueDéfinition de l'actiǀitĠ
enzymatique Vitesse d'une réaction enzymatique = quantité de substrat transformé (ou de produit apparu) par unité de temps.1 unité internationale (UI) = quantité d'enzyme qui transforme 1 micromole de substrat en 1 minute à 30°C dans des conditions optimales.
1 Katal (kat) = quantité d'enzyme qui transforme une mole de substrat par seconde.
1 nanokatal (nkat) : transformation d'une nanomole par seconde.
1UI = 16,66 nkat
Notion d'ordre d'une réaction
La vitesse d'une réaction étant à chaque instant proportionnelle à la quantité de substrat restant : V= k (S - x) deux cas :1 La quantité initiale de substrat S
est en large excès par rapport à la quantité d'enzyme AE vitesse maximum : Réaction d'ordre nul. x Ordre 0 t2 La quantité x de substrat qui
disparaît n'est plus négligeable et la quantité restante S-x devient très différente de S.V = dx/dt = k (S - x)
La rĠaction est d'ordre 1. La ǀitesse
initiale de la réaction est définie par la tangente ă l'origine de la courbe. x Ordre 1 tClassification des enzymes
Les êtres vivants possèdent un très grand nombre d'enzymes Les enzymes : désignées suivant un système de classification établi par la commission des enzymes (" Enzyme Commission », EC) Premier nombre : type de réaction catalysée par l'enzyme Deuxième nombre : type de liaison sur laquelle agit l'enzymeTroisième nombre : sous-classification portant
soit sur le sous-type de liaison soit sur le groupement transféré dans la réaction soit sur les deux Quatrième nombre : numéro d'ordre dans la sous-catégorie. En pratique les enzymes sont connues sous leur nom commun qui dérive du substrat principal + aseMécanisme d'action
Réaction enzymatique :
Reconnaissance du substrat par l'enzyme (complémentarité de structure) Modèle de " la serrure et la clef » (Fisher, 1894) Combinaison transitoire du substrat et de l'enzymeTransformation du substrat en produit
Libération des produits de la réaction
substrat enzyme enzyme substratSite actif
Le site actif comporte 2 sites voisins :
le site de liaison le site catalytique Situé à l'intĠrieur de la molécule globulaire protéique La surface occupée par le site actif représente moins de 5 % de l'aire totale de l'enzymeUne enzyme peut comporter plusieurs sites actifs
Complexe enzyme-substrat
S PSi cette réaction est catalysée par une
enzyme, on peut écrire : S P E ES (complexe transitoire)La formation d'un complexe transitoire peut
être mise en évidence par une expérience de EÉnergie d'actiǀation
Pour une réaction thermodynamiquement possible (G<0), la mise en contact des réactifs ne suffit pas toujours à déclencher la réaction
Exemple : glucose + 6O2 AE 6 CO2 + 6H2O G = - 2872 KJ mol-1 Les molécules doivent franchir une barrière énergétique = l'Ġnergie d'actiǀation Cette énergie d'actiǀation est diminuée avec :La température (en laboratoire de chimie)
Catalyseur (en laboratoire de chimie)
Présence d'enzymes (en biologie)
Mesure de l'actiǀitĠ enzymatique
aA + bB xX + yY La vitesse d'une réaction enzymatique : c'est la quantité de substrat transformé (ou de produit apparu) par unité de temps. vA = - (nA2 - nA1) t2 - t1 nX2 - nX1 - nA t nX vX = t2 - t1 = tUne vitesse est toujours un nombre positif :
- nA quand la molécule disparaît nX quand la molécule apparaîtPrincipe d'action de masse
A X + Y
La ǀitesse d'une réaction chimique est proportionnelle aux concentrations des réactifs qui interviennent dans le processus chimique élémentaire (vitesse proportionnelle à la [A]). Le facteur de proportionnalité est appelé constante de vitesse.V = k [A]
k: constante de vitesse de la réaction (ne dépend que de la température) La vitesse initiale est la vitesse instantanée au temps 0 de la réaction : c'est la vitesse la plus élevée [P] c'est la pente de la courbe au temps 0. temps Influence de la concentration en enzyme sur la vitesse initiale de la réaction Quantité définie de substrat + quantités croissantes d'enzyme En pratique, la concentration en enzyme est toujours trop Vi faible pour atteindre ce stadeConcentration
en enzyme Quand la concentration en substrat est très supérieure à la concentration en enzyme ([S]>>[enz]), la vitesse initiale Vi est proportionnelle à la concentration de l'enzyme [10S] Vi [2S] ViInfluence de la concentration en substrat sur la
vitesse de réaction Si l'on fait croître la concentration du substrat [S] alors que la concentration de varie [P] [P]Graphes primaires
[P] t t t [S] ViRéalisation du graphe secondaire
On trace le graphe représentant la vitesse initiale en fonction de la concentration en substrat : graphe secondaire On obtient une hyperbole qui tend asymptotiquement vers une valeur maximale de la vitesse : la V max max [S] Vi VModélisation mathématique
Hypothèse de Michaelis-Menten
k+1 k+2 E + S ES E + P k-1Vitesse globale de la réaction :
V = dP/dt = k+2[ES] (1)
Or la variation de la concentration en ES dépend : de la vitesse d'apparition de ES : k+1[E].[S] et de la vitesse de disparition de ES : (k-1+k+2)[ES] d[ES]/dt = k+1[E].[S] - (k-1+k+2)[ES] soit k+1[E].[S] - (k-1+k+2)[ES] =0 Par développements successifs on aboutit à :Vmax . [S] V =
[(k+1[S] +k-1+k+2)]/ k+1 On pose la définition de Km (constante de Michaelis et Menten), le rapport des trois constantesKm = k-1 +k2 k+1
Vmax . [S]
V = Km + [S]
Quelques propriétés issues de cette équationVmax . [S]
V =Km + [S]
Si [S]>> Km,
Alors Km + [S] tend vers [S]
Et V tend vers Vmax.[S]/[S] ou V =
VmaxLa vitesse est indépendante
Si [S]< Alors Km + [S] tend vers Km
Et V tend vers Vmax.[S]/Km ou
V = (Vmax/Km).[S]
La vitesse est
proportionnelle à la [S] de [S] Quelques propriétés issues de cette équation Vmax . [S]
V = Km + [S]
A la moitié de la Vmax, (V = Vmax/2),
On a :
Vmax 2 Vmax . [S]
Km + [S]
[S] 1/2 = Km + [S]
2[S] = Km +[S]
[S] = Km Le Km = concentration en substrat pour laquelle la vitesse est égale à la moitié de la Vmax (mol/L )
Signification de Km
Le Km est une constante indépendante de la concentration en enzyme. On peut la considérer comme une constante de dissociation de ES (qui prend en compte la réaction ES E + S et ES P + E) Pour une réaction enzymatique simple (S E P), l'inǀerse du Km représente l'affinitĠ de l'enzyme pour son substrat : plus la valeur du Km est faible, plus l'affinitĠ de l'enzyme pour S est forte. Km représente l'instabilitĠ du complexe [ES] Signification de Vmax
Vi V max Vmax/2
[S] Km La vitesse maximum est la vitesse approchée lorsque toutes les molécules d'enzyme sont combinées au substrat . Représentation de Lineweaver et Burk
(en double inverse) 1 Km = V Vmax
1 [S] 1 Vmax droite de la forme y = ax + b, avec a = Km/Vmax et b = 1/Vmax 1/V Km/Vmax
2/Vmax
1/Vmax
-1/Km 1/Km 1/[S] Représentation de Dixon
À partir de Vmax . [S]
V = Km + [S]
on peut écrire : V. Km + V. [S] = Vmax . [S]
Soit en divisant par [S] : V = Vmax - Km.
V [S] (équation de forme y = b+ax) Si l'on trace V en fonction V de V/[S], on obtient une droite b = Vmax a = -K V/[S] Vmax/Km
m Représentation de Eadie-Hostee
L'edžpression du rapport V/ [S] en fonction de V est aussi une relation linéaire. V = [S]
Vmax Km V droite de la forme : y = b + ax avec:
- b= Vmax/Km et a = - 1 /Km Km V/[S] Vmax Km -1/Km Vmax . [S]
V = Km + [S]
Vmax V Réaction enzymatique à deux substrats
La réaction enzymatique à 1 seul substrat est une situation rare Dans de nombreux cas un autre substrat intervient : S'il s'agit de l'eau (hydrolyse) : situation comparable à 1 substrat S'il s'agit d'un autre substrat
S'il s'agit d'un coenzyme
Les constantes de dissociation
de chacun des complexes formés interviennent Etude du mécanisme Bi-Bi
Soit la réaction : E A + B P + Q (2 substrats : bi ; 2 produits : bi) Les deux substrats ne peuvent se fixer à l'enzyme simultanément 3 mécanismes peuvent être envisagés :
Séquentiel (ordonné)
Aléatoire
Ping-pong
Mécanisme Bi-Bi séquentiel
(ordonné) Les substrats ne peuvent se fixer à l'enzyme que dans un ordre impératif. Mécanisme Bi-Bi aléatoire
Les substrats peuvent se fixer à l'enzyme dans un ordre indéterminé. Mécanisme Bi-Bi Ping-Pong
Les deux substrats ne sont jamais combinés à l'enzyme simultanément Les paramètres influençant l'actiǀitĠ enzymatique pH Température
Inhibiteurs
Activateurs
Les paramètres influençant l'actiǀitĠ enzymatique Le pH V Activité
nulle : pH d'arrġt pH optimum pH pH optimum des enzymes La plupart des enzymes ont un pH optimum proche de la neutralité (entre 5,5 et 8) Certaines ont un pH optimum très acide :
Exemple : Pepsine ( 1,8)
Certaines ont un pH optimum basique :
Exemple : arginase (9,5)
En biologie clinique les dosages des activités
enzymatiques se font à pH optimum Les paramètres influençant l'actiǀitĠ enzymatique La température
L'influence de la température sur la réaction enzymatique est la résultante de 2 phénomènes distincts : Une activation due à l'accroissement des vitesses de collision (loi d'Arrhenius) : courbe I Une inactivation due à la dénaturation de la protéine enzymatique : courbe II Activité
enzymatique température I Température optimale
II Les paramètres influençant l'actiǀitĠ enzymatique Les inhibiteurs
Inhibiteur = substance qui a pour effet de diminuer la vitesse de la réaction enzymatique. Les inhibitions sont classées en 3 types :
Les inhibitions irréversibles : les inactivations Les inhibitions réversibles (3 classes)
Compétitives
Non compétitives
Incompétitives
Les inhibitions par excès de substrat
Les inhibitions irréversibles : inactivations
L'inhibiteur se lie de façon covalente à l'enzyme AE bloque les groupes fonctionnels. Si le complexe Enzyme-inhibiteur est dilué ou dialysé, l'inhibition perdure. Inhibiteurs plus ou moins spécifiques
Les inhibitions réversibles
Les inhibitions réversibles perturbent la cinétique enzymatique Cette inhibition peut être levée par dialyse Les inhibiteurs réversibles agissent de façon plus spécifique que les inhibiteurs irréversibles. On les classe en 3 catégories :
Les inhibiteurs compétitifs
Les inhibiteurs non compétitifs
Les inhibiteurs incompétitifs
Les inhibiteurs compétitifs
Ressemblance structurale avec le substrat
Entrent en compétition pour se fixer sur le même site enzymatique (=effet isostérique) AE La réaction enzymatique est bloquée Effet sur la cinétique enzymatique
[ET] = [ES] [1+(Km/[S] . (1+ [I]/Ki))] (1) [ES]/[ET] = 1 / [1+(Km/[S] . (1+ [I]/Ki))] [ES]/[ET] = [S] / [[S] + Km. (1+ [I]/Ki)] (2) Sachant que : V= k2 [ES] et Vmax = k2 [Et],
leur rapport est : V/Vmax = [ES]/ [Et] (3) V/Vmax = [S]/([S] + Km(1+[I]/Ki))
soit : V = Vmax . [S]/([S] + Km.(1+[I]/Ki)) Effet des inhibiteurs compétitifs
sur le graphe secondaire V=f([S]) Vmax .[S]
V = [S] + Km . (1+[I]/Ki) Vmax inchangé
Km(i) = Km augmenté du facteur
(1+[I]/Ki) Vmax Vmax/2
quotesdbs_dbs45.pdfusesText_45
Alors Km + [S] tend vers Km
Et V tend vers Vmax.[S]/Km ou
V = (Vmax/Km).[S]
La vitesse est
proportionnelle à la [S] de [S] Quelques propriétés issues de cette équationVmax . [S]
V =Km + [S]
A la moitié de la Vmax, (V = Vmax/2),
On a :
Vmax 2Vmax . [S]
Km + [S]
[S] 1/2 =Km + [S]
2[S] = Km +[S]
[S] = Km Le Km = concentration en substrat pour laquelle la vitesse est égale à la moitié de laVmax (mol/L )
Signification de Km
Le Km est une constante indépendante de la concentration en enzyme. On peut la considérer comme une constante de dissociation de ES (qui prend en compte la réaction ES E + S et ES P + E) Pour une réaction enzymatique simple (S E P), l'inǀerse du Km représente l'affinitĠ de l'enzyme pour son substrat : plus la valeur du Km est faible, plus l'affinitĠ de l'enzyme pour S est forte. Km représente l'instabilitĠ du complexe [ES]Signification de Vmax
Vi V maxVmax/2
[S] Km La vitesse maximum est la vitesse approchée lorsque toutes les molécules d'enzyme sont combinées au substrat .Représentation de Lineweaver et Burk
(en double inverse)1 Km = V Vmax
1 [S] 1 Vmax droite de la forme y = ax + b, avec a = Km/Vmax et b = 1/Vmax 1/VKm/Vmax
2/Vmax
1/Vmax
-1/Km 1/Km 1/[S]Représentation de Dixon
À partir de Vmax . [S]
V =Km + [S]
on peut écrire :V. Km + V. [S] = Vmax . [S]
Soit en divisant par [S] : V = Vmax - Km.
V [S] (équation de forme y = b+ax) Si l'on trace V en fonction V de V/[S], on obtient une droite b = Vmax a = -K V/[S]Vmax/Km
mReprésentation de Eadie-Hostee
L'edžpression du rapport V/ [S] en fonction de V est aussi une relation linéaire.V = [S]
Vmax KmV droite de la forme : y = b + ax avec:
- b= Vmax/Km et a = - 1 /Km Km V/[S] Vmax Km -1/KmVmax . [S]
V =Km + [S]
Vmax VRéaction enzymatique à deux substrats
La réaction enzymatique à 1 seul substrat est une situation rare Dans de nombreux cas un autre substrat intervient : S'il s'agit de l'eau (hydrolyse) : situation comparable à 1 substratS'il s'agit d'un autre substrat
S'il s'agit d'un coenzyme
Les constantes de dissociation
de chacun des complexes formés interviennentEtude du mécanisme Bi-Bi
Soit la réaction : E A + B P + Q (2 substrats : bi ; 2 produits : bi) Les deux substrats ne peuvent se fixer à l'enzyme simultanément3 mécanismes peuvent être envisagés :
Séquentiel (ordonné)
Aléatoire
Ping-pong
Mécanisme Bi-Bi séquentiel
(ordonné) Les substrats ne peuvent se fixer à l'enzyme que dans un ordre impératif.Mécanisme Bi-Bi aléatoire
Les substrats peuvent se fixer à l'enzyme dans un ordre indéterminé.Mécanisme Bi-Bi Ping-Pong
Les deux substrats ne sont jamais combinés à l'enzyme simultanément Les paramètres influençant l'actiǀitĠ enzymatique pHTempérature
Inhibiteurs
Activateurs
Les paramètres influençant l'actiǀitĠ enzymatique Le pH VActivité
nulle : pH d'arrġt pH optimum pH pH optimum des enzymes La plupart des enzymes ont un pH optimum proche de la neutralité (entre 5,5 et 8)Certaines ont un pH optimum très acide :
Exemple : Pepsine ( 1,8)
Certaines ont un pH optimum basique :
Exemple : arginase (9,5)
En biologie clinique les dosages des activités
enzymatiques se font à pH optimum Les paramètres influençant l'actiǀitĠ enzymatiqueLa température
L'influence de la température sur la réaction enzymatique est la résultante de 2 phénomènes distincts : Une activation due à l'accroissement des vitesses de collision (loi d'Arrhenius) : courbe I Une inactivation due à la dénaturation de la protéine enzymatique : courbe IIActivité
enzymatique température ITempérature optimale
II Les paramètres influençant l'actiǀitĠ enzymatiqueLes inhibiteurs
Inhibiteur = substance qui a pour effet de diminuer la vitesse de la réaction enzymatique.Les inhibitions sont classées en 3 types :
Les inhibitions irréversibles : les inactivationsLes inhibitions réversibles (3 classes)
Compétitives
Non compétitives
Incompétitives
Les inhibitions par excès de substrat
Les inhibitions irréversibles : inactivations
L'inhibiteur se lie de façon covalente à l'enzyme AE bloque les groupes fonctionnels. Si le complexe Enzyme-inhibiteur est dilué ou dialysé, l'inhibition perdure.Inhibiteurs plus ou moins spécifiques
Les inhibitions réversibles
Les inhibitions réversibles perturbent la cinétique enzymatique Cette inhibition peut être levée par dialyse Les inhibiteurs réversibles agissent de façon plus spécifique que les inhibiteurs irréversibles.On les classe en 3 catégories :
Les inhibiteurs compétitifs
Les inhibiteurs non compétitifs
Les inhibiteurs incompétitifs
Les inhibiteurs compétitifs
Ressemblance structurale avec le substrat
Entrent en compétition pour se fixer sur le même site enzymatique (=effet isostérique) AE La réaction enzymatique est bloquéeEffet sur la cinétique enzymatique
[ET] = [ES] [1+(Km/[S] . (1+ [I]/Ki))] (1) [ES]/[ET] = 1 / [1+(Km/[S] . (1+ [I]/Ki))] [ES]/[ET] = [S] / [[S] + Km. (1+ [I]/Ki)] (2)Sachant que : V= k2 [ES] et Vmax = k2 [Et],
leur rapport est : V/Vmax = [ES]/ [Et] (3)V/Vmax = [S]/([S] + Km(1+[I]/Ki))
soit : V = Vmax . [S]/([S] + Km.(1+[I]/Ki))Effet des inhibiteurs compétitifs
sur le graphe secondaire V=f([S])Vmax .[S]
V = [S] + Km . (1+[I]/Ki)Vmax inchangé
Km(i) = Km augmenté du facteur
(1+[I]/Ki) VmaxVmax/2
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