11-Chapitre 11
Dans le contexte particulier d'un œil présentant des antécédents inflammatoires la chirurgie de la cataracte associe à son objectif habituel de restauration d'
Indications et contre-indications de la chirurgie de la cataracte liée à
20 févr. 2019 Cataract Surgery Guidelines. The Royal College of Ophthalmologist. Septembre 2010 (4). Depuis une recommandation a été publiée en octobre ...
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Egalement appelée opacification capsulaire postérieure. (OCP) la cataracte secondaire survient suite à une opération de la cataracte (implant d'un cristallin
Gurvan LÉCUYER
2 De l'annotation des vidéos chirurgicales à la reconnaissance automatique données de 50 vidéos d'opération de la cataracte a été réalisée en 22 h 54 ...
Quoi de neuf en chirurgie de la cataracte ?
cataracte se fait sous anesthésie locale opératoire la précision réfractive
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FEMCAT. Impact Médico-Economique de la Chirurgie de la cATaracte au laser Femtoseconde. N° 4 - Février 2020. Vidéo chirurgie de la cataracte.
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consignes cataracte
Cependant l'opération de la cataracte n'échappe pas à la règle générale selon laquelle il n'existe pas de chirurgie sans risque. Avant votre intervention
CHIRURGIE DE LA CATARACTE
d'une aphaquie après une opération de la cataracte l'œil est dans une situation de Des vidéos décrivant ces techniques sont également disponibles (se ...
Votre opération de la cataracte
Qu'est ce que l'opération de la cataracte? Le cristallin est une lentille transparente naturelle qui se situe derrière l'iris. Elle focalise les rayons
THÈSE DE DOCTORAT DE
L"UNIVERSITÉ DE RENNES 1
ÉCOLEDOCTORALEN° 601
Mathématiques et Sciences et Technologies
de l"Information et de la CommunicationSpécialité : AST
ParGurvan LÉCUYER
Analyse automatique et assistance à l"annotation des proces- sus chirurgicaux basées Deep Learning Thèse présentée et soutenue à Rennes, le 30/01/2020Unité de recherche : UMR 1099 Inserm
Thèse N° :
Rapporteurs avant soutenance :
Sandrine Voros Chargée de recherche Inserm
Gwénolé Quellec Chargé de recherche UMR 1101 InsermComposition du Jury :
Président : Prénom Nom Fonction et établissement d"exercice(à préciser après la soutenance)
Examinateurs : Sandrine Voros CR 1 Inserm
Gwénolé Quellec CR 1 Inserm
Guillaume Morel Professeur Sorbonne Université
Silvana Perretta Professeur, CHU Strasbourg, Université de StrasbourgDir. de thèse : Pierre Jannin DR Inserm
Invité(s) :
Laurent Launay Chef de laboratoire IRT b<>com
REMERCIEMENTS3
TABLE DES MATIÈRES1 Introduction17
1.1 Environnement de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
1.2 La salle d"opération du futur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
1.2.1 Définition et enjeux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
1.2.2 Challenges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
1.2.3 Projets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
1.3 Analyse automatique de procédure chirurgicale . . . . . . . . . . . . . . 25
1.3.1 Définition et enjeux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
1.3.2 Signaux disponibles dans la salle d"opération pour l"analyse au-
tomatique des procédures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 281.3.3 Challenges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
1.4 Annotation de vidéos chirurgicales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
1.4.1 Définition et enjeux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
1.4.2 Challenges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
1.5 Contributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
2 De l"annotation des vidéos chirurgicales à la reconnaissance automatique
des processus chirurgicaux392.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
2.2 Outils d"annotation de vidéos chirurgicales . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
2.2.1 Méthode de recherche . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
2.2.2 Analyse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
2.3 Reconnaissance automatique des processus chirurgicaux . . . . . . . . 53
2.3.1 Méthode de recherche . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
2.3.2 Analyse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
2.4 Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
2.4.1 Outils d"annotation de vidéos chirurgicales . . . . . . . . . . . . 70
2.4.2 Reconnaissance automatique des processus chirurgicaux . . . . 72
2.5 Conclusion et positionnement de la thèse . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
5TABLE DES MATIÈRES
3 Présentation des données utilisées77
3.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
3.2 Caractérisation des bases de données de vidéos chirurgicales . . . . . 78
3.2.1 Paramètres techniques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
3.2.2 Paramètres d"annotation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
3.3 Cholécystectomie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
3.3.1 Description de la procédure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
3.3.2 Base de donnéesCholec80. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
3.4 Opération de la cataracte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
3.4.1 Description de la procédure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
3.4.2 Base de donnéesCATARACTS. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
3.5 Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100
3.5.1 Caractérisation des bases de données . . . . . . . . . . . . . . . 100
3.5.2Cholec80. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
3.5.3CATARACTS. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
3.6 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
4 Analyse des cas d"erreurs rencontrés dans la reconnaissance automa-
tique des processus chirurgicaux1074.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
4.2 Réseaux de neurones convolutifs pour la classifications . . . . . . . . . 110
4.2.1 Formalisation du problème . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
4.2.2 Composants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111
4.2.3 Architectures utilisées . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
4.2.4 Stratégie d"entrainement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
4.3 Catégorisation des erreurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
4.4 Expérimentations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118
4.4.1 Reconnaissance des phases de la cholécystectomie . . . . . . . 118
4.4.2 Reconnaissance des phases de l"opération de la cataracte . . . 120
4.4.3 Reconnaissance des étapes de la cataracte . . . . . . . . . . . . 120
4.4.4 Métriques d"évaluation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
4.5 Résultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
4.5.1 Reconnaissance des phases de la cholécystectomie . . . . . . . 123
4.5.2 Reconnaissance des phases de l"opération de la cataracte . . . 125
6TABLE DES MATIÈRES
4.5.3 Reconnaissance des étapes de la cataracte . . . . . . . . . . . . 128
4.6 Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132
4.6.1 Expérimentations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132
4.6.2 Catégorisation des erreurs et analyse . . . . . . . . . . . . . . . 134
4.6.3 Perspectives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
4.7 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
5 Identification automatique des erreurs de prédiction 139
5.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140
5.2 Approche naïve : seuil de durée minimum . . . . . . . . . . . . . . . . . 141
5.2.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141
5.2.2 Formalisation du problème . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
5.2.3 Méthode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
5.2.4 Expérimentations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
5.2.5 Résultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
5.2.6 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159
5.3 Approche analytique : indice de confiance . . . . . . . . . . . . . . . . . 160
5.3.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160
5.3.2 Formalisation du problème . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
5.3.3 Méthode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
5.3.4 Expérimentations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162
5.3.5 Résultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164
5.3.6 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171
5.4 Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172
5.4.1 Modèles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172
5.4.2 Expérimentations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174
5.4.3 Application et perspective . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177
5.5 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178
6 Annotation assistée et test utilisateur181
6.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181
6.2 Baseline : le logiciel [Annotate] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
6.3 Premier système d"assistance : approche naïve et phases de la cholé-
cystectomie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1856.3.1 Système d"assistance à l"annotation et interface utilisateur . . . . 185
76.3.2 Test utilisateur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186
6.3.3 Résultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190
6.3.4 Évaluation du questionnaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
6.3.5 Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
6.4 Deuxième système d"assistance : approche analytique et phases/étapes
de la cataracte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1956.4.1 Système d"assistance à l"annotation et interface utilisateur . . . . 195
6.4.2 Test utilisateur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 196
6.4.3 Résultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200
6.4.4 Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 206
6.5 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 207
7 Discussion générale209
7.1 Motivations et objectifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209
7.2 Résumé des contributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 211
7.2.1 Classification des cas d"erreur de prédiction . . . . . . . . . . . . 211
7.2.2 Détection automatique des erreurs de prédiction . . . . . . . . . 213
7.2.3 Annotation assistée et tests utilisateurs . . . . . . . . . . . . . . 214
7.3 Limitations et points d"amélioration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216
7.3.1 Données . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216
7.3.2 Méthodes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 217
7.3.3 Test utilisateurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219
7.4 Perspectives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 220
7.4.1 Étude de variabilité de l"annotation . . . . . . . . . . . . . . . . . 220
7.4.2 Optimisation des bases de données pour l"apprentissage . . . . 221
7.4.3 Apprentissage continu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221
7.4.4 Facilitation de l"entrainement des réseaux de neurones . . . . . 222
7.4.5 Annotation assistée des activités chirurgicales . . . . . . . . . . 223
7.4.6 Système d"assistance et détection des erreurs de prédiction . . 223
Conclusion225
Publication227
Bibliography229
TABLE DES FIGURES1.1 Architecture d"un système conscient de son environnement pour l"assis- tance à l"intervention. SOURCE : https ://medicis.univ-rennes1.fr/ activi- ties/theme1/projects/kbmrspm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191.2 Schéma de la mise en place de l"environnement virtuel et de la concep-
tion de scénario d"intervention pour l"entrainement du personnel médical SOURCE : https ://medicis.univ-rennes1.fr/activities/theme1/projects/s3pm 201.3 Vision de la salle d"opération du futur du projet CONDOR. SOURCE :
https ://b-com.com/fr/news/projet-condor-bcom-et-ses-partenaires-inventent- hopital-du-futur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 241.4 Première intervention au monde avec l"utilisation d"appareils connectés
en utilisant le standard DICOM-RTV. SOURCE : https ://b-com.com/fr/news/premiere- mondiale-realisee-par-bcom-et-le-chu-de-rennes . . . . . . . . . . . . . 251.5 Exemple de labélisation, image de la vidéo et son label associé . . . . . 32
1.6 Exemple de détection, image et le vecteur de présence des instruments.
Dans cet exemple, les instruments 1 et 2 sont marqués présents, les instruments 3 à 7 sont marqués comme absents . . . . . . . . . . . . . 321.7 Exemple de localisation avec annotation par rectangle, image est les
données de localisation associée . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 331.8 Exemple de segmentation partielle, seuls les outils sont segmentés dans
cette variante, les autres pixels sont labélisés comme étant une classe neutre . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 341.9 Exemple de description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
2.1 Processus de sélection des publications pour la revue de la littérature . 42
2.2 Décomposition de la revue des outils d"annotation de vidéos chirurgicales 44
2.3 Nombre d"outils d"annotation en fonction du type d"annotation . . . . . . 45
2.4 Processus de sélection des publications pour la revue de littérature sur
la modélisation et l"analyse des procédures chirurgicales . . . . . . . . 54 9TABLE DES FIGURES
2.5 Organisation de la revue de la littérature sur la reconnaissance des pro-
cessus chirurgicaux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 552.6 Nombre de publications par type de signal . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
2.7 Nombre de publications en fonction du nombre de données utilisées . . 58
2.8 Occurrences des différents acteurs observés dans la littérature . . . . . 59
2.9 Occurrences des différents formalismes observés dans la littérature . . 61
2.10 Nombre de phases en bleu, d"étapes en orange et d"activités en gris
traitées dans la littérature . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 622.11 Pourcentage des publications de la littérature par spécialité chirurgicale 67
2.12 Pourcentage des publications de la littérature par procédure chirurgicale 69
2.13 Pourcentage des publications de la littérature par type d"application . . 70
3.1 Décomposition des caractéristiques des bases de données . . . . . . . 79
3.2 Pourcentage de base de données par procédure . . . . . . . . . . . . . 80
3.3 Pourcentage de base de données par capteur . . . . . . . . . . . . . . . 81
3.4 Nombre de bases de données en fonction du nombre de données qui
les composent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 823.5 Information annotées dans les différentes bases de données trouvées
dans la littérature . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 833.6 Illustration d"une cholécystectomie. Source : http ://chirurgie-digestive-
sat.aphp.fr/chirurgie/cholecystectomie/ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 843.7 Les sept instruments chirurgicaux utilisés pour la procédure de la cho-
lécystectomie. De gauche à droite et de haut en bas : 1) la pince 2) le sac d"extraction 3) les ciseaux 4) la canule d"irrigation/aspiration 5) le crochet 6) la pince bipolaire 7) l"applicateur de clips . . . . . . . . . . . 873.8 Pourcentage d"images pour chaque phase annotée . . . . . . . . . . . . 88
3.9 Pourcentage d"image par combinaison d"instruments chirurgicaux . . . 89
3.10 Schéma d"une opération de la cataracte. Source : https ://ramsaygds.fr/vous-
etes-patient-en-savoir-plus-sur-ma-pathologie/operation-de-la-cataracte 903.11 Interface utilisateur du logiciel d"annotation [Annotate] . . . . . . . . . . 93
3.12 Pourcentage d"image de la base de données appartenant à chaque
phase de la cataracte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 973.13 Pourcentage d"image de la base de données pour chaque étape . . . . 98
3.14 Pourcentage d"image dans la base de données les combinaisons d"ins-
truments les plus fréquentes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99 10TABLE DES FIGURES
4.1 Représentation d"une couche de convolution en bleu et de son entrée en
rouge. Les neurones (cercle bleu) sont connectés à un champ récepteur, chaque couche de neurone applique un filtre différent et donnent en sortie une carte d"activation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112quotesdbs_dbs50.pdfusesText_50[PDF] cataracte secondaire causes
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