GENETIC NOMENCLATURE - Yale University
6 Chromosome rearrangements Chromosome rearrangements including deletions, duplications, and inversions should be indicated by a three letter symbol indicating the type of rearrangement, followed by the genes involved indicated in parenthesis, followed by the allele number Deletions = DEL(genes)allele number
8 Bioconductor Intro and Annotation
entrezgene hgnc_symbol 1 1440 CSF3 description 1 colony stimulating factor 3 (granulocyte) [Source:HGNC Symbol;Acc:2438] chromosome_name band strand start_position end_position ensembl_gene_id 1 17 q21 1 1 38171614 38174066 ENSG00000108342 > getGene(id=c("AGT","AGTR1"), type="hgnc_symbol", mart=hsap) hgnc_symbol hgnc_symbol 1 AGT AGT 2 AGTR1 AGTR1
Database mining with biomaRt
affy_hg_u133_plus_2 ensembl_gene_id hgnc_symbol chromosome_name 1 202431_s_at ENSG00000136997 MYC 8 2 211550_at ENSG00000146648 EGFR 7 3 206044_s_at ENSG00000157764 BRAF 7 start_position end_position band strand
Package ‘biomaRt’ - Bioconductor
getSequence(chromosome, start, end, id, type, seqType, upstream, downstream, mart, verbose = FALSE) Arguments chromosome Chromosome name start start position of sequence on chromosome end end position of sequence on chromosome id An identifier or vector of identifiers type The type of identifier used Supported types are hugo, ensembl, embl
Using Annotations in Bioconductor
Find the gene symbol, chromosome position and KEGG pathway ID for "1003 s at" Annotation exercise 1 solution > library(hgu95av2 db) > get("1003_s_at",hgu95av2SYMBOL)
Genome Annotation and Visualisation using R and Bioconductor
## ensembl_gene_id hgnc_symbol entrezgene chromosome_name start_position ## 1 ENSG00000260702 NA 16 1103280 ## 2 ENSG00000260532 NA 16 1111627
Vocabulaire Génétique - ivoiresvt
majuscule du caractère récessif est portée en exposant du chromosome X pour l’allèle dominant Le chromosome Y n’est jamais suivi de symbole (lettre) Exemple : si le croisement précédent était lié au sexe, on aurait eu pour symbole XB pour le gris et Xb pour le blanc 8) LOCUS (loci au pluriel) : emplacement du gène sur le chromosome
PAR LE CHROMOSOME X TRANSMISSION DE CARACTÈRES PORTÉS
chromosome 2 est récessif par rapport au caractère « ailes longues » et le caractère « yeux rouges » porté par le chromosome X est dominant par rapport au caractère « yeux blancs » On croise une femelle homozygote à ailes longues et yeux blancs avec un mâle à ailes vestigiales et yeux rouges
Electrical Symbols and Line Diagrams
2 Line Diagrams A line (ladder) diagram is a diagram that shows the logic of an electrical circuit or system using standard symbols A line diagram is used to show the
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