[PDF] Etude de la résistance au lysozyme chez Enterococcus faecalis

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Délivré par Université Paul-Valéry

Montpellier 3 - France

Arts, Lettres, Langues, Sciences Humaines et Sociales Préparée au sein de l'école doctorale ED60 Temps,

Territoires, Sociétés, Développement

Et de l'unité de recherche UMR GRED : Gouvernance,

Risque, Environnement, Développement

Spécialité : Géographie et aménagement de l'espace

Présentée par Meriem TRABELSI

Soutenue le 23 octobre 2017 devant le jury composé de M. Jean-Paul BORD, Professeur de géographie, Université Paul-Valéry

Montpellier 3

Directeur de

thèse Mme Thouraya SOUISSI, Professeur d'agronomie, INA de Tunisie Rapporteur M. Pascal MARTY, Professeur de géographie, Ecole Normale Supérieure de Lyon Rapporteur Mme Élisabeth MANDART, Professeur associé, HDR, CIHEAM-IAM Montpellier Examinateur Mme Sylvie MORARDET, Chercheur IRSTEA UMR G-eau Montpellier Examinateur M. Philippe LE GRUSSE, Enseignant-chercheur, Administrateur scientifique principal, CIHEAM-IAM Montpellier Examinateur

COMMENT MESURER LA PERFORMANCE

AGROECOLOGIQUE D'UNE EXPLOITATION

AGRICOLE POUR L'ACCOMPAGNER DANS SON

PROCESSUS DE TRANSITION ?

" L'Université n'entend donner aucune approbation ni improbation aux opinions émises dans cette thèse ; ces opinions doivent être considérées comme propres à leur auteur ».

Avant-propos

i

AVANT-PROPOS

Cette thèse de doctorat résulte de cinq ans de travail au sein du Laboratoire d'Accueil Méditerranéen

en Economie et Sciences Sociales " LAMES » à l'Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier

et de l'UMR GRED: Gouvernance, Risque, Environnement, Développement (Université Paul -Valéry

Montpellier 3/ IRD, Institut de Recherche pour le Développement). Elle a été dirigée, encadrée et

suivie par Jean-Paul BORD (Professeur des Universités en Géographie à l'Université Paul-Valéry

Montpellier 3), Philippe LE GRUSSE (Enseignant chercheur à l'Institut Agronomique Méditerranéen

de Montpellier) et Elisabeth MANDART (Professeur associé à l'Institut Agronomique Méditerranéen

de Montpellier). Elle a été financée par le projet CASDAR

1 " Post-MAET Gimone » et par l'Institut

Agronomique Méditerranéen de Montpellier.

Ce travail de recherche s'inscrit dans le cadre du projet CASDAR "Post-MAET Gimone», porté par la

coopérative Qualisol dans le Tarn-et-Garonne, dont l'objectif est de poursuivre le travail réalisé avec

plusieurs agriculteurs engagés dans une MAET (Mesure Agro-environnementale Territorialisée) "

réduction progressive de l'utilisation des produits phytosanitaires » depuis 2008 pour améliorer la

qualité de l'eau d'un bassin d'alimentation du captage classé "Grenelle" de Beaumont-de-Lomagne.

La diminution de l'usage des produits phytosanitaires reste le thème principal de ce projet.

L'allongement de la rotation et ses conséquences économiques ainsi que la gestion agroécologique

sont les thèmes poursuivis. La limitation du lessivage des nitrates et son impact sur les modifications

des techniques culturales seront ajoutés. Ce projet doit permettre à la coopérative Qualisol de valoriser

les productions issues d'une démarche agroécologique pour viser une performance économique

durable des systèmes de cultures économes en intrants. Ce projet comporte la mobilisation des

compétences extérieures afin d'apporter l'innovation dont l'enseignement agricole: Cité des Sciences

Vertes de Toulouse et Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier.

1 CAS DAR : Compte d'Affectation Spéciale " Développement Agricole et Rural »

Remerciements

ii

REMERCIEMENTS

Mes premiers remerciements s'adressent tout d'abord à mon directeur de thèse Monsieur Jean-Paul

BORD (professeur des universités en géographie à l'Université Paul-Valéry Montpellier 3), ainsi qu'à

mes deux encadrants Monsieur Philippe LE GRUSSE (enseignant chercheur à l'Institut Agronomique

Méditerranéen de Montpellier) et Madame Elisabeth MANDART (professeur associé à l'Institut

Agronomique Méditerranéen de Montpellier): Un grand merci à tous les trois de m'avoir donné la

chance de vivre cette expérience riche sur le plan scientifique et humain. Merci de m'avoir appris à

mener une réflexion scientifique, de m'avoir accordé votre attention et votre temps, de m'avoir fait

bénéficier de votre appui scientifique et académique précieux ainsi que de vos expériences et conseils,

de m'avoir soutenue jusqu'à la fin malgré les difficultés et de m'avoir encouragée pendant les

moments de doute tout le long de ce parcours.

Je remercie également les membres du jury qui ont accepté d'évaluer mon travail de thèse: M. Jean-

Paul BORD, M. Philippe Le GRUSSE, M. Pascal MARTY (professeur de géographie à l'Ecole

Normale Supérieure de Lyon), Mme Élisabeth MANDART, Mme Thouraya SOUISSI (professeur d'agronomie à l'Institut National Agronomique de Tunisie) et Mme Sylvie MORARDET (chercheur

IRSTEA à l'UMR G-eau Montpellier).

J'adresse aussi mes remerciements aux équipes du projet CASDAR "Post-MAET Gimone" et du

Laboratoire d'Accueil Méditerranéen en Economie et Sciences Sociales (LAMES) qui ont soutenu financièrement ce travail de recherche.

Mes remerciements les plus vifs vont également à toutes les personnes qui m'ont aidé à me procurer

les données, les documents et les logiciels nécessaires pour mener à bien ce travail de recherche:

Monsieur Jacques FABRE pour le développement du logiciel "EToPhy", la programmation du calcul

des Indicateurs de Risques de Toxicité sur l'Environnement (IRTE) et sur la Santé de l'Applicateur

(IRSA), et pour m'avoir fourni les données nécessaires au calcul de ces deux indicateurs.

Les étudiants de la promotion 2014-2015 du master GAT (Gestion Agricole et Territoires) de l'Institut

Agronomique Méditerranéen de Montpellier pour leur participation aux enquêtes de terrain auprès des

agriculteurs du groupe coopératif Qualisol.

Tous ceux que j'ai rencontrés durant cette étude: les agriculteurs, les techniciens et les ingénieurs du

groupe coopératif Qualisol, ainsi que tout le personnel de l'Institut Agronomique Méditerranéen de

Montpellier, notamment le service informatique et le centre de documentation, surtout Mme. Rafaèle

Sarrade, pour leur accueil et leur aide.

Je suis reconnaissante à tous mes collègues et mes ami(e)s pour leur aide, leur encouragement et leur

soutien scientifique et moral.

A titre personnel je souhaite remercier ma famille: mes parents, mon frère et mes deux soeurs pour leur

amour, pour avoir cru en moi et pour avoir été toujours là même en étant loin. Je dédie cette thèse à ma mère, la personne la plus chère à mes yeux.

Résumé

iii

RESUME

L'utilisation excessive de produits phytosanitaires permet de maximiser les performances économiques

et productives, mais en contrepartie, l'environnement ainsi que la santé humaine et animale peuvent être

fortement affectés du fait de leur toxicité. La réduction de l'utilisation de ces produits toxiques pour la

conservation de l'environnement et la préservation de la santé humaine et animale est aujourd'hui une

demande sociale. Il est devenu urgent d'investir dans des modèles plus durables permettant de diminuer

voire de supprimer les risques. Une solution peut être la transition vers des systèmes de production

agroécologique. Pour qu'ils soient durables, ces nouveaux systèmes doivent être performants sur les

échelles agronomique, économique, sociale, environnementale et sanitaire. Une multitude d'outils

d'évaluation de la durabilité des systèmes agricoles, basés sur un ensemble d'indicateurs, existe pour les

exploitations conventionnelles. En revanche, ces méthodes sont peu adaptées aux systèmes biologiques

et agroécologiques, et ne permettent pas de mesurer la performance de transition agroécologique des

exploitations agricoles. Ce travail de recherche interdisciplinaire, entre géographie et agronomie, a pour

ambition de contribuer à la réflexion sur la possibilité de concevoir un outil d'aide à la décision et

d'accompagnement du processus de transition agroécologique permettant d'évaluer la performance de

cette transition, de proposer des scénarios d'amélioration et de simuler ultérieurement les conséquences

de modifications possibles. Ce travail est basé sur l'utilisation conjointe et interactive de deux outils

interdisciplinaires: des indicateurs de pression et d'impact ainsi qu'un SIG (Système d'Information

Géographique) par lesquels sont exploitées les données issues de la recherche bibliographique et

d'enquêtes auprès des exploitants. L'outil développé est testé dans le cadre d'un projet CASDAR

(Compte d'Affectation Spéciale pour le Développement Agricole et Rural) "Mobilisation collective

pour l'agroécologie" en utilisant des données d'exploitations agricoles dont la plupart sont engagées

dans une mesure agro-environnementale de réduction progressive des traitements phytosanitaires depuis

2008. Ce nouvel outil a permis de positionner les performances agroécologiques de ces exploitations par

rapport à la situation optimale et de les comparer entre elles. Vu les objectifs de recherche et les

approches traitées, cette présente étude constitue une étape originale pour la mise en place de stratégies

de gestion agricole en faveur de l'agroécologie.

Mots-clés: produits phytosanitaires, risques, transition agroécologique, performance, durabilité,

évaluation, outil d'aide à la décision, indicateurs, environnement, santé, SIG.

Abstract

iv

ABSTRACT

The excessive use of plant protection products enables farmers to maximise economic performance

and yields, but in return, their toxicity can significantly affect the environment as well as human and

animal health. There are currently strong calls for farmers to reduce the use of these toxic products for

the preservation of the environment and of human and animal health, and it has become urgent to

invest in more sustainable models that help reduce or even exclude these risks. Transition toward agro-

ecological production systems could be a solution. To be sustainable, these new systems must be efficient agronomically, economically, socially, environmentally and in terms of health. There are

many tools available, based on a range of indicators, for assessing the sustainability of agricultural

systems on conventional farms. These methods poorly adapted to the organic and agro-ecological systems, and do not make it possible to measure the performance of agro-ecological transition of farms. This interdisciplinary research work between geography and agronomy aims to contribute to

the reflection on the possibility of designing a decision-support tool for the process of agro-ecological

transition allowing the assessment of this transition performance, to propose scenarios for

improvement and to simulate later the consequences of possible modifications. This work is based on

the joint and interactive use of two interdisciplinary tools: pressure and impact indicators, and GIS

(Geographical Information Systems). These tools enabled us to exploit the data gathered from the

bibliographic research and the surveys with the farmers. The developed tool is tested in the framework

of a CASDAR (Special Assignment Account for Agricultural and Rural Development) project "Collective mobilization for agroecology" using data from farms, most of which have been engaged in agro-environmental process and in reducing plant protection treatments since 2008. This new tool

helped position the agro-ecological performances of these farms in relation to the optimal situation and

also compare them. Given the research objectives and approaches discussed, this study constitutes an

original step for the establishment of strategies for the agricultural management in favour of

agroecology.

Keywords: plant protection products, risks, agro-ecological transition, performance, sustainability,

assessment, decision-support tool, indicators, environment, health, GIS.

Table des matières

TABLE DES MATIERES

LISTE DES ABREVIATIONS ________________________________________________ I LISTE DES FIGURES _____________________________________________________ IV LISTE DES TABLEAUX ____________________________________________________ VII INTRODUCTION GENERALE _______________________________________________ 1 PREMIERE PARTIE: TRANSITION AGROECOLOGIQUE, MODELISATION ET AIDE A LA DECISION __________________________________________________________ 13 INTRODUCTION DE LA PREMIERE PARTIE ________________________________ 14 CHAPITRE I : TRANSITION AGROECOLOGIQUE ______________________________ 15

1.1. Le changement du paradigme agricole __________________________________________________ 15

1.2. Historique et évolution du concept agroécologique ________________________________________ 20

1.3. Définitions de l'agroécologie _________________________________________________________ 23

1.4. Objectifs, principes et caractéristiques de l'agroécologie ___________________________________ 26

1.4.1. Objectifs de l'agroécologie _______________________________________________________ 26

1.4.2. Principes et caractéristiques de l'agroécologie ________________________________________ 29

1.5. Les obstacles de la transition agroécologique _____________________________________________ 31

Conclusion du chapitre I ________________________________________________________ 34 CHAPITRE II : PRATIQUES ET INNOVATIONS AGROECOLOGIQUES ___________ 35

2.1. Exemples de techniques agroécologiques ________________________________________________ 35

2.2. L'agroécologie entre l'adoption et l'innovation ___________________________________________ 42

2.3. Développement de l'agroécologie ______________________________________________________ 46

2.4. Outils politiques et organisations internationales en faveur de l'agroécologie ___________________ 48

Conclusion du chapitre II _______________________________________________________ 51 CHAPITRE III : ROLES DE LA GEOGRAPHIE ET DE LA MODELISATION DANS L'ETUDE DES PROBLEMATIQUES LIEES A L'ACTIVITE AGRICOLE ET DANS L'AIDE A LA DECISION ______________________________________________________ 52

3.1. Le Paysage : un outil de conception de l'espace agricole ___________________________________ 52

3.2. La géoagronomie: modélisation spatiale de la transformation du paysage ______________________ 54

3.3. Evolution de l'échelle d'analyse : de la parcelle au territoire ________________________________ 54

3.4. Aide à la décision dans l'entreprise ____________________________________________________ 58

3.5. Comportement des agriculteurs dans la prise de décisions __________________________________ 59

3.6. Aide à la décision par modélisation ____________________________________________________ 60

3.6.1. Utilisation des Systèmes d'Information Géographique _________________________________ 61

3.6.2. La simulation pour l'aide à la décision ______________________________________________ 63

3.6.3. La cartographie pour l'aide à la décision ____________________________________________ 63

3.6.4. Utilisation des cartes ____________________________________________________________ 64

Conclusion du chapitre III ______________________________________________________ 66 CONCLUSION DE LA PREMIERE PARTIE ___________________________________ 67

Table des matières

DEUXIEME PARTIE : CONCEPTION D'UN OUTIL D'AIDE A LA DECISION ET D'ACCOMPAGNEMENT POUR LE DIAGNOSTIC ET L'EVALUATION DU PROCESSUS DE TRANSITION AGROECOLOGIQUE __________________________ 69 INTRODUCTION DE LA DEUXIEME PARTIE ________________________________ 70 CHAPITRE IV : DURABILITE, DEVELOPPEMENT ET AGRICULTURE DURABLES 71

4.1. Développement durable ______________________________________________________________ 71

4.1.1. Origine et évolution _____________________________________________________________ 71

4.1.2. Dimensions ____________________________________________________________________ 72

4.2. Durabilité : élément fondamental du développement durable ________________________________ 74

4.2.1. Stocks de capital ________________________________________________________________ 75

4.2.2. L'efficience ___________________________________________________________________ 77

4.2.3. L'équité ______________________________________________________________________ 77

4.3. Agroécologie : modèle d'agriculture durable _____________________________________________ 78

4.4. Les composantes de la durabilité à l'échelle de l'exploitation agricole _________________________ 82

4.4.1. Viabilité de l'exploitation agricole _________________________________________________ 82

4.4.2. Vivabilité de l'exploitation agricole ________________________________________________ 82

4.4.3. Transmissibilité de l'exploitation agricole ___________________________________________ 83

4.4.4. Reproductibilité de l'exploitation agricole ___________________________________________ 83

Conclusion du chapitre IV ______________________________________________________ 85 CHAPITRE V : EVALUATION DE LA DURABILITE DES EXPLOITATIONS AGRICOLES & OBJECTIFS ET ORIGINALITE DE LA RECHERCHE ______________ 86

5.1. Evaluation de la durabilité des exploitations agricoles______________________________________ 86

5.1.1. Méthodes d'évaluation de la durabilité des exploitations agricoles ________________________ 87

5.1.2. Exemples des méthodes d'évaluation de la durabilité __________________________________ 88

5.1.2.1. Méthode IDEA : Indicateurs de Durabilité des Exploitations Agricoles _______________ 89

5.1.2.2. Méthode RAD de Réseau Agriculture Durable ___________________________________ 91

5.1.2.3. Méthode DIALECTE: DIAgnostic Liant Environnement et Contrat Territoriaux

d'Exploitation ____________________________________________________________________ 92

5.1.3. Caractéristiques des méthodes d'évaluation de la durabilité _____________________________ 93

5.2. Evaluation de la durabilité des exploitations agricoles en transition agroécologique ______________ 96

Conclusion du chapitre V ______________________________________________________ 101 CHAPITRE VI : DESCRIPTION DE L'OUTIL DE DIAGNOSTIC ET D'EVALUATION DE LA TRANSITION AGROECOLOGIQUE _______________________________________ 102

6.1. Conception du modèle conceptuel ____________________________________________________ 102

6.1.1. Matrice objectifs & techniques agricoles ___________________________________________ 103

6.1.2. Matrice techniques agricoles & moyens et caractéristiques de leur mise en oeuvre __________ 104

6.1.3. Matrice techniques agricoles & impacts ____________________________________________ 104

6.2. Mesure de la performance de transition agroécologique ___________________________________ 107

6.2.1. Identification des indicateurs et établissement de leurs équations ________________________ 109

6.2.2. Calcul des indicateurs __________________________________________________________ 116

6.2.2.1. Performance aux niveaux "Exploitation" et "Parcelle" __________________________ 116

6.2.2.2. Performance globale _______________________________________________________ 118

6.3. Acquisition et traitement des données__________________________________________________ 120

Conclusion du chapitre VI _____________________________________________________ 121 CONCLUSION DE LA DEUXIEME PARTIE _________________________________ 122

Table des matières

TROISIEME PARTIE : RESULTATS, ANALYSES ET DISCUSSIONS ____________ 123 INTRODUCTION DE LA TROISIEME PARTIE _______________________________ 124 CHAPITRE VII : CARACTERISATION DE LA ZONE D'ETUDE __________________ 125

7.1. Localisation et problématiques de la zone d'étude ________________________________________ 125

7.2. Description des exploitations agricoles enquêtées ________________________________________ 128

7.2.1. Caractéristiques générales _______________________________________________________ 128

7.2.2. Caractéristiques des parcelles culturales ____________________________________________ 130

7.2.2.1. Localisation géographique __________________________________________________ 131

7.2.2.2. Types de sols ______________________________________________________________ 132

7.2.2.3. Irrigation ________________________________________________________________ 133

7.2.2.4. Pente ____________________________________________________________________ 137

7.2.2.5. Indicateur de Fréquence de Traitements phytosanitaires (IFT) & Indicateurs de risque de

toxicité (IRSA et IRTE) ___________________________________________________________ 137

7.3. Motivations des exploitants __________________________________________________________ 141

Conclusion du chapitre VII ____________________________________________________ 142 CHAPITRE VIII : RESULTATS DE L'OUTIL DE DIAGNOSTIC ET D'EVALUATION DE LA TRANSITION AGROECOLOGIQUE _______________________________________ 144

8.1. Résultats aux échelles agro-environnementale et sociale ___________________________________ 144

8.1.1. Résultats au niveau "Exploitation" ________________________________________________ 145

8.1.2. Résultats au niveau "Parcelle" ____________________________________________________ 149

8.1.2.1. Résultats en fonction des exploitations agricoles ________________________________ 149

8.1.2.2. Résultats en fonction des cultures ____________________________________________ 156

8.1.3. Résultats au niveau "Global" _____________________________________________________ 160

8.2. Résultats à l'échelle économique _____________________________________________________ 168

Conclusion du chapitre VIII ____________________________________________________ 169quotesdbs_dbs22.pdfusesText_28

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