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1

N°d'ordre NNT : 2016 LYSE1214

THESE de DOCTORAT DE L'UNIVERSITE DE LYON

opérée au sein de l'Université Claude Bernard Lyon 1

Ecole Doctorale N° 160

(Électronique, Électrotechnique, Automatique - EEA)

Spécialité de doctorat : Physique

Discipline : (Micro et Nanotechnologie)

Soutenue publiquement le 04/11/2016, par :

Xichen YUAN

Devant le jury composé de :

2

UNIVERSITE CLAUDE BERNARD - LYON 1

Président du Conseil Académique

M. le Professeur Frédéric FLEURY

COMPOSANTES SANTE

Claude Bernard

Charles

COMPOSANTES ET DEPARTEMENTS DE SCIENCES ET TECHNOLOGIE 3

électrocinétiques observés en micro/nanofluidique. Elles sont donc la colonne vertébrale de mon

manuscrit de thèse, qui se décompose en trois parties : Dans la première partie, un rappel des concepts de base sur les interfaces liquides/solides est t de

exploitant les charges aux interfaces pour la préconcentration de molécules biologiques dans des systèmes

Micro-Nano-Micro (MNM) fluidiques.

Ensuite, une deuxième partie est consacrée à la mesure du potentiel zêta par la méthode des

à ma thèse, ainsi que le développement de nouveaux protocoles de préparation des surfaces permettant de

rationaliser et de stabiliser les mesures. Une application à un détecteur original de molécules biologiques

clôt cette deuxième partie. ion de molécules biologiques.

Une méthode originale de fabrication des dispositifs MNM et les résultats de préconcentration obtenus,

très encourageants, sont décrits. Des premiers modèles numériques et phénoménologiques sont proposés,

qui mettent en avant

MOTS-CLES

Microfluidique, nanofluidique, laboratoire sur puce, interface solide/liquide, potentiel zêta, préconcentration.

LABORATOIRE ET ADRESSE

Institut des Nanotechnologie de Lyon, UMR 5270 CNRS-UCBL, Batiment Leon Brillouin, 43 Bd du 11 novembre 1918, Villeurbanne cedex France 4 5 The charges at liquid/solid interfaces are a key element for both understanding and exploiting the

electrokinetic phenomena in micro/nanofluidics. The manuscript of my Ph.D thesis is dedicated to these

phenomena, which is divided into three main parts: Above all, a simple overview of charges at the liquid/solid interface is proposed. Then, several

common methods for measuring the zeta potential at the liquid/solid interface are described. Next, various

effective methods to preconcentrate the biological molecules is presented with the help of the surface

charges. Secondly, the streaming current, which is a standard method to measure the zeta potential in our

laboratory, is detailed. It contains the upgrade of the experimental setup from the previous version and

the development of new protocols, which improve dramatically the stabilization and the reproducibility

of the measurements. In addition, an original biological sensor is briefly presented based on these advancements. Lastly, in the final part, we describe a method which is primitively utilised in the fabrication of Micro-Nano-Micro fluidic system. Based on this system, some favourable preconcentration results is obtained. Moreover, numerical simulations are presented to prove the originality of our work.

KEYWORDS

Microfluidics, nanofluidics, lab-on-a-chip, solid/liquid interface, zeta potential, préconcentration.

6 7

ARTICLES

Yuan, X.; Renaud, L.; Audry, M.-C.; Kleimann, P. Préconcentration Using Xurography-Based Micro-Nano- Anal. Chem. 2015, 87, 86958701.

Linnros. -free approach for real-

Biosens. Bioelectron. 2016, 82, 5563.

CONFERENCES

Yuan, X.; Audry, M.-C.; Renaud, L.; Kleimann, P. Electrokinetic Protein Préconcentration Using a

Simple and Rapid Prototyping Glass/Tape Based Micro-Nano-Micro fluidic devices 17ème édition des

2014. (Poster)

Yuan, X.; Audry, M.-C.; Renaud, L.; Kleimann, P. Electrokinetic Protein Préconcentration Using a Simple and Rapid Prototyping Glass/Tape Based Micro-Nano-Micro Fluidic Device journées nationales

2014. (Oral)

Yuan, X.; Audry, M.-C.; Renaud, L.; Kleimann, P. Electrokinetic Protein Préconcentration Using a Simple and Rapid Prototyping Glass/Tape Based Micro-Nano-Micro fluidic devices8th NAMIS

2014. (Poster)

Yuan, X.; Afrasiabi, R.; Bjork, P.; Karlstrom, A.-E.; Kleimann, P.;

Linnros, J.

arrays for bio-MRS Fall Meeting & Exhibit, Boston, Massachusetts, 2015. (Oral) 8 9

De gauche à droite :

Pascal Kleimann, Louis Renaud, Xichen Yuan et Marie-Charlotte Audry-Deschamps. En tout premier lieu, je remercie le ministère Français études en France, ainsi que pour le financement de ma bourse de thèse, sans lequel ces travau pas pu être menés.

Ce travail de thèse a débuté au sein de l'Institut des Nanotechnologies de Lyon (INL) sous la

direction de Mme. Catherine Bru-Chevallier. Je la remercie i dans son laboratoire.

Pascal Kleimann (directeur de

thèse), M. Louis Renaud (co-directeur de thèse) et Mme. Marie-Charlotte Audry-Deschamps (co-

directrice de thèse), pour leur disponibilité, leurs conseils avisés et les nombreuses heures de travail et de

10

correction de ce manuscrit. Mes remerciements vont aussi aux membres du jury, à commencer par Mme.

Nicole Jaffrezic, qui a eu la gentillux rapporteurs, Mme.

Corinne Dejous et M. Jean Gamby, pour leur précieux temps passé à lire et à juger ce manuscrit. Enfin

un grand merci aux examinateurs, Mme Anne-Marie Haghiri-Gosnet et M. Luc Denoroy présents. ont travaillé à un moment ou à un autre avec moi, à savoir Agnès Piednoir (LIM), Jia Liu (INL-INSA) et Apurba Dev (KTH). Un merci particulier à tous les membres du laboratoire avec, entre autres, Rosaria Ferrigno, pour son soutien et son aide, a

Philippe, Laurent, Guoneng, Anne-Laure, Jean-François, Yasmina, Vincent et Michel. Je souhaite enfin

bonne chance et beaucoup de courage à la relève du laboratoire, Amine, Pierrick,

Une pensée auses sorties/voyages.

ma mère, mon père, ma femme, mes grands- parents pour leurs encouragements, pour s pas 11

Acronymes et abréviations

12 13 14

Principales notations

3 (mol/m 3 i considérée (i [1,n]) 15 t u ion i (1)

İ molaire (M

-1 m -1

İ (1)

16 ࢥ(x) 17

Résumé en français ..................................................................................................................................... 3

Résumé en anglais ...................................................................................................................................... 5

Liste des communications........................................................................................................................... 7

Remerciements ........................................................................................................................................... 9

Glossaire ................................................................................................................................................... 11

Table des matières .................................................................................................................................... 17

Introduction générale ................................................................................................................................ 23

Partie 1 : .................................................................................................................................................... 25

................. 25

1 ....................................................................... 29

1.1 .................................................................................... 29

1.1.1 Définitions et concepts généraux .................................................................................... 29

1.1.2 Modèle de la couche diffuse ........................................................................................... 31

1.2 Intérêt de la charge de surface en micro/nanofluidique ......................................................... 34

1.3 Méthodes de mesure de la charge de surface ......................................................................... 36

1.3.1 ................................................................................................... 36

1.3.2 .............................................................. 38

1.3.3 AFM à sonde colloïdale .................................................................................................. 39

2 La préconcentration : un défi pour les laboratoires sur puce ........................................................ 41

2.1 Le laboratoire sur puce : définition et fonctionnalités ............................................................ 42

2.1.1 Intérêts des laboratoires sur puce .................................................................................... 42

2.1.2 ............................................... 43

2.2 Les différentes méthodes de préconcentration ....................................................................... 48

2.2.1 " Field-amplified sample stacking » ............................................................................... 49

18 2.2.2

" Temperature gradient focusing » ................................................................................. 49

2.2.3 " Isoelectric focusing » ................................................................................................... 50

2.2.4 Préconcentration à partir de membranes ......................................................................... 51

2.3 Focus sur la préconcentration par " Ion Concentration Polarisation » (ICP) ......................... 52

2.3.1 Principe de fonctionnement ............................................................................................ 53

2.3.2 ......................... 55

3 Conclusion .................................................................................................................................... 65

Partie 2 : .................................................................................................................................................... 67

.................................................... 67

1 Historique, introduction et objectifs ............................................................................................. 71

2 ..... 77

2.1 Description du banc expérimental initial................................................................................ 77

2.2 Limitations du banc expérimental initial et améliorations apportées ..................................... 79

2.2.1 Prise en compte des variations de température ............................................................... 80

2.2.2 ...................................................................................... 81

2.3 Protocole expérimental ........................................................................................................... 84

2.3.1 ........................................................ 84

2.3.2 Matériels et méthodes ..................................................................................................... 85

3 Etudes des interfaces SiO2/KCl et SiO2/NaCl .............................................................................. 89

3.1 Effet de la concentration sur le potentiel zêta ........................................................................ 89

3.1.1 Résultats expérimentaux ................................................................................................. 89

3.1.2 ................................................. 92

3.2 Amélioration du protocole expérimental : vers une interface stable ...................................... 92

3.2.1 ................................................... 93

3.2.2 ................................................. 94

3.3 Interprétation " physico-chimique » des résultats obtenus .................................................... 96

3.3.1 Diminution du potentiel zêta dans les capillaires sans prétraitement ............................. 96

19 3.3.2 Augmentation de la valeur absolue de potentiel zêta après le prétraitement KOH/NaOH 96

3.4 Perspectives : propositions de manipulations complémentaires ............................................ 98

4 ............................................. 101

5 Conclusion .................................................................................................................................. 105

Partie 3 : .................................................................................................................................................. 107

............................ 107

1 Introduction et objectifs .............................................................................................................. 111

2 La Xurography : une technologie originale pour la fabrication de dispositifs MNM ................ 115

2.1 La Xurography ..................................................................................................................... 116

2.2 Avantages et inconvénients de la Xurography ..................................................................... 118

2.3 Protocoles de fabrication détaillés suivant le type de membrane ......................................... 120

2.3.1 Les membranes de type " éponge » : dispositifs MNM 2D (ou " planaires ») ............. 120

2.3.2 Les membranes de type " colonnaires » : dispositifs MNM 3D ................................... 123

3 Banc expérimental et quantification de la préconcentration ....................................................... 127

3.1 Description du banc expérimental ........................................................................................ 127

3.2 Protocole de préconcentration .............................................................................................. 129

3.3 Quantification par fluorescence de la préconcentration ....................................................... 132

3.3.1 Rappel théorique ........................................................................................................... 133

3.3.2 Dispositifs de calibration .............................................................................................. 135

3.3.3 Courbes de calibration .................................................................................................. 137

3.3.4 Effet du pH .................................................................................................................... 139

3.3.5 Exemple de calcul du taux de préconcentration............................................................ 140

3.3.6 .................. 142

4 Systèmes MNM à membrane Nafion ......................................................................................... 145

4.1 ............................................. 145

4.2 .............................................................................. 149

5 Autres types de membranes ........................................................................................................ 153

20 5.1

Membrane de polycarbonate ................................................................................................ 153

5.2 ne ........................................................................................................... 154

5.3 ............................................................................................................ 155

5.4 Réseau de nanofentes en verre ............................................................................................. 157

5.5 Puce de préconcentration à bulle .......................................................................................... 160

5.6 Récapitulatif des différents préconcentrateurs MNM réalisés ............................................. 162

6 Modélisation et description phénoménologique de la préconcentration dans le mode symétrique

163

6.1 Considérations théoriques - problématiques ........................................................................ 164

6.1.1 Position du problème .................................................................................................... 165

6.1.2 Problématiques au niveau de la membrane de Nafion .................................................. 168

6.1.3 Problématiques au niveau de la zone déplétée .............................................................. 168

6.2 ...................... 170

6.2.1 Comportements électriques et hydrodynamiques de la membrane de Nafion .............. 170

6.2.2 Etude du transport ionique restreint au microcanal anodique ....................................... 175

6.2.3 Problématique des conditions aux limites proches de la membrane ............................. 176

6.2.4 Influence du FPDF sur la dimension de la zone déplétée ............................................. 177

6.3 -préconcentration en mode symétrique ........... 179

6.3.1 ............................................................................................ 180

6.3.2 Vers un modèle 2D simplifié ........................................................................................ 180

6.3.3 Résultats de la simulation ............................................................................................. 181

6.4 Conclusion ............................................................................................................................ 185

7 Conclusion .................................................................................................................................. 187

8 Référence .................................................................................................................................... 189

Conclusion générale et perspectives ....................................................................................................... 197

Annexe .................................................................................................................................................... 199

A. Le modèle " site binding ».......................................................................................................... 199

B. Calcul de pH dans la zone de préconcentration .......................................................................... 203

21
C.

Calcul de la résistance électrique et de la résistance hydrodynamique du préconcentrateur MNM

........................................................................................................... 207

D. Détail de modèle 1D sans considérer/en considérant le FPDF dans la partie microcanal anodique

213

D.1 Introduction .......................................................................................................................... 213

D.1.1 Géométrie ...................................................................................................................... 213

D.1.2 Les paramètres .............................................................................................................. 214

D.2 Modèle physique : Transport of Diluted Species ................................................................. 215

D.2.1 Propriétés de transport (sans FPDF) ............................................................................. 215

D.2.2 Propriétés de transport (avec FPDF) ............................................................................. 216

D.2.3 Valeurs initiales ............................................................................................................ 216

D.2.4 Concentration (côté du réservoir) ................................................................................. 217

D.2.5 Concentration (côté de la membrane) ........................................................................... 217

D.3 Modèle physique : Poisson's Equation ................................................................................. 218

D.3.1 ................................................................................................... 218

D.3.2 Valeurs initiales ............................................................................................................ 219

D.3.3 Dirichlet Boundary Condition (côté du réservoir) ........................................................ 219

D.3.4 Dirichlet Boundary Condition (côté de la membrane) .................................................. 220

D.4 Couplage ............................................................................................................................... 220

D.5 Résultats ............................................................................................................................... 220

E. Détail du modèle 2D sans considérer ou en considérant le FPDF dans la partie microcanal

anodique .............................................................................................................................................. 221

E.1 Introduction .......................................................................................................................... 221

E.1.1 Géométrie ...................................................................................................................... 221

E.1.2 Les paramètres .............................................................................................................. 222

E.1.3 Définitions des trois parties du microcanal anodique ................................................... 222

E.2 Modèle physique : Electric Currents .................................................................................... 224

E.2.1 Isolation électrique ........................................................................................................ 225

22
E.2.2

Valeur initiale ................................................................................................................ 225

E.2.3 Le potentiel électrique (côté de la membrane) .............................................................. 226

E.2.4 Le potentiel électrique (côté du réservoir) .................................................................... 226

E.3 Modèle physique : Le flux laminaire ................................................................................... 227

E.3.1 Les propriétés du fluide ................................................................................................ 227

E.3.2 Valeur initiale ................................................................................................................ 228

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