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Quel est le rôle de la bactériologie médicale ?
La bactériologie médicale est une branche de la biologie médicale qui consiste en l'analyse de divers liquides biologiques (parfois de tissus) dans le but d'isoler et/ou de caractériser une ou des bactéries pouvant être responsables de la pathologie suspectée à l'aide de techniques directes ou indirectes.Quels sont les différents types de bactéries ?
Les bactéries peuvent être regroupées en trois principaux ensembles en fonction de leur forme. Il s'agit notamment des bactéries sphériques (les coques ou cocci), en forme de bâtonnets (les bacilles), et spiralées ou autres. Les bactéries sphériques sont appelées « coques » (ou cocci).Quels sont les examens pratiqués en bactériologie ?
examen bactériologique des urines ou ECBU. examen bactériologique des selles (voir coproculture) examen bactériologique des sécrétions cervico-vaginales chez la femme. examen bactériologique du sperme chez l'homme.- Nom commun. (Biologie) Science qui a pour objet l'étude des bactéries.
Université catholique de Louvain - Microbiologie médicale - cours-2020-wmds1313UCL - cours-{ANAC}-wmds1313 - page 1/6wmds1313
2020Microbiologie médicale
En raison de la crise du COVID-19, les informations ci-dessous sont susceptibles d'être modifiées, notamment celles qui
concernent le mode d'enseignement (en présentiel, en distanciel ou sous un format comodal ou hybride).
5 crédits45.0 h + 10.0 hQ1EnseignantsKabamba-Mukadi Benoît ;Rodriguez-Villalobos Hector (coordinateur(trice)) ;Verroken Alexia ;Langue
d'enseignement FrançaisLieu du coursBruxelles WoluwePréalablesPartie bactériologieLes notions de base de biochimie et physiologie ainsi que de microbiologie générale (WFAR1282T)
Partie Virologie
Principe de la biologie, de la génétique et de la micro-biologie fondamentaleLe(s) prérequis de cette Unité d'enseignement (UE) sont précisés à la fin de cette fiche, en regard des programmes/formations
qui proposent cette UE.Thèmes abordésL'enseignement comporte deux parties, l'une aborde les aspects généraux de la microbiologie et l'autre
l'approche systématique. La virologie est traitée séparément des autres branches de la microbiologie. Dans
la partie générale bactérienne, la relation hôte-bactérie à l'échelle des populations et des individus, à l'échelle
cellulaire et moléculaire est traitée ainsi que le rapport avec le système immunitaire, la variation antigénique
et la conception des vaccins. Dans la partie spécifique, les sujets suivants sont abordés: microorganismes
responsables d'infections généralisées, d'infections du tractus digestif, d'infections de l'arbre urinaire, de maladies
sexuellement transmissibles, d'infections de la sphère respiratoire et ORL, de méningites et d'infections cutanées.
L'épidémiologie hospitalière, les complications non infectieuses d'infections et les principales parasitoses sont
également décrites.
Dans la partie générale virale, quelques aspects de virologie fondamentale sont abordés, nécessaires à la
compréhension du reste du cours, ainsi que les différents aspects du diagnostic, du traitement et de la vaccination
antivirale. Dans la partie concernant la virologie médicale spécifique, les virus individuels sont abordés. La priorité
est donnée aux virus fréquents présentant une morbidité substantielle dans notre population tels les virus des
hépatites, le virus du SIDA ou les virus herpès. Cette liste n'est pas exhaustive. Les travaux pratiques permettent
à l'étudiant de réaliser quelques techniques élémentaires de microbiologie : examen microscopique, cultures de
bactéries, identification de germes, antibiogramme, examen sérologique'Acquis
d'apprentissage 1 Au terme de mon cours, l'étudiant de médecine BAC3 sera capable dePartie Bactériologie
- Nommer les principales espèces microbiennes pathogènes rencontrées chez l'homme et associer celles-
ci aux syndromes infectieux observés en médecine humaine.- Expliquer par un exemple le processus d'adhésion d'une bactérie à une cellule humaine, le processus
d'invasion d'un tissu, le mode de production et d'action d'une exotoxine bactérienne et le principe de
pathogénicité d'une endotoxine.- Expliquer par un exemple le principe d'un vaccin conjugué et démontrer son impact sur la population
- Décrire par deux ou trois exemples les mécanismes (génétique et physiologique) d'acquisition de
résistance à un antibiotique par une bactérie et expliciter l'impact de l'administration d'antibiotique aux
humains sur l'émergence des bactéries résistantes.- Expliquer les paramètres liés tant aux mécanismes de virulence bactérien qu'aux moyens de défense
de l'individu et qu'aux facteurs environnementaux impliqués dans la relation hôte-parasite- Identifier les paramètres qui conditionnent les risques infectieux liés aux soins hospitaliers et de mettre
en pratique les mesures principales de prévention de ces infections. - Expliciter pour chacun des grands syndromes infectieux rencontrés chez l'être humain:- infections respiratoires supérieures (pharyngite, sinusite, otite, epiglottite, carie et abcès dentaires)
- infections respiratoires basses (pneumonie) - infections urinaires - infections du système nerveux central (méningite, abcès) - infections digestives - infections cutanées - infections génitales - infections transmises par les animaux les paramètres:Université catholique de Louvain - Microbiologie médicale - cours-2020-wmds1313UCL - cours-{ANAC}-wmds1313 - page 2/6- liés à l'hôte
- liés aux microorganismes bactériens, mycotiques ou parasitaires (pathogénicité, épidémiologie,
sensibilité) - liés à l'environnement qui conditionnent la fréquence et le degré de gravitéPartie virologie
- Expliquer la conséquence pratique d'éléments fondamentaux de la virologie tels que la présence
d'une enveloppe ou l'existence d'une quasi-espèce- Choisir les tests de laboratoire appropriés dans différentes situations cliniques telles que la recherche
d'une immunité, la détection d'une réactivation virale ou le diagnostic d'une infection aiguë
- Expliquer l'implication pratique des différents types de vaccins viraux- Décrire les différentes formes de transmission des virus et en expliquer les conséquences sur
leur épidémiologie - Expliquer dans les grandes lignes, le mécanisme d'action des différents antiviraux - Énumérer les indications des différents antiviraux - Indiquer le principe du mécanisme d'action des antiviraux - Décrire pour chaque virus étudié les manifestations cliniques principales - Indiquer les méthodes diagnostiques adaptées pour chaque infection virales et dans chaque circonstance pratique, tels que la grossesse ou l'immunosuppression - Choisir l'échantillon approprié pour différentes circonstances diagnostiquesAcquis d'apprentissage transversaux :
Au terme de mon cours, l'étudiant de médecine BAC3 sera capable dePartie bactériologie
- D'appliquer dans chaque geste de sa vie professionnelle les mesures élémentaires de prévention
de la transmission des infections en en comprenant bien le fondement.- D'appliquer à chacun de ses futurs patients les règles optimales de prévention des infections
(hygiène, vaccination,...) en leur explicitant clairement et de façon documentée les arguments probants.
Partie virologie
- D'interpréter le résultat d'un test en fonction des valeurs prédictives positive et négatives attendues
La contribution de cette UE au développement et à la maîtrise des compétences et acquis du (des) programme(s) est accessible
à la fin de cette fiche, dans la partie " Programmes/formations proposant cette unité d'enseignement (UE) ».
Modes d'évaluation
des acquis desétudiants
En raison de la crise du COVID-19, les informations de cette rubrique sont particulièrement susceptibles d'être modifiées.
Les acquis de l'étudiant seront démontrés par un examen avec des questions : QCM, questions ouvertes à réponse
courte et questions vraie/faux.Règles de répartition de points à l'examen : la partie de bactériologie (bactériologie, mycologie, parasitologie)
représente 13 points, la partie de virologie 7 pointsLa matière est considérée comme acquise avec 10 point/20 (50%) mais un minimum de 40% dans la partie de
bactériologie et dans la partie de virologie est requis.Ces règles tiennent compte du quota d'heures données pour chaque branche et permettent d'éviter un boycott
d'une partie du cours. Quiz repris sur le site pour évaluation personnelle.Le type d'évaluation choisi lors de la 1ère session d'examen peut être soumis à modification au regard du nombre
d'étudiant·es inscrit·es à la seconde sessionMéthodes d'enseignementEn raison de la crise du COVID-19, les informations de cette rubrique sont particulièrement susceptibles d'être modifiées.
Le mode d'enseignement est axé sur le développement de la curiosité intellectuelle, l'esprit critique et la réflexion
de l'étudiant plutôt que sur l'encouragement d'un apprentissage par coeur.L'enseignement comprend
•Des exposés magistraux avec des exemples et illustrations qui débutent avec un cas clinique (en relation à la
matière présentée) avec des questions qui sont résolues et discutées à la fin de chaque cours.
•Débats avec argumentation et discussion sur un sujet d'actualité•Enseignement individualisé dans la partie bactériologie sur le site web : www.virologie-uclouvain.be
•Utilisation de la plateforme ICampus : dépôt de tous les documents et diapositives du cours, dépôts d'exercices
et correctifs•Suppléments au cours sous forme de vidéos, liens vers sites internet, atlas d'images et articles scientifiques
Visite (sur base volontaire) guidée du laboratoire de microbiologie pour l'observation in situ du fonctionnement d'un
laboratoire de microbiologie clinique et des diverses techniques diagnostiques.La présence au cours (partie théorique) n'est pas obligatoire. Néanmoins, nous encourageons fortement la
présence car l'examen se base fondamentalement sur le contenu présenté au cours et les cursus ne sont pas
enregistrés.La présence au cours pratique est obligatoire. Toute absence totale ou partielle nécessite un justificatif à présenter
au coordinateur des cours (Prof. H. Rodriguez-Villalobos). ContenuPartie de Microbiologie générale et Bactériologie Chapitre 1 : Introduction à la Microbiologie CliniqueUniversité catholique de Louvain - Microbiologie médicale - cours-2020-wmds1313UCL - cours-{ANAC}-wmds1313 - page 3/6Chapitre 2 : Rappel de la bactérie
Chapitre 3 : Comment les bactéries produisent des maladies ? Pathogénicité Chapitre 4 : Antibiotiques et mécanismes de résistanceChapitre 5 : Les vaccins
Chapitre 6 : Techniques de laboratoire en Microbiologie Chapitre 7 : Généralités sur l'épidémiologie et l'hygiène hospitalièreChapitre 8 : Contrôle des maladies infectieuses : précautions générales et additionnelles
Chapitre 9 : Désinfection et stérilisation
Chapitre 10 : Les bactéries impliquées dans les infections des voies urinaires Chapitre 11 : Les bactéries impliquées dans les infections cutanées Chapitre 12 : Les bactéries impliquées dans les infections du système nerveux centralChapitre 13 : Les bactéries impliquées dans les infections du tractus respiratoire supérieur
Chapitre 14 : Les bactéries impliquées dans les infections du tractus respiratoire inférieur
Chapitre 15 : Les bactériémies
Chapitre 16 : Les bactéries impliquées dans les infections du tractus génital Chapitre 17 : Les bactéries impliquées dans les infections du tractus digestif Chapitre 18 : Les bactéries impliquées dans les zoonosesChapitre 19 : Les agents de bioterrorisme
Chapitre 20 : Généralités sur les parasites et protozoaires d'intérêt médical Chapitre 21 : Nématodes d'intérêt médical Chapitre 22 Cestodes et trématodes d'intérêt médical Chapitre 23 : Notion de base de mycologie médicalePartie de Virologie
Virologie générale :
Rappel de quelques principes de virologie (méthodes diagnostiques en virologie, antiviraux, familles de virus,
structure, taxonomie, cycles, variations génétiques, éléments de pathogénie)Herpétovirus, virus des hépatites, rétrovirus, picornavirus, parvovirus B19, adénovirus, poxvirus, virus de diarrhée,
virus de la rubéole, orthomyxovirus, paramyxovirus, arbovirus, arenavirus et filovirus, virus de la rage, hantavirus.
Virologie systématique 1 : HIV, HPV
Virologie systématique 2 : Herpesviridae
Virologie systématique 3 : Picorna, ROR
Virologie syndromique 1 : Hépatites virales
Virologie syndromique 2 : Virus impliqués dans les infections respiratoiresVirologie syndromique 3 : Virus impliqués dans les infections du système nerveux central système gastro-
intestinaleVirologie syndromique 4 : Infections virales sexuellement transmissibles, infections virales (ré)-émergentes et
infections virales cutanéo-muqueuses Ressources en ligneOutils de communication : chat, forum, messagerieSite web : www.virologie-uclouvain.be
Université catholique de Louvain - Microbiologie médicale - cours-2020-wmds1313UCL - cours-{ANAC}-wmds1313 - page 4/6
Autres infosAcquis d'apprentissage
Au terme de ce cours l'étudiant de médecine BAC3 sera capable de:•Nommer les principaux genres et espèces microbiennes commensaux dans les différents compartiments
humains•Décrire les éléments propres à la cellule eucaryote et procaryote, décrire la paroi bactérienne et les cibles aux
antibiotiques•Décrire les mécanismes d'action de différentes classes d'antibiotiques et leur spectre d'activité
•Décrire les mécanismes de résistance aux antibiotiques, leur implications en clinique et donner des exemples
•Expliquer par un exemple le processus d'adhésion d'une bactérie à une cellule humaine, le processus
d'invasion d'un tissu, le mode de production et d'action d'une exotoxine bactérienne et le principe de
pathogénicité d'une endotoxine.•Expliquer par un exemple le principe d'un vaccin conjugué et démontrer son impact sur la population
•Nommer les principales espèces pathogènes rencontrées chez l'humain et associer celles-ci aux syndromes
infectieux observés en médecine•Décrire les sources de contamination et routes de transmission des principaux pathogènes (bactéries,
parasites, champignons) •Identifier et différencier les symptômes associés aux infections principales•Identifier les paramètres qui conditionnent les risques infectieux liés aux soins hospitaliers et mettre en pratique
les mesures principales de prévention de ces infections•Evaluer une histoire clinique et être capable d'initier un processus de diagnostic microbiologique
•Choisir le test de laboratoire approprié pour le diagnostic d'une infection bactérienne, parasitaire et mycologique
dans les différentes situations cliniques•Interpréter un résultat d'un laboratoire de microbiologie pour les pathologies infectieuses principales (ex LCR,
Urines, expectoration, LBA, hémoculture)
Expliciter pour chacun des grands syndromes infectieux rencontrés chez l'être humain les paramètres liés à l'hôte,
liés aux microorganismes bactériens, mycotiques ou parasitaires (pathogénicité, épidémiologie, sensibilité) et liés
à l'environnement qui conditionnent la fréquence et le degré de gravité :•infections respiratoires supérieures (pharyngite, sinusite, otite, épiglottite, carie et abcès dentaires)
•infections respiratoires basses (pneumonie) •infections urinaires •infections du système nerveux central (méningite, abcès) •Bactériémies •infections digestives •infections cutanées •infections génitales •infections transmises par les animauxAcquis pratiques en microbiologie
Maîtriser une gamme de compétences pratiques de routine d'un laboratoire de microbiologie : mise en culture,
examen direct, antibiogramme Présentation des données de laboratoire par forme orale et écriteVirologie
Expliquer la conséquence pratique d'éléments fondamentaux de la virologie tels que la présence d'une enveloppe
ou l'existence d'une quasi-espèceChoisir les tests de laboratoire appropriés dans différentes situations cliniques telles que la recherche d'une
immunité, la détection d'une réactivation virale ou le diagnostic d'une infection aiguë Expliquer l'implication pratique des différents types de vaccins virauxDécrire les différentes formes de transmission des virus et en expliquer les conséquences sur leur épidémiologie
Expliquer dans les grandes lignes, le mécanisme d'action des différents antiviraux Énumérer les indications des différents antiviraux Indiquer le principe du mécanisme d'action des antiviraux Décrire pour chaque virus étudié les manifestations cliniques principalesIndiquer les méthodes diagnostiques adaptées pour chaque infection virale et dans chaque circonstance pratique,
comme la grossesse ou l'immunosuppression Choisir l'échantillon approprié pour différentes circonstances diagnostiquesAcquis d'apprentissage transversaux :
Au terme du cours l'étudiant de médecine BAC3 sera capable de:•Analyser les différents éléments d'une histoire clinique et orienter de façon rationnelle les demandes de tests
de laboratoire•Appliquer dans la vie professionnelle les règles de la bonne pratique de prescription d'un test analytique,
l'obtention d'un bon prélèvement et l'acheminement adéquat au laboratoire•Appliquer dans la vie professionnelle la bonne communication avec le laboratoire et comprendre l'importance
d'un abordage multidisciplinaire d'un problème médicale•Appliquer dans chaque geste de la vie professionnelle les mesures de prévention de la transmission des
infections•D'interpréter un résultat d'un test de microbiologie en fonction des valeurs prédictives positives et négatives
•Gérer efficacement le travail en équipe. Apprentissage en exécutant des tâches au sein d'un petit groupe dans
les travaux pratiques au laboratoire de microbiologie.Université catholique de Louvain - Microbiologie médicale - cours-2020-wmds1313UCL - cours-{ANAC}-wmds1313 - page 5/6
Faculté ou entité en
charge: MEDForce majeure
Modes d'évaluation
des acquis desétudiants
Examen écrit de type QCM
Durée: 2H
Toute la matière est à voir pour l'examen
Université catholique de Louvain - Microbiologie médicale - cours-2020-wmds1313UCL - cours-{ANAC}-wmds1313 - page 6/6Programmes / formations proposant cette unité d'enseignement (UE)Intitulé du programmeSigleCréditsPrérequisAcquis d'apprentissageBachelier en médecineMD1BA5WFARM1282TMaster [120] en sciences
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