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Quel est le rôle de la bactériologie médicale ?
La bactériologie médicale est une branche de la biologie médicale qui consiste en l'analyse de divers liquides biologiques (parfois de tissus) dans le but d'isoler et/ou de caractériser une ou des bactéries pouvant être responsables de la pathologie suspectée à l'aide de techniques directes ou indirectes.Quels sont les différents types de bactéries ?
Les bactéries peuvent être regroupées en trois principaux ensembles en fonction de leur forme. Il s'agit notamment des bactéries sphériques (les coques ou cocci), en forme de bâtonnets (les bacilles), et spiralées ou autres. Les bactéries sphériques sont appelées « coques » (ou cocci).Quels sont les examens pratiqués en bactériologie ?
examen bactériologique des urines ou ECBU. examen bactériologique des selles (voir coproculture) examen bactériologique des sécrétions cervico-vaginales chez la femme. examen bactériologique du sperme chez l'homme.- Nom commun. (Biologie) Science qui a pour objet l'étude des bactéries.
Master I: Microbiologie Appliquée
Bactériologie Moléculaire et médicale
Mme MEDBOUA C
Bactériologie médicale : défis actuels
9Nécessité de résultats fiables et rapidement disponibles
9Qualité
99Réduction des moyens
¾Prélèvement (t=0)
¾Transport du prélèvement au laboratoire (t=2h max)¾Examen direct (t=1h)
9microscopie otique : mobilité, coloration de Gram (forme arrangement, couleur)
9+/-test immunologique
9+/-test moléculaire
¾Culture (t=24h)
¾ensemencement, lecture le lendemain
¾Identification bactérienne (t=24/48h)
¾méthode rapide (t=24h)
¾méthode nécessitant une nouvelle culture (t=48h)¾Antibiogramme (t=48h)
Identification bactérienne
¾Caractéristiques phénotypiques
9Morphologiques
9Biochimiques
9Antigéniques
¾Caractéristiques génétique
99Séquence du gène de l䇻ARN ribosomal 16S
Identification phénotypique: morphologique
Uniquement orientation
CocciGram positif
en amas = staphylocoquesCocciGram positif
en chaînette = streptocoquesBacille Gram positif =
Clostridium, Listeria
CocciGram négatif
méningocoqueBacille Gram négatif
entérobactériePseudomonas
¾Ensemencement de colonies pures
¾Dégradation ou fermentation des sucres
Identification phénotypique: Biochimique
CocciBacille
Gram +Gram -
AmasChaînette
Catalase
Catalase
StaphylocoqueStreptocoque
Gram +Gram -
MéningocoqueListeria
Clostridium
Nitrite +
Oxidase-
EntérobactériePseudomonas
Nitrite -
Oxidase+
ImmobileMobile
Identification phénotypique
Daprğs Clark et al. CMR 2013 -Seng et al. JCM 2013 & Kliem et al. Curr Opin Microbiol 20126 -8 min 30 s
Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization -Time Of Flight104105 UFC
Identification phénotypique: Identification des bactéries par spectrométrie de masse MALDI-TOF LatechnologieMALDI-TOFMSenmicrobiologiepeutidentifierles microorganismesniveaude.Leprincipesebasesur desprotéinesbactériennesparunrayonlaseretlacréationdepics caractéristiques(spectre).Identification phénotypique: Antibiogramme
Milieu liquide
Milieu solide
Identification phénotypique: Immunologique
Identification des antigènes bactériens spécifiques9Prélèvement ou colonie, en quelque minute
Anticorpsspécifiques
Particule de latex
Particule fluorescente
Immuno-flororescence
Immuno-agglutination
Identification phénotypique:Immunologique
9Test immuno-chromatographique
Antigène urinaire :
Légionnelle
Pneumocoque
Exp: Strep-test
Identificationmoléculaire
¾A partir du prélèvement ou des colonies
¾Cibles moléculaires :
gène spécifique9identification de lespèce
9recherche de facteur virulence
9gène de résistance aux antibiotiques
¾gène codant lARN ribosomal16S spécifique aux bactériesPCR,Séquençageet ARN16S
PCRPrélèvement
Séquençage
Etude cytobactériologique des
urinesA-Isolement des agents pathogène à partir
des échantillons cliniques Définition:Uneinfectionurinaireestdéfinieparla colonisationouplusieurspartiesdusystèmeurinaire:les reins,lavessieetparlesbactéries.Ellese manifesteleplussouventpardesdouleursouunesensationde brûlurelorsdelamiction(deparfoispar desdouleursabdominalesetdelafièvre.¾Les infections les plus fréquentes
Infection urinaire (IU, ITU)
Cystite
I·XUpPULPH
2 mode de transmission
Pyélonéphrite
¾Lespersonnesquiontuneanomaliestructuraledesvoies urinaires(malformationcongénitale).¾Lesfemmes,surtoutlesfemmesenceintes
¾Leshommesatteintshypertrophiebénignedelaprostate ouprostatite(inflammationdelaprostate) ¾Lespersonnesdiabétiques,Lesenfantsetlespersonnesles plusâgéesLespersonnesexposéesauxinfectionsurinaires
¾Lespersonnessondées
Les bactéries responsables des infections urinairesEntérobactéries
Escherichia coli
Proteus mirabilis
Klebsiella pneumoniae
Klebsiella oxytoca
Enterobacter cloacae
Staphylocoque coagulase négatif
S. epidermidis
S. saprophyticus
Staphylocoque coagulase positifStaphyloccocus aureusLes EntérocoquesE. faecalis
Examen cytobactériologique des urines
(E.C.B.U.)Examen cytologique
Quantitatif
Leucocyturie,
Hématies
Pyurie, Cristaux
Cellules épithéliales
Qualitatif
germesExamen bactériologique
Ensemencement
Dilution /Anse calibrée10ul
Dénombrement
Observation des cultures
Différenciation des colonies
Identification(s)
Antibiogramme(s)
J0J2 à 4
J1 à 2
Aspect macroscopique
des urines: trouble ou clairNourrisson
¾Chezlepetitenfant,ondoitutiliserun
collecteurstérilespécifique.¾Cedispositifàusageuniqueetnepeut
êtrelaisséenplaceplusde20à30
minutes.¾Dèslamictionterminée,lecollecteurest
ôtéetlesurinessonttransvasées
soigneusementdansunflaconstérilepuis acheminéesrapidementversle laboratoire.Patients sondés
¾Sondage simple (itératif) : sacs
collecteurs¾Sondage à demeure
sondage sus pubienPatients sondés
Patients sondés
¾jet »
¾4H après dernière miction
¾Toilette locale
¾Eliminer le premier jet de 20 ml
¾Recueil dans un pot STERILE (20 à
30 ml)
¾Transport rapide au laboratoire
sinon frigo (4C)Cas général
Aspect macroscopique des urines: trouble ou clair
Examen macroscopique à J0
criblage rapide par bandelettes: Chimie des urineExamen macroscopique à J0
Examen Microscopique à J0
Quantitatif:
Sur urine homogénéisée:
*Numération des leucocytes sur cellule malassez (Ou entre lame et lamelle)Qualitatif:
-frottis coloré au Gram: (observation bactéries) -frottis coloré au Ziehl Nielsen: (recherche mycobactéries) -Etat frais : * recherche de cellules (hématies, levures, bactéries...) *recherche de cristaux. *recherche de cylindresCentrifugation
Urine entière
30Cytologie positive
Leucocyte
Hématie
Bactéries
Cellule épithéliales
Polynucléaire
Leucocyte
Numération sur la cellule de Malassez
Cylindre leucocytaire
FULVPMX[ G·R[MOMPH GH
calciumLeucocytesLevures
35Mise en culture à J0
Méthode de Veron
* dilution 1/100( 20.1ml) dans 10 ml * ensemencement:2 gouttes de la dilution (0.1 ml) sur ½ de culture:
-GN (gélose nutritive) -GSF/GSC si cocci -Mac Conkey si bacilles à Gram- -½ sabouraud si levure * incubation: 18 heuresà 37C 36Dénombrement et
différentiation des colonies à J1-J2 39Identification et antibiogramme à
J2-J3-J4
42Bactériémie et Hémoculture
Labactériémieestdéfinieparlaprésenced'unorganisme pathogènedanslesangcirculant.Cetteprésencepeutêtre éphémèreouchroniqueetpeutêtreaccompagnéedesignes cliniquesounon. Unebactériémiepeutêtrelepointdedépartd'unsyndromede réponseinflammatoiresystémique(SRIS)oud'unchocseptique. ¾Unebactériémiepeutêtred'origineiatrogène(aprèsune extractiondentaire,uneendoscopie,uneinterventionchirurgicale oulamanipulationd'unfoyerinfectieux). ¾Originefécale:lesbactériesinvasive(lésionsintestinales) ¾Lediagnosticd'unebactériémiesefaitaulaboratoireparla miseenévidencedugermesurunehémoculture. ¾Lesbactériémiesiatrogènespeuventêtreprévenuespar uneantibiothérapiepréventiveouantibioprophylaxie. Les bactéries responsables des bactériémiesEntérobactéries
Escherichia coli
Klebsiella pneumoniae
serratia marcescensStaphylocoque
S. epidermidis
S. aureus
Autres bacilles à Gram négatif
Pseudomonas aeruginosa
Acinetobacter baumannii
Prélèvement sanguin
Hémoculture: Etude cytobactériologique du sang Lesprélèvementsestréaliséparponctionveineusede15à20mldesangchezetde5mldesangchezdans
lerespectdesrèglesdansdesflacons(1,2 voire3flacons)acheminésaulaboratoiredèsaprèsprélèvement.Laponctionveineuseestla
seuleméthodevalablepour préleverlesangenvuedesa miseenculture.Flacons aérobies
Grace à leur atmosphère enrichie en oxygène, ils favorisent la croissance et la multiplication des bactéries aérobies strictes rencontrées en clinique.Flacons anaérobies
culture des bactéries anaérobies strictesComposition du milieu de culture
¾Nutriments
¾Anticoagulants
¾Agents neutralisant les antibiotiques (résines) ¾Existence de milieux spéciaux pour la recherche de mycobactéries, de champignons. 37CCultures
Durée de la culture
¾5 joursdans la majorité des cas
¾10 jours pour la culture de levures
¾28 jours pour la recherche des bactéries du groupe HACEK responsable d'endocardite (Haemophilus aphrophilus, Actinobacillus ,Cardiobacterium ,Eikeinella , Kingella)
¾42 jours pour la recherche de Brucella, Legionella. macroscopique estréaliséquotidiennementàlarecherchesignetémoignant croissancevisible:uneturbidité,unvoileensurface,unehémolysedu culothématique.Examen microscopique:
¾Devantunecroissancevisible,leflaconestouvert
aseptiquementetonprélèveàseringueunepetite quantitédebouillon. ¾OnréaliseunfrottiscoloréparlaméthodedeGramquipermet derepérerlaprésencedegermes Repiquage et isolement IdentificationJ1, J3, J7, J10Géloseauxsangfrais,géloseauxsangcuit,
gélosepourlesbacillesaGramnégatif(aérobioseetanaérobiose)Interprétation
Plusieurs hémocultures positives avec la même bactérie : la bactérie identifiée était dans le sang du patient,Une seule hémoculture positive avec un germe
pathogène strict: la bactérie identifiée est très probablement dans le sang du patient, Une hémoculture positive avec une bactérie de la flore cutanée: probablement un contaminant.Interprétation
Hémocultures négative malgré contexte
dinfection ͗¾Prélèvement insuffisant ?
¾Traitement antibiotique ?
¾Bactérie ne pousse pas dans le milieu?
Legionella,
Mycoplasmes,
mycobactéries.Infections cutanées et analyse
cytobactériologique de pusDéfinition:Lesinfectionscutanéessontdes
agressionsdelapeauessentiellementd'origine bactérienneetfongiqueetplusparticulièrement parlesstreptocoquesetlesstaphylocoques.Lesmicroorganismespénètrentsouslapeauparles
lésionscutanéesetprovoquentdesinfectionssoit: facilesàtraiteroumortelles.Uneinfectioncutanéepeutnotammentsemanifester
pardesrougeurs,unesensationdechaleur,une enflure(gonflement),unesensibilitédelapeau,avec ousansformationdupus. Elles sont transmites par un contact direct peau à peau ouAbcès
Ilexistedeuxformesprincipales:
¾l'impétigocroûteux
¾l'impétigobulleux
Impétigo: Infection de lapeau
staphylocoquedoré, etstreptocoque. Lefuroncle:estuneinfectionaiguëdu"folliculepilo- sébacé:folliculite Lecharboncutané(Anthrax):égalementappelée fièvrecharbonneuse,estunemaladieinfectieuseaiguëcausée parlabactérieBacillusanthracisLesmycoses:sontdesinfectionsprovoquéespardes
champignonsmicroscopiquesoudeslevuresparasitesou saprophytes. Ex:Dermatophytes:teigne:Epidermophyton,MicrosporumetTrichophyton
Lescandidoses:notammentCandidaalbicans
LespusORL:Oto-Rhino-Laryngologiques
Pusoculaires
¾Souvent:Streptococcuspneumoniae,
Haemophilus,
¾Plusrarement:Kebsiella,Pseudomonas
¾Spécifiquedesinfectionsoculaires:
Moraxellalacunata
PusIlsaccompagnent
duconduitauditifaucoursdes otitesexternes.Lesagentsétiologiquessontlesmêmeque
poursaufMoraxella lacunataSuppurationsabdominales
Abcèsducerveau
On recherche surtout les
germes anaérobiesAbcès hépatiques
Autrespus
Prélèvements
¾Désinfectionsoigneuse,ducentreverslapériphériede avecunantiseptique¾Ponctionavecuneseringuestérile
¾Aspirerlepus
¾Retireretchasserdupistondelaseringue
Analyse cytobactériologique de pus
¾Danslecasdesabcèsducerveau,desinfectionsosseuses: desbiopsiesquisontenvoyéesaulaboratoire ¾Danslecasinfectionoculaireouotiteonprélève avecunécouvillonstérileimbibédebouillonnutritif. ¾Adresserrapidementleprélèvementaulaboratoireavecla fichederenseignementsPeut fournir des renseignements intéressants
Examenmacroscopique
¾Lacouleur¾Laconsistance¾
Examenmicroscopique
Examenàfrais:
¾unegouttedeprélèvementsuppuratifentrelameetlamelle,puison observeaumicroscope ¾laprésencedebactérie(coque,chainette,bacille),¾laprésenceoudepolynucléaires
¾Danslecasdesdermatoseoulesmycosesonutiliselaméthodedu scotchExamenaprèscoloration:
¾LacolorationdeGrampourorienterlaflore
¾LacolorationauBleudeméthylènepourobserveretdécrirela cytologie.Onnotera:
¾Laprésenceoudebactéries(uneouplusieursespèces)¾Leurmorphologie
¾Leurpositionintraouextracellulaire
¾Encasdepuspolymicrobien,dominanteetleur
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