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Ecologie microbienne

Réalisé par Dr: LADJAMA .I

Université Hassiba Ben Bouali Chlef

Faculté des sciences de la nature et de la vie

Département Eau Environnement et Développement

Durable

Contenu de la matière:

Introduction

Chapitre1: Rappels concernant la rhizosphere et

la composition du sol.

Chapitr2: Les populations de la rhizosphère.

Chapitre3: Interactions biologique.

Chapitre4: Implication des organismes du sol

dans la nutrition et la croissance des plantes.

Chapitre 5: Implication des organismes du sol

dans la protection des culture (lutte biologique).

Introduction

Le but du cours de Microbiologie du sol est de vous permettre de considérer le sol comme un milieu biologique, comme un véritable milieu vivant, C'est à dire hautement complexe dans lequel nous nous efforcerons de comprendre un certain nombre de mécanismes. Le sol contient une multitude de cellules microbiennes actives, plus de"1 milliard souvent par gramme à coté de ses constituants minéraux ,sable, argile, limon et des résidus organiques morts. Certains auteurs l'ont même comparé à un tissu vivant qui respire. L'étude des microorganismes du sol s'appelle la Microbiologie du Sol C'est un chapitre de la microbiologie générale, on a employé dans un moment le terme de : Pédobiologie *La microbiologie des sols développe des techniques d'études, emploie des méthodes qui lui sont propres ce qui lui donne droit de cité dans le domaine des

sciences. mais la Pédobiologie est plus générale, elle englobe l'action de tous les organismes

vivants du sol, insectes, acariens, vers de terre, rongeurs etcͻͻͻ , c'est à dire la faune du sol. *En effet, dans le sol il existe une étroite interdépendance entre les activités biologiques et toutes les propriétés physiques et chimiques cette interdépendance est de plus en plus mise en lumière par les recherches actuelles ; ce cours s'emploiera à en faire voir beaucoup d'exemples. *Cela laisse loin derrière nous l'opinion qui a régné dans un moment et qui limitait le rôle du sol à celui d'un simple support physico-chimique pour la plante. *Revenons à une question de terminologie, on utilisé le terme de Micro-organismes du sol, mais on emploie aussi dans le même sens germes du sol ou microflore du sol ou microflore tellurique (tellus, terre en latin) ; cependant on tend à dissocier l'entité microbienne du monde végétal proprement dit. L'objectif de la microbiologie des sols est donc l'étude des microorganismes qui vivent dans le sol, c'est la connaissance de leur écologie, de leur rôle, rôle utile souvent, nuisible quelquefois. On se limite cependant aux microorganismes qui vivent habituellement dans le sol. Sinon il faudrait étudier toute la microbiologie, car le sol est le "dépotoir universel", le déversoir dans lequel à un moment ou à un autre tous les germes de la terre peuvent passer, pathogènes y compris sans s'y maintenir obligatoirement bien longtemps. Une grande partie des activités microbiennes dans le sol échappent encore à tout controle technologique; c'est seulement par la connaissance de ce monde microbien du sol qu'on peut tendre à le- maîtriser dans le sens favorable, celui de la fertilité, de la détoxication des substances polluantes, de l'enrichissement en azote à partir de l'azote atmosphérique qui constitue une réserve gratuite. Comme en pathologie animale, le microbe est une question de terrain et les ensemencements de microbes utiles, les engrais bactériens restent sans effet si les conditions du sol ne sont pas favorables. La microflore du sol est constituée par l'ensemble des communautés de Bactéries ,d'Actiomycètes ,de Champignons et d'Algues.

¾Les dĠbuts de l'Ġcologie microbienne

Pendant longtemps les recherches en microbiologie étaient focalisées essentiellement sur les cultures pures. Les difficultés ont négligé les recherches écologiques sur les microorganismes. En outre l'Ġcologie microbienne a eu à faire face à de grandes difficultés méthodologiques du faite de la petite taille de micro-organisme. Néanmoins les travaux pionniers ont montré déjà au XIX siècle toute l'importance de la connaissance des microorganismes en rapport avec leurs environnements. En effet au début de XIX siècle Nicolas- Théodore de Saussure (1767-1845) mit en évidence la capacité des sols à oxyder l'hydrogğne. De même Jacques-Théophile Schloesing et Achile Muntz (1877) montrèrent l'odžydation de l'ammonium des eaux usées en nitrate à travers une colonne de sable. A la même époque Pasteur avait clairement établi le rôle des micro-organismes dans la biodégradation des substances organiques. Mais il faudra attendre les découvertes de Sergei Winogradsky à partir de 1887 pour réellement mettre en évidence le rôle fondamental des micro-organismes dans les voies de transformation des composés minéraux. En effet, il (1856-1953) est le premier à parler de " la microbiologie des milieux naturels ». En1950, il développa le concept de "microbiologie écologique » et présenta la synthèse de ses travaux sur la microbiologie des milieux naturels sols et eaux dans un ouvrage publié en 1949 intitulé " microbiologie des sols, problèmes et méthodes» qui restera un ouvrage de référence en écologie mi crobienne (Winogradsk, 1949). Une autre école de microbiologie du sol se développa en parallèle en Hollande. Le microbiologiste hollandais Martinus Beijerinck (1851-1931). Il fut à l'origine de la découverte des bactéries symbiotiques et non symbiotiques de la fixation du diazote (Beijerinck 1888) et fut le premier à isoler des bactéries sulfato-réductrices. - Ses travaux contribuèrent à la connaissance des cycles biogéochimiques des biotransformations microbiennes. D'aprğs certains auteurs les travaux de Beijerinck associés à c eux de Winogradsk montrèrent grandement le rôle important des micro- la maintenance de la qualité des environnements et au maintien de la vie sur terre.

¾L'Ġcologie microbienne aujourd'hui

¾Dés 1970, l'Ġcologie microbienne s'est fortement popularisée non seulement en niveau scientifique mais aussi au niveau social et politique. Depuis l'Ġcologie microbienne concerne les interactions entre les micro-organismes et leur environnement ou bien entre les microorganismes et les autres composantes biologiques des écosystèmes. ¾ Cette discipline est utile aussi pour l'Ġtude des micro-organismes et de leurs rôles dans leurs environnements. ¾L'Ġcologie microbienne est également concernée par des problèmes de santé publique comportement des micro-organismes dans l'enǀironnement, maladies infectieuses émergentes, demande en eau potable accrue contamination des aliments. ¾L'aǀancĠe des méthodes de biologie moléculaires, depuis les années 1980, a contribué à la connaissance de la diversité et des adaptations des communautés microbiennes par les flux de gènes et de la capacité de réponses de communautés microbiennes aux stress environnementaux. ¾Actuellement cette discipline est devenue très sollicité vue la détérioration rapide de notre environnement et de la nécessité de remettre en équilibre les

écosystèmes de cet environnement.

Le sol ne constitue pas un environnement homogène, mais une mosaïque d'habitats aǀec pour chacun des populations bactĠriennes propres. La rhizosphère reprĠsente un compartiment d'intĠrġt majeur. Une part significative du CO2 fixé par photosynthèse dans les organes aériens des plantes est relâchée dans le sol sous forme de rhizodépositions. Ces composés servent de substrats de croissance pour les micro-organismes. Ils influencent également les caractéristiques physico-chimiques du sol environnant: son acidité, sa teneur en eau, sa conductivité électrique (Lynch, Les rhizodépositions conditionnent donc le développement de la microflore changements environnementaux sur les populations bactériennes et finalement sur le fonctionnement de l'Ġcosystğme sol.

Chapitre1: Rappels

concernant la rhizosphère et la composition du sol. Notions de base sur les Propriétés biologiques du sol

Le sol est un système interactif

-organismes dans le sol est en interaction avec ses propriétés physiques et chimiques (structure, dynamique MO, solution du sol...).

Interaction entre biologie et physique du sol

Fonctionnement biologique des soles

Système

interactif

Matières

organiques

Solution du

sol

Flore et

faune du sol

Structure

du sol

Cette présence d'êtres vivants est

synonyme d' activité biologique. Celle-ci est en interaction :

‰ à long terme sur sa composition

physique et sa dynamique (transformation des minéraux, enrichissement en MO via les producteurs primaires : les végétaux,

évolution des MO)

‰ À court terme sur sa structure (qui

elle-même définit un 'comportement' physique du sol en terme de porosité, de circulation des fluides, eau et air) et la stabilité de cette structure.

‰Ces liens peuvent être envisagés

dans l'autre sens : par exemple, une structure avec très peu de porosité aura un impact direct sur la biomasse du sol... La rhizosphère est un terme scientifique qui définit le sol dans l'entourage immédiat (10 à 20 cm) autour des racines d'une d'une plante, que ce soit une salade ou un arbre tel que le hêtre, fourmille de micro-organismes, bactéries ou champignons. entretiennent avec les végétaux des relations de symbioses et de coopérations, où tous se retrouvent gagnants. Bref, la rhizosphère est le lieu d'une entre-aide interspécifique très complexe dont l'Ġtude scientifique n'est pas encore aboutie, mais qui démontre dès aujourd'hui un effet direct sur le développement et la résistance des plantes.

I. La rhizosphère

La rhizosphère est la région du sol autour des racines des plantes(Figure1). Le terme rhizosphère a été introduit en 1904 par Lorenz Hiltner,͞rhizo" vient du grec ͞rhiza," signifiant ͞racine" et ͞sphğre" est le champ d'action ou d'influence. Hiltner a décrit la rhizosphère comme étant l'Ġtroite partie du sol, lieu d'une intense activité microbienne autour des racines des légumineuses. Par la suite, cette définition a été étendue à toutes les plantes. Enfin, elle correspond non seulement à l'Ġtroite zone (1-2 mm) à proximité immédiate de la surface racinaire, mais aussi à la région de quelques centimètres de la racine, où ont lieu les échanges d'eau et de nutriments. La rhizosphère constitue ainsi un lieu d'Ġchange entre le végétal et le minéral ; c'est un milieu complexe aux multiples interactions (Lynch, 1990).

Au sein de la rhizosphère, on distingue :

™ Le rhizoplan : (surface des racines) ;

™ L'endorhizosphère (surface intraracinaire de certaines bactéries, à l'intĠrieur ou ă L'edžtĠrieur des cellules des tissus) ™ L'exorhizosphère ou sol rhizosphérique (Gobat et al., 2010). Figure 0.1 Représentation schématique des trois zones de la rhizosphère

2. La rhizodéposition

L'effet rhizosphérique est déterminé en grande part par la libération de différentes composées organiques regroupées sous le terme rhizodéposition d'une façon plus grande, la libération d'une partie des photosynthétats dans le sol contribue à la formation des sols. En effet la fraction minérale provenant de la roche mère en se liant aux molécules organiques libérées par la du complexe organominéral caractérisant le sol (Stengel,

1998). Le tableau I résume des différentes catégories de

rhizodépots et la figure 2 présente un diagramme simplifié d'une racine et des rhizodépôts.

3. Sol

C'est un milieu dont la phase solide est constituée par des minéraux et des composés organiques formant des assemblages plus ou mois volumineux et qui donnent au sol sa structure. Cette phase solide n'est pas continue, et délimite un espace poral de géométrie complexe et de dimensions variées. Cette caractéristique explique la présence de phase fluide, liquide et gazeuse, susceptibles de se déplacer et donc de donner lieu à des flux de matière. Elle explique aussi celle d'organismes vivants végétaux et animaux qui y trouvent un espace pour croitre et se développer (Calvet, 2003)

3.1. La structure du sol

La structure du sol peut être définie comme le regroupement de particules primaires du sol en de larges unités de composés d'origine, de taille et de forme différentes (Lavelle et Spain 2001). Ce sont séparées entre eux par les espaces porales, les quelles permettent les mouvements d'eau et les échanges gazeux avec l'atmosphğre. Ces unités structurales peuvent résulter du découpage du sol par des fissures provoquées par des contraintes mécaniques dues soit aux variations du volume, à l'humidification ou à la dessiccation, soit au travail du sol .Ils peuvent aussi provenir directement ou indirectement de l'action biologique de la faune et de la flore du sol ainsi que de l'actiǀitĠ racinaire La structure du sol a une importance considérable sur son fonctionnement. D'une part, elle détermine la pénétration des racines dans le sol, d'autre part, elle agit sur les déplacements d'eau, d'ĠlĠments nutritifs de la masse du sol vers les racines (Callot et al., 1982 ; Lavelle et Spain, 2001).

¾Les agrégats : micro-habitats du sol

Les minéraux argileux n'edžistent généralement pas sous forme libre dans le sol, mais seulement en couches, ou en revêtements les particules de sables et de limons, ou aussi en unités orientées entre ces particules et associé a la matière organique du sol.

Les agrégats du sol sont des combinaisons de

composés organiques et minérales du sol, rassemblés en micro et macro agrégats Reliés par des filaments mycéliens, ils ont la capacité de ne pas se disperser dans l'eau.

3.2.Les composantes du sol

Le sol est constitué de cinq composants majeurs : fraction minérale matière organique eau air organismes vivants (Alexander, 1977).

3.2.1.La fraction minérale

La dégradation physique due aux alternances chaud /froid, le gel, le vent ou l'eau fractionnant la roche en morceaux de taille de plus en plus faible. L'altĠration due à l'eau, associée ou non à l'odžygğne, au gaz carboniques ou à des acides organiques (Gobat, 2003), provoque une transformation des minéraux primaires avec formation de minéraux secondaires (comme l'argile) (Duchaufour, 1977). Elle est constituée de particules de différentes tailles, classées généralement selon leur densité : - La terre fine (< 2mm)(sable,limon et argile).

3.2.2. La fraction organique

La matière organique du sol est considérée comme un constituant important du sol, mais aussi la principale source d'alimentation et d'Ġnergie pour les organismes vivant du sol. Cette dernière est formée principalement par la décomposition de la matière fraiche des végétaux et des microorganismes (Gardinier et Miller

2008).

Les principales composantes de la matière organique du sol sont : ™ le carbone organique et l'azote total et qui sont considérés comme des éléments fondamentaux de la matière organique du sol (Gregorich et al.,

2008). La matière organique a un rôle très important dans le sol, elle est

considérée comme l'indicateur principal de sa qualité, à la fois pour des fonctions agricoles et pour des fonctions environnementales, sa qualité et sa teneur dans le sol sont influencées par certains facteurs comme le pH du sol, la température, l'humiditĠ, la texture et spécialement l'actiǀitĠ des microorganismes (Samahadthai et al., 2010).

3.3. Les microorganismes du sol

Les microorganismes du sol sont constitués de 5 principaux groupes : les virus, les bactéries, les actinobactéries, les champignons et les algues. Mais les bactéries, les actinobactéries et les champignons représentent l'essentiel de la biomasse microbienne du sol (Lavelle et Spain ; 2001 Focht et

Mallin, 1979).

Certains microorganismes participent à la santé et à la croissance des plantes, dont les plus étudiée sont les symbioses rhizobiennes et mycorhiziennes. La composante microbienne participe aussi activement aux cycles biogéochimiques du soufre, du phosphore, du fer et de l'azote, sans oublier leurs rôles essentiels dans le cycle du carbone, les microorganismes du sol, hétérotrophes pour la plupart, font partie des acteurs principaux contrôlant la décomposition de la matière organique (Ranjard et Richaume, 2001).

4.Interaction entre biologie et chimie du sol

Les êtres vivants vont êtres des facteurs clés dans les cycles des éléments. Ils peuvent les faire passer d'une forme organique à minérale (minéralisation) ou, à l'inverse, de la forme minérale à organique. De plus, ils peuvent (surtout les bactéries), faire passer les éléments d'un état oxydé à un état réducteur (ou vice-versa).

Exemples concrets de ces interactions

Par exemple :

-Les bactéries à proximité des racines vont rendre disponibles pour la plante les

éléments nutritifs.

-Les résidus de plantes ont en soi peu de valeur nutritive dans la forme dans organismes) ou petits (microorganismes), se nourrissent toutefois de ces résidus et les décomposent dans un processus continu. Cette hiérarchie signifie qu'un étage supérieur conditionne l'étage inférieur; dit autrement, une modification d'un étage va 'commander' des modifications dans l(es)' étage (s) inférieur(s). Parfois, il arrive que cela peut marcher dans l'autre sens.... ¾La biologie du sol a une fonction essentielle de dégradation et de recyclage des matières organiques.

¾Cette fonction peut être segmentée en 3 ; en effet les matières organiques, à travers le

métabolisme des êtres vivants du sol, peuvent avoir 3 issues : l'assimilation: les êtres vivants ingèrent, digèrent la matière organique et l'assimilent en matière organique vivante La sécrétion : les êtres vivants sécrètent des molécules organiques dans le sol ; citons en particulier les polysaccharides pour leur effet d'agrégation des particules du sol. La minéralisation : une partie de la matière organique est minéralisée, sous forme d'ions minéraux, solubles, qui sont assimilables par les végétaux. Notions sur l'abondance et aperçu de la diversité biologique du sol La biologie du sol représente 0,25% de la masse du sol ; ceci est assez faible en part mais représente tout de même environ 4,5t/ha ( à comparer avec 6 vaches sur une prairie qui travaillent, mangent, respirent.!...) La porosité du sol constitue l'habitat de ces organismes, très diversifiés en nombre d'espèces et nombreux en population. Ainsi, il peut y avoir des milliards de protozoaires (animaux unicellulaires) et de bactéries, des dizaines de millions de nématodes et des centaines de milliers d'acariens dans un mètre carré de couche arable. Certains sont des consommateurs primaires , d'autres des prédateurs, et enfin certains autres des décomposeurs. Parmi cette diversité d'êtres vivants la faune co-agit systématiquement avec les bactéries, surtout via leur système digestif.

Chapitre II: Les populations

de la rhizosphère

LES GRANDS GROUPES DE MICROORGANISMES DU SOL

ET LEUR RÔLE :

les microorganismes sont représentés par quelques métazoaires, des protozoaires, des algues microscopiques, des champignons, des bactéries, des actinomycètes, des cyanobactéries et des virus. Les bactéries, les cyanobactéries et les actinomycètes n'ont pas de noyau individualisé; leur information génétique est portée par une molécule cyclique d'acide désoxyribonucléique et des plasmides. Ces organismes sont appelés procaryotes, par opposition aux autres organismes possédant un noyau individualisé, les eucaryotes

Tableau 01:Principeaux microorganismes du sol

1. VIRUS

¾ Ce sont les plus petites entités vivantes. Ils ne peuvent se multiplier qu'à l'intérieur des cellules d'autres organismes vivants. Ils sont formés uniquement d'une enveloppe protéique contenant un acide nucléique (ADN ou ARN). Chaque virus parasite un hôte spécifique. Les virus vivants dans des microorganismes du sol parasitent des bactéries (bactériophages), des cyanobactéries (cyanophages), des actinomycètes (actinophages) et des champignons. ¾ L'importance écologique des virus est encore mal connue. En particulier on peut envisager leur implication dans des échanges génétiques.

2. PROCARYOTES

Quelques exemples :

Chimiotrophes et autotrophes

minéraux, comme NH4 +, NO2- ou NO3-. Elles interviennent dans la nitrification des sols.

Bactéries nitreuses. Ex : Nitrosomas

Bactéries nitriques. Ex : Nitrobacter

Phototrophes et hétérotrophes

Bactéries pourpres non sulfureuses.

Phototrophes et autotrophes

Bactéries primitives qui utilisent la lumière et H2S comme source de pouvoir réducteur pour fixer le CO2. Ex : Bactéries pourpres sulfureuses.

2.1.Procaryotes photosynthétiques:

2.1.1. Les cyanobactéries: sont des procaryotes photosynthétiques

dont certains sont capables de fixer l'azote atmosphérique. Possédant un système photosynthétique producteur d'oxygène, elles ont été pendant longtemps classées dans les algues (algues bleu-vert, cyanophycées). Leur nature procaryotique les a fait reclasser dans les bactéries Gram négatives. Elles ont des formes structurales très diverses qui vont des organismes unicellulaires à des organismes pluricellulaires filamenteux présentant des ramifications de plusieurs types et formant des thalles. Leur couleur est due à la présence de pigments (chlorophylle, carotènes, xanthophylles, phycocyanine bleue et phycoérythrine rouge) et de mucilage. Elle varie du jaune sale au noir en passant par différentes teintes de bleu-vert ou de brun.

2.2.Bactéries : organismes unicellulaires, aérobies (besoin

'oxygène) ou naérobies (oxygène facultatif ou prohibitif). Taille < 1 micromètre. Environ 100 000 000 bactéries par gramme de sol soit 1 500 kg/ha. Elles représentent 25% de la biomasse vivante (hors racines). Elles sont réparties en 4 groupes fonctionnels principaux : les décomposeurs, les mutualistes (en relation étroite avec les plantes), les pathogènes et les lithothrophes ou chimioautotrophes (ne tirent pas leur énergie du carbone mais du fer, de l'azote, du soufre, de l'hydrogène).

¾Leur rôle :

-décomposition de la matière organique et recyclage des éléments. -Stabilisation des agrégats par la synthèse de polysaccharides. -Formation des sols par hydrolyse acide des roches. -Stimulation de la croissance des plantes et régulation des autres microorganismes (synthèse des facteurs de croissance et d'antibiotiques). -Dégradation de certains pesticides et polluants. Source d'alimentation pour d'autres membres de la chaîne alimentaire.

2.2.1. Les bactéries rouges et vertes: Ce sont des microorganismes

qui tirent leur énergie de la lumière, possédent des pigments spécifiques (bactériochlorophylles) et ne produisent pas d'oxygène. Les bactéries rouges sont mobiles; elles se développent à la lumière en anaérobiose en utilisant le CO2 comme source de carbone et des composés minéraux réduits (H2S, H2) comme donneurs d'électrons. Elles peuvent aussi croître à l'obscurité en aérobiose en oxydant des composés organiques, et en utilisant du carbone combiné. Les bactéries vertes sont immobiles et ne se développent qu'en anaérobiose à la lumière sur CO2. Les Chlorobactériacées (bactéries vertes) et les Thiorhodacées (rouges) en raison de leurs exigences écologiques particulières (anaérobiose + lumière) se rencontrent dans des milieux contenant des sulfures et riches en matière organique. Elles ont un rôle important dans le cycle du soufre .

3.Les eucaryotes

3.1.Champignons : organismes pluricellulaires, parfois

unicellulaires, aérobie, plus résistants que les bactéries aux conditions difficiles. Taille très variable (hyphes : 1µm). Environ 3 500 kg/ha. Elles représentent 50 à 60% de la biomasse vivante .Elles sont réparties en 4 groupes selon leur régime alimentaire : les décomposeurs (matière organique fraîche), les prédateurs (nématodes notamment), les pathogènes et parasites (occasionnent des dégâts sur les cultures) et les symbiotiques (champignons trichoderma ou mycorhiziens).

Leur rôle :

-décomposition de la matière organique et recyclage des éléments. -Cohésion des particules minérales entre elles et stabilisation des agrégats. -Amélioration de la nutrition des plantes par la solubilisation et le transport actif d'éléments minéraux (surtout phosphore et microéléments) et d'eau via les mycorhizes. -Régulation des populations nuisibles pour les cultures (trichoderma). -Dégradation des certains pesticides et polluants. Source d'alimentation pour d'autres membres de la chaîne alimentaire.

3.2. ALGUES

3.2.1. Taxonomie: Cet ensemble regroupe des formes

extrêmement variées de tailles diverses, depuis les organismes unicellulaires microscopiques jusqu'aux algues marines qui peuvent atteindre 30 m de long. Ce sont les plus simples des eucaryotes chlorophylliens .

Les formes terrestres sont essentiellement des

Chlorophycées, Euglénophycées (aussi considérées comme des protozoaires), et des Chrysophycées (Diatomées). Les cyanobactéries (ex algues bleues ou Cyanophycées) sont désormais classées avec les bactéries mais leur comportement dans les sols et les eaux est similaire à celui des algues eucaryotes unicellulaires et filamenteuses.

3.2.2. Rôle dans les sols Les algues, en raison de leur caractère

photosynthétique, ont une signification différente des autres microorganismes du sol. Alors que les bactéries et champignons sont principalement des agents de décomposition et de minéralisation, les algues sont des producteurs primaires. Dans lesquotesdbs_dbs1.pdfusesText_1

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