[PDF] écologie microbienne du sol LE PRÉSENT LIVRE Ecologie

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ÉCOLOGIEMICROBIENNE

DUSOL

ÀLAMÊMELIBRAIRIE

1968.94pages,8figures.

65tableaux,51planches.

67figures.

S.WINOGRADSKY.1949.862pages,35planches.

gique, 184
pages,10figures,tableaux. applicationspratiques, parP.E.PILET.1961.774pages,293figures,

84tableaux.

YVONDOMMERGLIESFRANÇOISMANGENOT

DirecteurdeRechercheProfesseuràla Faculté desSciences au c.N. R.s.deNancy

ÉCOLOGIEMICROBIENNE

DU SOL

180FIGURES,101TABLEAUX

MASSONETCie,ÉDITELI RS

120,boulevardSaint-Germain,PARIS Vie

1970

Tousdroitsd'adaptation,detraduction

etdereproductionpartousprocédés,v comprislaphotographieetlemicrofilm, réservés pourtouspays.

©Massonetcie,Paris,1970

ImpriméenBelgique

PRÉFACE

dans cation,quitous plus laboratoiresderecherchede

NancyetdeStrasbourg.Troisouvrages

offrantla lestroisvolets desroches argiles); (Y.DOMMERGUES danscetensemble, tion, entrelemondeminéraletlemondevivant.

Grâceàcette

ressantaussilaScience dusolsoussesdiversaspects:physique, chimie ouvragesdemicrobiologiedusol,tels quel'excellenttraitédePOCHON etDEBARJAC.

VIIIPRÉFACE

auCentredePédo logie pour d'éminentsbiologistes,eten logues ausenslepluslargeduterme. différentes,mais

Champignonsdusol,et

processusgénérauxdel' M. saformationfores "types qi/enclimat tropical. lacohésion, plusrécentes,n'échapperont

àpersonne.Lebutquelesdeuxauteurs

laforma tiond'unsol tionde essentiels. Ph.

DUCHAUFOUR.

L'ÉCOLOGIEMICROBIENNEDUSOL

INTRODUCTION

entre lesmicro-organismesetlescomposantes del'écosystèmeoùils (environnement) ensemblesd'extension bienneconstitue

écosystèmecomplexe.

semani etlescomposantesde l'écosystèmesol-végétation: organiqueetminéral):interactionsAlA z; interactionsentrelescommunautésmicrobiennesetlavégétation:interactionsBIBz ; z) n'intéressentlebiologistedusol

DOMMERGUES

2ÉCOLOGIEMICROBIENNEDUSOL

Ecosystème

sol-végétation Sol

Energiesolaire

incidente D,D,

Energiesolaire

captéeparla photosynthèse(D,OSà

1%del'énergieincidente)

BIB,

L..---=.c"=-"'-"='-__---OC,telluriques

Energiesolaire

nonutilisee Sol DID, telluriquesinterviennent(1) eux-mêmes(interactionsA I A 2; B I B 2; C I C 2 );(2)entantqu'agentsprincipauxduretour pardesparamètres phique(de sous relations etl'étudedesrapportsentre cescommunautés etlemilieu.11

INTRODUCTION3

desmicropopulations pures: réductase; desparticulesélectronégatives; de megaterium. danslesol, giquespardesrecherches espècesmicrobiennes(voirparexemple

TRIBEetWILLIAMS,1967)et

insitu,enl'absenceou enprésencedevégétaux supérieurs.Ilpeutparaître,àpremièrevue, cernent végétales.Onsait, fondamentaleetdansleuréquilibre interne;c'estcetteloidestabilité sil'onnemodifiepas,

4ÉCOLOGIEMICROBIENNEDUSOL

rentesfaçons desfacteursdel'environnementsur lamicroflore;iln'enestrien: nismes parexemple). longtempsretardé, biennes quelesréactionsphysiques ouchimiquesetqu'ilestbeaucoupplus difficile ratoire,maisaussi microbiennesfont pourquoiilnousa microbiologiquessedéroulantdans lesol,surtoutsousleuraspect tionsentre

Ilnefaut,eneffet,jamaisperdredevue

quelesmicro-organismes organismestelluriques-qui phes-reçoiventl'énergie dontilsontbesoindesorganismesphoto niquefraîche. fraîcheestfinalementoxydée parlesmicro-organismestelluriques raientet réserveplanétaire réservesminérales,

INTRODUCTION5

cesdernierssontresponsablesde

80à90%del'oxydationbiologique

totale! l'étudeducomportementde micropopulationscomplexeset,encela, plines,carlemilieuoùsedéveloppent lesmicro-organismestellu sont propres: unesdes quencessontparfoisinattendues (cf.p.497). d'êtreinerte. microbienpeuventêtre miquesetbiologiquesqui sedéroulentdanslesolsontd'ailleurs souvent expérimentauxpourlesdissocier. facteurvégétationqui,

6ÉCOLOGIEMICROBIENNEDUSOL

faune dontl'étudeest encoreàpeineébauchée. lesLégumineuses,maisaussichez lesnon-Légumineuses,notamment laconstitution offertes

Lesolconstitueenfin

pourl'Hommeuneréservedemicro-orga nismes que

PREMIÈREPARTIE

LESÉLÉMENTSCONSTITUTIFS

DELA

MICROFLORETELLURIQUE

1-----------'

CHAPITREPREMIER

LESBACTÉRIES

1 0 monadales etlesEubactérialessensustricto;

àsavoir:

lesMyxobactériales. tels scopiquesdanslesol(NIKITIN,1965)- yjoueunrôleassezeffacé.

A.-EUBACTÉRIALESSENSULATO

bactériennes (1)AppeléesaussiEubactéries.

10ÉLÉMENTSDELAMICROFLORETELLURIQUE

A.-

OrdredesPSEUDOMONADALES

GROUPE

Pseudomonadales

phototrophes (Bactériesphoto synthétiques)

Pseudomonadales

chimiolitho trophes (Saufexceptions)

FAMILLES

THIORHODACÉES

ATHIORHO

DACÉES

CHLORO

BACTÉRIACÉES

NITRO

BACTÉRIACÉES

THIO

BACTÉRIACÉES

MÉTHANO

MONADACÉES

CAULO

BACTÉRIACÉES

etSIDÉRO

CAPSACÉES

PRINCIPAUXCARACTÈRES

DISTINCTIFS

Bâtonnets;chimiolitho

trophes tirantleuréner gie del'oxydation: -del'ammoniacenni trite:Bactériesni trosantes dunitriteennitrate:

Bactériesnitratantes

Bâtonnets

droits;chi miolithotrophes tirant leurénergiedel'oxyda tion dusoufreélémen taire oudescomposés minérauxréduitsdu soufre

Bâtonnets;chimiolitho

trophestirant leuréner gie del'oxydation: -del'hydrogène -del'oxydedecar bone -duméthane

Bactériesappartenantau

groupedesFerrobacté ries etoxydantleferferreux enferferrique; parfoischimiolithotro phesobligatoires,plus souventchimiolithotro phesfacultatifs etchi mio-organotrophes

PRINCIPAUXGENRES

VIVANT

DANSLESOL

(cf.p.453)

Nitrosomonas

Nitrobacter

Thiobacillus

Hydro genomonas(a)

Carboxydomonas

Methanomonas(b)

(cf.p.273)

LESBACTÉRIES

TABLEAUJ.-(suite)

11

PRINCIPAUXCARACTÈRES

PRINCIPAUXGENRES

GROUPEFAMILLES

DISTINCTIFS

VIVANT

DANSLESOL

trophesventdespigmentshy-Acetobacter drosolubles,quidiffusentAzotomonas danslemilieu,ounon hydrosolubles

SPIRILLACÉESBâtonnetscourbesouen

hélice,formantsouvent deschaînettes

JFormeenvirgule

Vibrio

Bâtonnetscourbes,CeUvibrio

(1) :.0longsetminces,cel- 0 tlulolytiques '(1)

Bâtonnetscourts.CeUfalcicula

cellulolytiques f

Bâtonnetscourbes,Desulfovibrio

anaérobiesstricts, tirantleurénergie ducouplagede l'oxydation(d'ail- leursincomplète)(1) 1 :.0decertainssubstrats 2 1 organiqueset .(1) CIl parfoisd'hydrogène 1 gazeuxavecla réductiondes sulfatesenhydro- l gènesulfuré

LonguescellulesSpirillum

hélicoïdales 1 0

Classificationtaxonomique

inspirée lesfamilles

12ÉLÉMENTSDELAMICROFLORETELLURIQUE

TABLEAU1.-(suite)

B.-OrdredesEUBACTÉRIALESsensustricto

Cellulessphériquesouen

..pasdepigmentsphotosynthétiques; prennent

FAMILLES

AZDTDBACTÉRIACÉES

RHIZOBACTÉRIACÉES

ACHROMO

BACTÉRIACÉES

ENTÉROBACTÉRIACÉES

MICROCOCCACÉES

BRÉVIBACTÉRIACÉES

PRINCIPAUXCARACTÈRESDISTINCTIFS

Gramnégatifs

Bactéries

aérobiesfixantl'azotemolécu laire enprésencedesubstratcarboné symbiotiques(Légumineuses)aérobies -saprophytesanaérobiesfacultatifset produisantdespigmentsviolets saprophytesouparasites,anaérobies facultatifs,neproduisantpasde pigments

Bâtonnets

Gramnégatifs,àfaiblepou

voirfermentairevis-à-visdeshydrates decarbone -neproduisantpasdepigment -produisantdespigmentsjaunesou orange anaérobiesfacultatifs,fermentantacti vementles hydratesdecarbone

CoccisphériquesGrampositifs

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