Thèse QT BUI PDF Introduction générale. Les

Éléments mobiles SINE en phylogénie

ments) sont des éléments mobiles de l'ADN déri- vés principalement des ARN de transfert ou de sites d'insertion de ces éléments transposables a.

Éléments transposables et nouveautés génétiques chez les

mique à un autre grâce à la transposa- se une enzyme codée par l'élément. Une fraction très importante des génomes eucaryotes est constituée d'ADN mobile.

PHYLOGÉNIE ET GÉNOMIQUE COMPARÉE (BI 523

Chapitre II – Réplication et Eléments Mobiles. Maintenance de l'ADN – dam. Gestion de la l'helicase replicative – dnaC.

Dissémination de la résistance aux antibiotiques : le génie

Récemment on a décrit des éléments d'ADN

Thèse QT BUI

Introduction générale. Les gènes mobiles encore appelés éléments transposables sont de courtes séquences d'ADN capables de se déplacer au sein du génome.

Impact des éléments mobiles de lADN sur ladaptabilité et le

par les éléments mobiles de l'ADN d'A. salmonicida ssp. salmonicida. Dans les derniers chapitres de cette thèse les conséquences de ces différents

POLYMORPHISME DES INSERTIONS ALU CHEZ LES BERBERES

origine des éléments mobiles de l'ADN dérivés principalement des ARN de transfert ou de l'ARN cytoplasmique 7SL (Ullu et al. 1982).

LA GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE POUR LES NULS

Les rétrotransposons des éléments mobiles de l'ADN. • Le génome humain comporte des séquences courtes très répétées et. « mobiles » (éléments.

Caractérisation des fonctions codées par les éléments intégratifs

29 mar. 2018 Les systèmes CRISPR : protection contre l'ADN exogène. 16. 1.4. Les éléments génétiques mobiles : acteurs majeurs de l'évolution bactérienne.

Eléments transposables et analyse de la biodiversité végétale

7 jui. 2020 à l'activité de séquences d'ADN mobiles connues sous le nom ... polymorphismes d'insertion d'éléments transposables comme outils de marquage.

[PDF] Éléments transposables et nouveautés génétiques chez les

Les éléments transposables sont des séquences d'ADN capables de se déplacer d'un site chromosomique à un autre Ils se répartissent en deux

Élément génétique mobile - Wikipédia

éléments transposables dont : les rétrotransposons ;; les transposons ;; les séquences d'insertion ; les plasmides ;; les éléments de bactériophages tels que

Éléments mobiles SINE en phylogénie - médecine/sciences

Les transpo- sons ou éléments de classe II utilisent en revanche un intermédiaire ADN Les SINE sont des rétrotransposons dérivés principalement des ARN de

Séquences provenant déléments génétiques mobiles face cachée

Le génome des eucaryotes est constitué d'un ensemble de séquences d'ADN dont certaines ont une origine particulière que l'on nomme « éléments transposables

[PDF] Ce document est le fruit dun long travail approuvé par le jury de

ou duplique un élément génétique mobile Ils impliquent tous les deux une synthèse d'ADN avec la duplication du site cible aux bornes de la séquence

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[PDF] les Transposons et les Intégrons I) Les éléments transposables

séquences d'ADN porteuses des gènes nécessaires à ce processus et donc capables de Les cassettes sont des éléments mobiles capables d'être intégrés ou

[PDF] Impact des éléments mobiles de lADN sur ladaptabilité et le

par les éléments mobiles de l'ADN d'A salmonicida ssp salmonicida Dans les derniers content/uploads/2015/09/PacBio_RS_II_Brochure pdf

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Les éléments génétiques mobiles 1 2 1 Les plasmides 1 2 1 1 Organisation générale des plasmides •Petite molécule d'ADN bicaténaire (de 3 à 10 kb)

Éléments mobiles SINE en phylogénie – M/S - Érudit

Les SINE (short interspersed repetitive elements) sont des éléments mobiles de l'ADN dérivés principalement des ARN de transfert ou de l'ARN cytoplasmique

THÈSE

Présentée à

L"UNIVERSITE DU MAINE

UFR

SCIENCES ET TECHNIQUES

Pour obtenir le grade de

Docteur de l"Université du Maine

Spécialité : Biophysiologie des organismes et des populations

Ecole Doctorale de l"Université du Maine

ANNEE 2006

Par

Mme. BUI Quynh Trang

ANALYSE DE L"EVOLUTION PHYLETIQUE DE CRUSTACES

DECAPODES ET DE L"EVOLUTION MOLECULAIRE DES

ELEMENTS MOBILES DE LA FAMILLE MARINER

PRESENTS CHEZ CES ORGANISMES

L ABORATOIRE DE BIOLOGIE ET GENETIQUE EVOLUTIVE (EA 3265) Soutenue publiquement le 06 septembre 2006 au Mans devant la commission d"examen Dominique HIGUET (Professeur, Université Paris VI) Rapporteur Pierre NOEL (Chargé de recherche du CNRS, MNHN de Paris) Rapporteur Yves BIGOT (Directeur de Recherche, Université de Tours) Examinateur Ngoc-Ho NGUYEN (MdC, MNHN de Paris) Examinateur Marc LAULIER (Professeur, Université du Maine) Directeur de thèse Lanh DANG HUU (Professeur, ENS de Hanoi) Co-Directeur de thèse Nathalie CASSE (MdC, Université du Maine) Invitée Vincent LEIGNEL (MdC, Université du Maine) Invité 2

Table des matières

Table des matières........................................................................................................................ 2

Liste des figures et des tableaux................................................................................................... 5

Liste des figures ....................................................................................................................... 5

Liste des tableaux..................................................................................................................... 6

Remerciements................................................................................................................................. 7

Introduction générale.................................................................................................................... 9

PARTIE 1 : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE ...................................................................... 11

Chapitre 1 : Eléments transposables.......................................................................................... 12

I. Eléments transposables........................................................................................................... 12

I.1. Définition......................................................................................................................... 12

I.2. Classification.................................................................................................................... 13

I.2.1. Eléments transposables de classe I ........................................................................... 14

I.2.2. Eléments transposables de classe II.......................................................................... 18

I.3. Interactions entre les éléments transposables et le génome de l"hôte.............................. 23

I.3.1. Impact des éléments transposables sur leur hôte ...................................................... 23

I.3.2. Influence de l"hôte sur les éléments transposables................................................... 26

I.4. Transmission des éléments transposables........................................................................ 27

I.4.1. Transmission des rétrotransposons........................................................................... 29

I.4.2. Transmission des transposons................................................................................... 30

II. Transposon mariner............................................................................................................... 31

II.1. Structure générale des MLEs.......................................................................................... 31

II.2. Mécanisme de transposition ........................................................................................... 32

II.3. Ubiquité de mariner........................................................................................................ 34

II.4. Activité de mariner......................................................................................................... 34

II.5. Intérêt de mariner en biotechnologie.............................................................................. 35

Chapitre 2 : Phylogénie des crustacés........................................................................................ 36

I. Présentation générale des Crustacés et des Décapodes........................................................... 36

I.1. Crustacés.......................................................................................................................... 36

I.2. Décapodes........................................................................................................................ 38

II. Présentation du sous-ordre des Brachyura............................................................................. 40

II.1. Présentation de la classification des Brachyura.............................................................. 40

II.2. Travaux récents de phylogenèse moléculaire chez les Brachyura ................................. 42

III. Présentation de la famille des Portunidae ............................................................................ 44

III.1. Présentation des différentes sous-familles de Portunidés ............................................. 44

III.2. Portunidés présents au Vietnam.................................................................................... 46

PARTIE 2 : MATERIELS ET METHODES............................................................................. 47

Chapitre 1 : Matériel biologique................................................................................................ 48

I. Matériel biologique................................................................................................................. 48

I.1. Podotremata Guinot, 1977............................................................................................... 48

I.2. Eubrachyura de Saint Laurent, 1980................................................................................ 49

I.2.1. Heterotremata Guinot, 1977...................................................................................... 49

I.2.2. Thoracotremata Guinot, 1977................................................................................... 55

II. Séquences d"ADN étudiées................................................................................................... 56

II.1. Elément mobile mariner................................................................................................. 56

II.2. Gènes et régions intercalaires ribosomales : 18S et ITS-1............................................. 56

II.3. ADN mitochondrial........................................................................................................ 57

Chapitre 2 : Méthodes................................................................................................................ 59

I. Techniques de biologie moléculaire ....................................................................................... 59

I.1. Extraction d"ADN génomique......................................................................................... 59

I.2. Purification de l"ADN en gradient de chlorure de Césium.............................................. 59

I.3. Réaction de polymérisation en chaîne (PCR).................................................................. 60

I.4. Electrophorèse.................................................................................................................. 61

I.5. Clonage de fragments d"ADN ......................................................................................... 62

I.5.1. Elution des fragments d"ADN à partir d"un gel d"agarose....................................... 62

I.5.2. Ligation des produits d"élution dans le vecteur pGEM-T-Easy............................... 62

I.5.3. Transformation et sélection bactérienne................................................................... 63

I.6. Purification et caractérisation des clones recombinants .................................................. 64

I.6.1. Extraction d"ADN plasmidique................................................................................ 64

I.6.2. Vérification de la présence de l"insert dans les plasmides........................................ 64

I.6.3. Séquençage ............................................................................................................... 64

I.7. Southern Blot................................................................................................................... 65

I.7.1 Transfert d"ADN........................................................................................................ 65

I.7.2. Hybridation avec une sonde radioactive................................................................... 66

II. Méthodes de phylogénie moléculaire.................................................................................... 67

II.1. Généralités...................................................................................................................... 67

II.2. Méthodes de reconstruction phylogénétique.................................................................. 68

PARTIE 3 : RECHERCHE ET CARACTERISATION DES MLEs......................................... 71

Chapitre 1 : Recherche des MLEs.............................................................................................. 72

I. Détection par PCR des MLEs dans les génomes hôtes........................................................... 72

II. Caractérisation des MLEs......................................................................................................78

II.1. Analyse des séquences nucléiques ................................................................................. 78

II.1.1. Structure générale.................................................................................................... 78

II.1.2. Distribution des MLEs dans les génomes hôtes...................................................... 81

II.1.3. Composition nucléique des MLEs........................................................................... 86

II.2. Analyse des séquences protéiques.................................................................................. 88

II.2.1. Structure générale.................................................................................................... 88

II.2.2. Relations phylogénétiques entre MLEs................................................................... 92

II.2.3. Position phylogénétique des MLEs des crabes littoraux dans la famille mariner... 95

Chapitre 2 : Discussion.............................................................................................................. 97

I. MLEs dans les génomes hôtes................................................................................................. 97

II. Particularisme des MLEs....................................................................................................... 98

II.1. Séquences nucléiques..................................................................................................... 98

II.1.1. Composition en GC................................................................................................. 98

II.1.2. Composition en dinucléotide TA........................................................................... 100

II.2. Séquences protéiques.................................................................................................... 101

III. Position phylogénétique des MLEs.................................................................................... 103

PARTIE 4 : PHYLOGENIE DES BRACHYURA .................................................................. 107

Chapitre 1 : Phylogénie des brachyoures................................................................................. 108

I. Présentation du sous-ordre des Brachyura............................................................................ 108

I.1. Informations obtenues à partir de la séquence du gène 18S.......................................... 109

I.2. Informations obtenues à partir de la séquence du gène 16S.................................. 113

I.2. Informations obtenues à partir de la séquence du gène 16S.......................................... 114

II. Présentation de la famille des Portunidae............................................................................ 115

II.1. Relations phylétiques entre les divers genres de Portunidés........................................ 115

II.1.1. Informations obtenues à partir de la séquence du gène 16S.................................. 115

II.1.2. Informations obtenues à partir de la séquence du gène COI................................. 117

II.2. Relations phylétiques entre les diverses espèces de Portunus..................................... 118

Chapitre 2 : Discussion............................................................................................................ 123

I. Discussion sur les relations phylogénétiques entre les Podotremata et les Eubrachyura..... 123

II. Discussion sur les relations phylogénétiques existant au sein des Eubrachyura................. 126

III. Discussion sur les relations phylogénétiques existant au sein des Portunidae................... 128

PARTIE 5 : MODE DE TRANMISSION DES ELEMENTS MARINER............................... 134

Chapitre1 : Résultats................................................................................................................ 135

Chapitre 2 : Discussion............................................................................................................ 139

PARTIE 6 : CONCLUSIONS GENERALES ET PERSPECTIVES....................................... 145

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES................................................................................. 149

ANNEXES............................................................................................................................... 177

Lexique..................................................................................................................................... 198

Liste des figures et des tableaux

Liste des figures

Figure 1 : Fonctionnement simplifié des représentants des deux classes d"éléments

transposables. ..................................................................................................................... 13

Figure 2 : Structure des éléments de classe I. ............................................................................ 14

Figure 3 : Structure des éléments de classe II............................................................................ 18

Figure 4 : Les différentes familles de la superfamille

IS630/Tc1/ITmD41D/maT/mariner/plantes. ...................................................................... 22

Figure 5 : Mécanismes qui peuvent expliquer l"augmentation du nombre de transposons qui se

déplacent selon le mode conservatif dans le génome hôte................................................. 24

Figure 6 : Modèles du transfert vertical et du transfert horizontal............................................. 28

Figure 7 : Cycle de vie des éléments transposables................................................................... 29

Figure 8 : Structure des MLEs.................................................................................................... 31

Figure 10 : Structure générale de la transposase des MLEs....................................................... 33

Figure 11 : Production mondiale en terme d"économie de l"aquaculture en 2000. ................... 37

Figure 12 : Phylogénie des Décapodes Reptantia basée sur l"information moléculaire et

morphologique. .................................................................................................................. 39

Figure 13 : Possibilités concernant la phylogénie des Brachyura.............................................. 42

Figure 14 : Division des familles des Thoracotremata et des Heterotremata.............................44

Figure 15 : Cassette ribosomale................................................................................................. 56

Figure 16 : Représentation linéarisée de l"arrangement de gène mitochondrial chez Portunus

trituberculatus.................................................................................................................... 57

Figure 17 : Visualisation après électrophorèse sur gel d"agarose des produits de PCR............. 73

Figure 18 : Autoradiogramme obtenu par Southern blot/hybridation à partir d"un transfert des

produits de PCR. Sonde Demsmar1.1................................................................................ 75

Figure 19 : Autoradiogramme obtenu par Southern blot/hybridation à partir d"un transfert de

produits de PCR. Sonde Sesbmar1.1.................................................................................. 75

Figure 20 : Autoradiogramme obtenu par Southern blot/hybridation à partir d"un transfert de

produits de PCR. Sonde Thapmar1.1................................................................................. 76

Figure 21 : Autoradiogramme obtenu par Southern blot/hybridation à partir d"un transfert de

produits de PCR. Sonde Porpmar1.1................................................................................. 76

Figure 22 : Southern blot de l"ADN génomique de P. marmoratus hybridé avec la sonde

Pacmmar1.1. ...................................................................................................................... 83

Figure 23 : Southern blot de l"ADN génomique de P. granulatus et A. undecidentatus hybridés

avec la sonde Porgmar1.1.................................................................................................. 83

Figure 24 : Southern blot de l"ADN génomique de C. maenas, P. pelagicus, P. trituberculatus

et S. bidens hybridés avec la sonde Porpmar1.4................................................................ 84

Figure 25 : Southern blot de l"ADN génomique de M. brachydactyla hybridé avec la sonde

Maibmar1.4........................................................................................................................ 84

Figure 26 : Southern blot de l"ADN génomique de C. pagurus hybridé avec la sonde

Maibmar1.4........................................................................................................................ 85

Figure 27 : Southern blot de l"ADN génomique de N. puber hybridé avec la sonde Bytmar1.185

Figure 28 : Corrélation (régression linéaire) entre le contenu en CG (exprimé en %) des MLEs

complets et de l"ORF (a). Corrélations entre le contenu en CG (en %) de l"ORF et des

positions 1, 2 et 3 des codons respectivement présentées en (b), (c) et (d)........................ 86

6 Figure 29 : Comparaison des contenus en GC (exprimé en %) des MLEs complets des ORFs et en position 3 de l"ORF pour l"ensemble des MLEs des crabes étudiés vivant sur les côtes

françaises et vietnamiennes................................................................................................ 87

Figure 30 : La traduction en protéine de la séquence consensus Pacmmarcons........................ 89

Figure 31 : Alignement de Porpmar1.4 et du consensus Porpmarcons1. ................................ 90

Figure 32 : Alignement de l"ensemble des séquences contenant un ORF................................. 91

Figure 33 : Quatre groupes de MLEs obtenus............................................................................ 93

Figure 34 : Matrice d"identité des transposases obtenues exprimée en %................................. 94

Figure 35 : Position phylogénétique de MLEs de la famille mariner. ....................................... 96

Figure 36 : Relation phylogénétique entre les MLEs "littoraux" et MLEs "hydrothermaux".. 106

Figure 40 : Matrice d"identité obtenue à partir des informations contenues dans la séquence du

gène COI des Portunidés, exprimée en pourcentage (%)................................................. 118

Figure 41 : Alignement multiple de l"ITS-1 entre les 5 espèces de Portunus analysées......... 120

Figure 42 : Matrice d"identité de l"ITS-1 entre les 5 espèces de Portunus analysées.............. 121

Figure 43 : Relations phylogénétiques existant entre les espèces de Portunus en se basant sur

les données d"ITS-1. ........................................................................................................ 122

Figure 44 : Propositions concernant la phylogénie des Podotremata....................................... 126

Figure 45 : Analyse phylogénétique des MLEs provenant des crabes (l"arbre présenté est obtenu

avec la méthode de MP sous PAUP*).............................................................................. 137

Figure 46 : Arbre phylogénétique des crabes Eubrachyura basé sur l"information fournie par le

gène 16S........................................................................................................................... 138

Liste des tableaux

Tableau 1 : Classification du sous-phylum des Crustacés Brünnich, 1772 ............................... 37

Tableau 2 : Classification de l"ordre des Décapodes Latreille, 1802 ......................................... 39

Tableau 3 : Classification du sous-ordre des Brachyura Latreille, 1802 ................................... 41

Tableau 4 : Liste des couples d"oligonucléotides utilisés lors des réactions de PCR................. 60

Tableau 5 : Liste des espèces étudiées et nombre d"éléments obtenus par espèce .................... 77

Tableau 6 : Données sur la longueur des différentes parties des MLEs étudiés......................... 78

Tableau 7 : Résultats des hybridations et nature de la sonde utilisée pour détecter les MLEs

dans le génome (Southern blot/hybridation)...................................................................... 82

Tableau 8 : Taux de GC moyens des MLEs isolés d"organismes terrestres, littoraux et

hydrothermaux (exprimés en %)........................................................................................ 99

Tableau 9 : Les Podotremata étudiés........................................................................................ 109

Remerciements

Le travail présenté aujourd"hui a été réalisé au sein du Laboratoire de Biologie et Génétique

Evolutive de l"Université du Maine (France) et de la Faculté de Biologie et de Techniques agricoles de

l"Ecole Normale Supérieure de Hanoi (Vietnam). Les travaux exposés dans cette étude ont été réalisés grâce

à une bourse de l"Agence universitaire de la Francophonie, qui m"a financée tout au long de cette étude.

L"environnement marin fait partie de ma vie depuis toujours puisque je suis née et que j"ai grandi

dans un village au bord de la mer. Etant très attachée à ce milieu, il m"est donc très agréable de remercier

aujourd"hui toutes les personnes qui m"ont aidée d"une manière ou d"une autre dans la réalisation de ce

travail sur les Crustacés marins. Je tiens tout d"abord à remercier Monsieur Marc LAULIER, Professeur à l"Université du Maine

pour avoir bien voulu m"accueillir au sein de son équipe et pour avoir dirigé cette thèse. Il a surmonté

différents obstacles dans les démarches menées pour le financement et ma venue en France. Je le remercie de

m"avoir fait confiance et de m"avoir soutenue tout au long de ces trois années de thèse.

Je tiens à remercier Monsieur Huu Lanh DANG, Professeur à l"Ecole Normale Supérieure de Hanoi

pour avoir bien voulu co-diriger ce travail de thèse. Il a joué un rôle important dans mon cursus

universitaire en encadrant mon travail de master à l"Ecole Normale Supérieure de Hanoi.

Je tiens à remercier Monsieur Dominique HIGUET, Professeur de l"Université Paris VI et Monsieur

Pierre NOEL, Chargé de recherche du CNRS au Muséum national d"Histoire naturelle de Paris qui m"ont

fait l"honneur d"accepter de juger ce travail. Je voudrais remercier Monsieur Yves BIGOT, Directeur du

Laboratoire d"Etude des Parasites Génétiques de l"Université du Tours, Madame NGUYEN Ngoc-Ho,

Maitre de conférences du Muséum national d"Histoire naturelle de Paris pour avoir bien voulu faire partie

de mon jury de thèse. J"exprime ma reconnaissance à Mademoiselle Nathalie CASSE et à Monsieur Vincent LEIGNEL,

Maîtres de conférence à l"Université du Maine. Durant ces trois années, ils m"ont apporté leur aide, leurs

conseils et leurs connaissances. Ils ont consacré beaucoup de temps à ma formation technique, à la correction

de ce manuscrit et à la rédaction des publications issues de cette étude et m"ont soutenue par leur confiance

et leur sympathie. Que Monsieur le Professeur Benoit CHENAIS, directeur du Laboratoire de Biologie et Génétique

Evolutive depuis octobre 2005, soit ici remercié pour sa disponibilité, ses bons conseils, l"intérêt et les

corrections apportés à ce manuscrit.

Je souhaite associer à ces remerciements Madame Elisabeth PRADIER, Ingénieur d"étude au

laboratoire pour son bon caractère aussi bien chaleureux que professionnel. Merci beaucoup pour le temps

que tu m"as consacré lors de la correction de ce manuscrit. 8 Merci à Yann HADIVILLIER et à Alain ROJO de la Paz pour leurs conseils, leurs aides, leur disponibilité et leur soutien moral.

Je voudrais également remercier les autres membres du laboratoire, en particulier Françoise DENIS et

Brigitte MOREAU pour leur dynamisme et leur aide et les membres de l"équipe du Laboratoire

d"écophysiologie Végétale pour leur convivialité.

Une partie de ce travail a été réalisée en collaboration avec Monsieur Yves BIGOT, Directeur du

Laboratoire d"Etude des Parasites Génétiques de l"Université du Tours et de son équipe. Je les remercie

vivement. Je remercie Madame Danièle GUINOT et Monsieur Régis CLEVA de leur aide importante pour

l"identification des crabes, les précieux échantillons et la bibliographie qu"elle nous a fournis.

Je n"oublie pas Mademoiselle Violaine NICOLAS du Département de Systématique et Evolution du

Muséum National d"Histoire Naturelle de Paris pour les renseignements fournis concernant la construction

des arbres phylogénétiques sous PAUP*. Merci à Monsieurs NGUYEN Van Chung, DO Van Nhuong et THAI Tran Bai pour leur aide au prélèvement et à l"identification des crabes au Vietnam.

Je n"oublie pas les Doctorants et les étudiants du laboratoire, Nassima, Laurence et Marie...Merci

pour leur amitié et leurs encouragements.

Je tiens à remercier particulièrement la famille CHIME et mon filleul Cao Tri pour leur soutien

moral, leur aide et leur bonne humeur au quotidien. Avec eux, j"ai retrouvé l"ambiance familiale pendant ces

séjours où j"étais loin de ma famille.

Je remercie très chaleureusement Binh pour m"avoir apporté à plusieurs reprises des aides techniques

informatiques et pour m"avoir réservé les sentiments très amicaux. Je ne voudrais pas oublier les amitiés

sincères de Nhung, Ngoc, Thanh, Nghi et les amis vietnamiens qui font leurs études à l"Université du

Maine.

Mon mari, NGUYEN-VIET Hung m"a encouragée à réaliser cette thèse. Merci aussi pour le bonheur

partagé dans la vie. Au moment où j"achève ce mémoire, je pense à ma famille. 9

Introduction générale

Les gènes mobiles encore appelés éléments transposables, sont de courtes séquences d"ADN capables de se déplacer au sein du génome.

L"aptitude à se déplacer de ces éléments leur confère un fort pouvoir de réarrangement

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