[PDF] EXAM ST-CORRIGE - Université des Antilles et de la Guyane PDF EXAM%20ST-CORRIGE.pdf

3 jan 2007 · A4 – Déduire le schéma du peptide A ? 0 2 B – L'étude du séquençage des peptides A1 et A2 donne : Hydrolyses PEPTIDE A1 PEPTIDE A2

TD 06 : les peptides Exercice 01 Soit le peptide suivant : NH2-Val-Gly-Arg-Tyr- Lys-Asp-Glu-COOH Les phi des acides aminés constitutifs de cet heptapeptide

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Exercice 2: 1 Quelle est la charge électrique (+, 0, -) des acides aminés suivants : Glycine, sérine, acide aspartique et arginine à

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-Indiquer leur charge nette à pH de : 1 0, 4 0, 7 6 et 10 Exercice 3 On soumet un mélange d'histidine, d'arginine et d'acide aspartique à l'électrophorèse sur

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Exercice 2 Structure primaire d'un peptide La composition en acides aminés d' un peptide P, déterminée après hydrolyse acide est: Lys 1; Arg 1; AsX 1; Ser 1;

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Quel acide aminé aura le Rf le plus grand ? Page 5 LES PROTEINES I- La liaison peptidique –Structure primaire des protéines II

[PDF] EXAM ST-CORRIGE - Université des Antilles et de la Guyane

3 jan 2007 · A4 – Déduire le schéma du peptide A ? 0 2 B – L'étude du séquençage des peptides A1 et A2 donne : Hydrolyses PEPTIDE A1 PEPTIDE A2

[PDF] CH 14 Acides aminés Peptides et protéines - Chimie Générale et

Acides aminés naturels 2 Propriétés acide - base 3 Peptides 3 1 Définition - Conventions Page 19 Un peptide est une molécule constituée d'acides aminés

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exercice utilise les propriétés physico-chimiques des acides aminés pour proposer une structure Le peptide est constitué d'une répétition d'heptades : AcE–

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Quelle est la structure secondaire du peptide résultant ? Figure 3 Figure 4 6) On voudrait synthétiser un peptide qui passe par une transition hélice α → feuillet β

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9 Combien de fois apparaît une liaison peptidique dans un tétrapeptide ? 10 Nommer l'amide ci-dessous : CH3 – CH2 – CO – NH2 Exercice 1 (3,5 points) :

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UNIVERSITE DES ANTILLES ET DE LA GUYANE NOM : UFR S

CIENCES EXACTES ET NATURELLES

PRENOM :

Licence STS - Mention BGS - UEP 1.3 - Structures et propriétés des Biomolécules

Plier le coin

Examen - semestre 3

Janvier 2007 - 1 heure

Les calculatrices ne sont pas autorisées

Question 1 : Etude d"un peptide ( 12 points - A : 5 mn, B : 15 mn, C : 10 mn, D : 10 mn)

A - Après action du mercaptoéthanol, un peptide A est élué par chromatographie échangeuse de cations à pH 6.

Un peptide A1 est alors récolté. Par rinçage de la colonne par la soude 1M, un second peptide A2 est élué.

A1 - Quel est le rôle du mercaptoéthanol ?

Coupe les ponts disulfures

0.2 A2 - Quelle est la caractéristique de la résine

échangeuse de cations ?

La résine est négative et fixe les cations (POSITIFS) 0.2

A3 - A pH 6, déduire les charges

des peptides A1et A2 satisfaisant l"élution : Si A1 est élué en premier, alors il est neutre ou négatif Si A2 est retenu, il est positif à pH 6, en augmentant le pH avec la soude, il devient neutre ou négatif 0.4

A4 - Déduire le schéma du peptide A ?

0.2 B - L"étude du séquençage des peptides A1 et A2 donne :

Hydrolyses PEPTIDE A1 PEPTIDE A2

HCl 6N - 110°C Ala, Asp, Cys, Val, Y Ala, Cys, Gly, X, Y

DNFB DNP-Ala DNP-Gly

Carboxypeptidase A Val Ala

Trypsine 1 peptide 1 dipeptide + 1 tripeptide

Chymotrypsine 1 dipeptide + 1tripeptide Ala + 1 tétrapeptide Protéinase V8 1 dipeptide + 1tripeptide 1 peptide Contrairement à A1, le peptide A2 est positif au réactif de sacchaguchi. Les peptides A1 et A2 sont tous les deux positifs aux réactifs des phénols.

Déterminer la séquence primaire des peptides A, A1 et A2 en répondant aux questions suivantes :

B1 - Qu"apporte l"hydrolyse HCl 6N - 110°C : B2 - Quels sont les rôles des réactifs : A A

LA COMPOSITION DU PEPTIDE

A 0.2 - réactif de sacchaguchi : présence ARG 0.2 - réactifs des phénols : présence de TYR 0.2 S S

B3 - Nommer le DNFB et définir son rôle ?

Dinitrofluorobenzène - permet de caractériser le NT - donne des DNP-aa 0.2

B4 - Schématiser les données précédentes en les complétant par celles apportées par l"action de la

carboxypeptidase A :

Pour le peptide A1

Y = Tyr

1 2 3 4 5

Ala--------------------Val Asp,Cys et Y à placer 0.6

Pour le peptide A2

X = Arg

1 2 3 4 5 Y = Tyr

Gly--------------------Ala Cys, X et Y à placer 0.6

B5 - Rôle de la trypsine ?

COUPURE de type N après ARG ou LYS

0.2 Conséquences sur le peptide A1 (donner toutes les possibilités)

Pas de coupure - pas d"arg

0.2 Conséquences sur le peptide A2 (donner toutes les possibilités)

1 Arg et 3 4 5 X = Arg

1 2 Arg et 4 5

0.4

B6- Rôle de la chymotrypsine ?

COUPURE de type N après TYR, PHE

0.2 Conséquences sur le peptide A1 (donner toutes les possibilités)

1 Tyr et 3 4 5 Y = Tyr

1 2 Tyr et 4 5

0.4 Conséquences sur le peptide A2 (donner toutes les possibilités)

1 2 3 Tyr et Ala

0.2

B7 - Rôle de la Protéinase V8 ?

COUPURE de type N après Asp , Glu

0.2 Conséquences sur le peptide A1 (donner toutes les possibilités)

1 Asp et 3 4 5

1 2 Asp et 4 5

0.4 Conséquences sur le peptide A2 (donner toutes les possibilités)

Pas de coupure - pas de Asp

0.2

B8 - Récapitulatif

séquences du peptide A1 (donner toutes les possibilités)

Ala Asp Tyr Cys Val

Ala Tyr Asp Cys Val

0.4 séquences du peptide A2 (donner toutes les possibilités)

Gly Arg Cys Tyr Ala

Gly Cys Arg Tyr Ala

0.4 C - L"étude du séquençage du peptide A donne :

Hydrolyses Peptide A

DNFB DNP-Ala etDNP-Gly

Carboxypeptidase A Val et Ala

Trypsine 2 peptides dont un est un dipeptide positif au réactif des phénols

Chymotrypsine ??

Protéinase V8 2 peptides dont un est un tripeptide positif au réactif des phénols

C1 - Déduire des résultats précédents (question A et B) la séquence du peptide A. Montrer l"action de la

chymotrypsine par une flèche

Ala Asp Tyr Cys Val Ala Tyr Asp Cys Val

D - En utilisant les données suivantes et celles apportées par l"hydrolyse HCl 6N à 110°C et le fait que

contrairement à A1, le peptide A2 est positif au réactif de sacchaguchi et que les peptides A1 et A2 sont tous les

deux positifs aux réactifs des phénols, confirmer l"ordre d"élution des peptides A1 et A2 de la question A.

pk aNH2 = 8 pk aCOOH= 3 Pk R de Asp = 4 Pk R de Cys =10 pk R de l"acide aminé X = 11 pk R de l"acide aminé Y = 13

Y est donc la Tyr

X est donc l"Arg

3 4 8 10 13

aCOOH 0 | - - - - -

R de Asp 0 0 | - - - -

aNH2 + + + | 0 0 0

R de Cys 0 0 0 0 | - -

R de Tyr 0 0 0 0 0 | -

Peptide + 0 - -- --- ----

pHi = 3,5

3 8 10 11 13

aCOOH 0 | - - - - - -aNH2 + + | 0 0 0 0 R de Cys 0 0 0 | - - -

R de Arg + + + + | 0 0

R de Tyr 0 0 0 0 0 | -

Peptide ++ + 0 - -- --- pHi = 9 3 Question 2 : Etude d"un mRNA ( 8 points - A : 5 mn, B : 5 mn , C : 10 mn)

A - Un DNA codant la synthèse d"une protéine P est isolé puis manipulé afin de déterminer par

la méthode de Maxan et Gilbert le séquençage d"un morceau du gène codant pour cette protéine. Compléter le schéma suivant résumant la préparation du DNA en vue du séquençage. *Orienter les brins de DNA . 32P
32P
32P

Etape 1

T4 polynucléotide

kinase 32P+
32P
32P

Que réalise-t-on à l"étape 1 ?

On phosphoryle les extrémités 5"OH avec 32P

0.2

Etape 2 Que réalise-t-on à l"étape 2 ?

On hydrolyse le DNA

Comment appelle-t-on l"agent permettant ce résultat ?

Une enzyme de restriction

Que peut-on préciser ?

Hydrolyse avec formation de bouts collants

0.4 DNA

Etape 3

Citer une technique simple permettant cette purification en une seule manipulation : Centrifugation en gradient de densité en présence de

Chlorure de césium

0.2

Etape 4

32P
Citer une technique simple permettant cette séparation : Chauffage pour séparer les deux brins (casse les liaisons hydrogène entre les bases AT et CG) et refroidissement brutal " trempage » du DNA 0.2

B - Séquençage du DNA : Cocher (X) les bonnes réponses ou étapes représentatives de la

méthode de séquençage de Maxam et Gilbert. Les classer (N°) suivant la chronologie de la manipulation (Une réponse erronée annule une bonne réponse)

N° X

Méthode de coupures enzymatiques

Nécessité d"utiliser une amorce en 3"

Méthode de synthèses enzymatiques

3 X 2 échantillons sont utilisés pour couper les bases puriques et deux autres les bases

pyrimidiques La séparation des DNA s"effectue par électrophorèse sur gel polyacrylamide en présence de SDS

2 X Utilisation de monobrin de DNA marqués radioactif en 5"OH

Nécessité d"utiliser une amorce en 5"

Utilisation de monobrin de DNA non marqués radioactif

6 X Les résultats ci-dessous montre l"autoradiographie du gel

Utilisation de monobrin de DNA marqués radioactif en 3"OH

4 X Les échantillons de DNA sont séparés par électrophorèse sur gel polyacrylamide

Les échantillons de DNA sont séparés par chromatographie échangeuse d"ions Le gel polyacrylamide est un tamis moléculaire séparant les DNA en fonction de leur charge

5 X Le gel polyacrylamide est un tamis moléculaire séparant les DNA en fonction de

leur taille Les résultats du gel ci-dessous montre les acides nucléiques colorés par du bleu de

Coomassie

1 X Méthode de coupures chimiques

Les résultats du gel ci-dessous montre les acides nucléiques colorés par le bromure d"éthidium La synthèse de DNA nécessite une DNA polymérase, du Mg++ et des dXTP et des

ddXTP 1.2

C - Résultats : Compléter les résultats ci-dessous et donner la séquence du monobrin de DNA.

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CIENCES EXACTES ET NATURELLES

PRENOM :

Plier le coin

Examen - semestre 3

Janvier 2007 - 1 heure

Les calculatrices ne sont pas autorisées

A1 - Quel est le rôle du mercaptoéthanol ?

Coupe les ponts disulfures

échangeuse de cations ?

A3 - A pH 6, déduire les charges

A4 - Déduire le schéma du peptide A ?

Hydrolyses PEPTIDE A1 PEPTIDE A2

DNFB DNP-Ala DNP-Gly

Carboxypeptidase A Val Ala

Trypsine 1 peptide 1 dipeptide + 1 tripeptide

LA COMPOSITION DU PEPTIDE

B3 - Nommer le DNFB et définir son rôle ?

Pour le peptide A1

Y = Tyr

1 2 3 4 5

Pour le peptide A2

X = Arg

1 2 3 4 5 Y = Tyr

B5 - Rôle de la trypsine ?

COUPURE de type N après ARG ou LYS

Pas de coupure - pas d"arg

1 Arg et 3 4 5 X = Arg

1 2 Arg et 4 5

B6- Rôle de la chymotrypsine ?

COUPURE de type N après TYR, PHE

1 Tyr et 3 4 5 Y = Tyr

1 2 Tyr et 4 5

1 2 3 Tyr et Ala

B7 - Rôle de la Protéinase V8 ?

COUPURE de type N après Asp , Glu

1 Asp et 3 4 5

1 2 Asp et 4 5

Pas de coupure - pas de Asp

B8 - Récapitulatif

Ala Asp Tyr Cys Val

Ala Tyr Asp Cys Val

Gly Arg Cys Tyr Ala

Gly Cys Arg Tyr Ala

Hydrolyses Peptide A

DNFB DNP-Ala etDNP-Gly

Carboxypeptidase A Val et Ala

Chymotrypsine ??

Ala Asp Tyr Cys Val Ala Tyr Asp Cys Val

Y est donc la Tyr

X est donc l"Arg

3 4 8 10 13

R de Asp 0 0 | - - - -

R de Cys 0 0 0 0 | - -

Peptide + 0 - -- --- ----

3 8 10 11 13

R de Arg + + + + | 0 0

Etape 1

T4 polynucléotide

Que réalise-t-on à l"étape 1 ?

On phosphoryle les extrémités 5"OH avec 32P

Etape 2 Que réalise-t-on à l"étape 2 ?

On hydrolyse le DNA

Une enzyme de restriction

Que peut-on préciser ?

Hydrolyse avec formation de bouts collants

Etape 3

Chlorure de césium

Etape 4

N° X

Méthode de coupures enzymatiques

Nécessité d"utiliser une amorce en 3"

Méthode de synthèses enzymatiques

3 X 2 échantillons sont utilisés pour couper les bases puriques et deux autres les bases

2 X Utilisation de monobrin de DNA marqués radioactif en 5"OH

Nécessité d"utiliser une amorce en 5"

6 X Les résultats ci-dessous montre l"autoradiographie du gel

4 X Les échantillons de DNA sont séparés par électrophorèse sur gel polyacrylamide

5 X Le gel polyacrylamide est un tamis moléculaire séparant les DNA en fonction de

Coomassie