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  • Comment savoir si une fonction est prioritaire ?

    - La fonction prioritaire est désignée par un suffixe et on numérote la chaîne principale de façon à attribuer à cette fonction l'indice le plus petit possible. - Les autres fonctions sont désignées par des préfixes.
  • Comment nommer les fonctions chimiques ?

    La nomenclature suit les mêmes règles. Les fonctions sont caractérisées par un suf- fixe (éventuellement précédé d'un numéro de position). Les hydrocarbures possédant une (ou plus) double liaison C = C appartiennent aux alcènes ; ceux possédant une triple liaison C ? C appartiennent aux alcynes.
  • Les fonctions chimiques sont classées selon leur valence. Une fonction est dite principale lorsqu'elle a la valence la plus élevée.

BIOCHIMIE

L'ESSENTIEL DE

Émilie GUILLAUME

Professeure en biochimie, biologie cellulaire et endocrinologie au département de Biologie de l'ENS Paris-Saclay.

Pierre LE MARÉCHALProfesseur émérite de Biochimie à l'Université Paris-Sud (Orsay). Catherine BARATTI-ELBAZ

Professeure agrégée à l'ENS Paris-Saclay.

BrOeHrMrE

L'ESSENTIEL DE

TOUT EN FICHES

© Dunod, Paris, 2008, 2018 pour la 3

e

édition

11 rue Paul Bert 92240 Malakoff

ISBN 978-2-10-077709-9

www.dunod.com 5

Table des matières

Fiche 1

Appeler chaque molécule par son nom 7

Fiche 2

Les acides aminés des protéines 11

Fiche 3

Structure 3D des protéines 20

Fiche 4

Applications de l'action des protéases 27

Fiche 5

Séparation et dosage des protéines 34

Fiche 6

Interactions protéine- ligand 46

Fiche 7

Catalyse enzymatique 50

Fiche 8

Enzymologie michaelienne :

K M et V M 53

Fiche 9

Inhibitions des enzymes michaeliennes 65

Fiche 10

Allostérie 71

Fiche 11

Modifications post- traductionnelles des protéines 78

Fiche 12

Vitamines et coenzymes 86

Fiche 13

ATP 91

Fiche 14

Mono et disaccharides 98

Fiche 15

Polyosides 106

Fiche 16

Glycoprotéines 112

Fiche 17

Structure des acides gras et des lipides 116

Fiche 18

Lipides membranaires 124

Fiche 19

Structure des membranes biologiques 134

Fiche 20

Échanges membranaires 142

Fiche 21

Fermentations 152

Table des matières

6

Fiche 22

Acétyl- CoA et cycle de Krebs 162

Fiche 23

Catabolisme des acides gras 171

Fiche 24

Métabolisme de l'azote 179

Fiche 2E

Néosynthèse des sucres 184

Fiche 26

Les oxydations phosphorylantes 191

Fiche 27

Ligands extracellulaires et transduction du signal 198

Fiche 28

Les protéines du cytosquelette 207

Annexe

217
rndex 219
7

Appeler chaque

molécule par son nom Fiche 1 E.

L'ordre de priorité des principales

fonctions chimiques

FonctionNomPréfixeSuffixe

R--CO--OHAcide carboxyliqueCarboxyAcide... - oïque

R--CO--OR'EsterCarboalkoxy- oate d'alkyle

R--CO--SR'ThioesterCarboalkothioxy- thioate d'alkyle

R--CO--NHR'AmideCarboxamide- amide

R--CHOAldéhydeOxo, aldo, formyl- al

R--CO--R'CétoneOxo, céto- one

R--OHAlcoolHydroxy- ol

R--SHThiolMercapto- thiol

R--NH2Amine primaireAmino- amine

Fonctions particulières

Anhydride d'acideEntre 2 acides organiques

Phosphoanhydride

entre 2 fonctions acide phosphorique

R - CO - O - CO - R'

OH P O HO OH P O O OH

R - S - S - R'

Disulfure

R - S - S - R'

2. xeprésenter les molécules sur un plan

Les conventions d'écriture dans le cas

d'un carbone asymétrique

Appeler chaque molécule par son nom Fiche 1

8 eHO C HOH 2 COH H CHO C CH 2 OHHO H miroir (2R) 2,3-dihydroxy-propanal (2S) 2,3-dihydroxy-propanal (D-glycéraldéhyde) (L-glycéraldéhyde)

Projections de Fischer (utilisées en Biologie)

CHO CH 2 OH CHO CH 2 OH

OHHCHO

C HOH 2 COH H CHO C CH 2 OHOHH

Dans le plan

de la f euille

Derrière le plan

de la feuille

Devant le plan

de la feuille (2R) 2,3-dihydroxy-propanal (D-glycéraldéhyde) COOH CH 3 HH 2 NCOOH C H 3 CH NH 2

Acide (2S) 2-amino-propionique (L-alanine)

COOH C H NH COOH C H HN

L-proline

D-proline

La proline possède un cycle pyrrole, c'est le seul acide aminé dans ce cas-là.

Appeler chaque molécule par son nom Fiche 1

9

E ExereE ESavoir dessiner à partir des mots

Dessiner les structures des molécules biologiques suivantes (nom chimique et nom commun s'il existe) E acide 2-hydroxy-propionique ou acide lactique 2. sel tétrasodique du 2,3-bis-phospho-D-glycérate (l'acide glycé�rique est l'acide 2,3-dihydroxy-propionique) 3. acide 2-phosphono-oxyprop-2-énoique ou acide phosphoénolpyruvique 4. acide 2 oxo-butanedioïque ou acide oxaloacétique

Solution

E

Acide lactique : CH

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